Missing coverage evidence...
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CACAGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGTT  >  minE/2161702‑2161763 |                                                              cacaGCGTGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:335588/62‑1 (MQ=255) cacaGCATTAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1259418/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATTTATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1545226/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:284322/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:166952/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1689372/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:177916/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:180756/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1834720/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:253396/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:262640/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1652072/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:358932/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:434922/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:45774/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:593165/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:688059/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1666270/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1026428/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1631254/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1628506/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:159790/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1527202/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1507110/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1435192/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1380077/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1376477/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1279560/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1185984/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1106278/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1104109/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGtt  <  1:1068935/62‑1 (MQ=255) cacaGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGGCTGCTGtt  <  1:482256/62‑1 (MQ=255) |                                                              CACAGCATGAATGCGGTTATCCGCAATATATTCCATCAGCGGACCATAGACCGTCTGCTGTT  >  minE/2161702‑2161763

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑