Missing coverage evidence...
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CCAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAACTT  >  minE/1859755‑1859807 |                                                     ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTTAActt  <  1:1525124/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:463690/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:420328/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:47626/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:486805/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:529358/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:530708/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:645311/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:680533/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:744905/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:825246/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:870407/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:875785/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:885092/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:893382/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:895722/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:90354/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:936725/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:961398/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:979161/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1551266/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1128519/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1129115/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:123713/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1247196/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1361231/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1423171/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1432266/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1433537/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1505808/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:457650/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1697923/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1764340/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1822855/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1882415/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:269327/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:273482/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:335920/53‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAActt  <  1:1004902/53‑1 (MQ=255) |                                                     CCAGCGCCACAGCTCCGCGCCCTGTTCGCGCAGTTTGTCTTGTACGTAAACTT  >  minE/1859755‑1859807

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑