Missing coverage evidence...
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ATATAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCGT  >  minE/2206208‑2206247 |                                        atatatGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCGt  >  1:1591352/1‑40 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATTCGCGGCATGGGCAGATGGGCGt  >  1:246185/1‑40 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCgg  >  1:505184/1‑39 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCg   >  1:943587/1‑39 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCg   >  1:912106/1‑39 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCg   >  1:1505691/1‑39 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCGt  >  1:390494/1‑40 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCGt  >  1:568127/1‑40 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCGt  >  1:523512/1‑40 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCGt  >  1:52178/1‑40 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCGt  >  1:516475/1‑40 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCGt  >  1:4919/1‑40 (MQ=255) atatAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCGt  >  1:466007/1‑40 (MQ=255) 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ATATAGGTGTTGGTCATACGCGGCATGGGCAGATGGGCGT  >  minE/2206208‑2206247

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑