Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1980582	1980783	202	138 [0]	[0] 48	yqgF	predicted Holliday junction resolvase

TCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTCAA  >  minE/1980784‑1980843 |                                                            tCTTAGCACTGTGGGAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:631871/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGa                          >  1:70038/1‑36 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGTGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:207090/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:55243/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:22377/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:251222/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:350353/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:373292/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:379786/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:380281/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:382518/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:395476/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:406179/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:421018/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1870261/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:670171/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:714284/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:746899/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:811507/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:875169/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:907568/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:929453/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:935738/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:950111/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1410972/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1058163/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1062043/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1066465/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1141213/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1206477/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1247602/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1279763/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1330404/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1379955/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1402686/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1029120/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1411607/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1454922/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1535208/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1581916/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1650477/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1663593/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1696391/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1743684/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1746860/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1774844/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTcaa  >  1:1818835/1‑60 (MQ=255) tCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTca   >  1:1327279/1‑59 (MQ=255) |                                                            TCTTAGCACTGTGGAAGCCCGTTCCGGTCTGTTTGAACAGGGCGGCTATCGGGCGCTCAA  >  minE/1980784‑1980843

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑