Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2541070	2541147	78	49 [0]	[0] 90	rfaY	lipopolysaccharide core biosynthesis protein

AGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGA  >  minE/2541148‑2541194 |                                               aGTATATCGTAAAAAAATGCGCATTTTTATGCGGCGTTTGAATGGGa  >  1:187211/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGtt           >  1:20027/1‑38 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGtt           >  1:1159308/1‑38 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAggta  >  1:1449141/1‑45 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAggg   >  1:642921/1‑46 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAggg   >  1:658627/1‑46 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAg     >  1:1416387/1‑44 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:268669/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:449124/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:416203/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:384689/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:344079/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:335876/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:328510/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:318874/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:284170/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:51062/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:261594/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:232685/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:228958/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:217563/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:205638/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1834451/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1825942/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:180324/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:68541/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:986938/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:953045/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:877813/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:866579/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:863019/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:786266/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:762283/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:758753/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:755782/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:707608/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:477240/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:675065/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:651370/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:643984/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:638518/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:623975/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:582367/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:57299/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:521348/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1787979/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:508374/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1197259/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1351943/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1303969/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1287076/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1285346/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1282386/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1249386/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1239640/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1231786/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1227998/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1213248/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1368185/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1179851/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1175861/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1174099/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1089841/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1083968/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1072403/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1050623/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1050039/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1032419/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1625098/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1020729/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1760014/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1722733/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1718535/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1694635/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1676097/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1675971/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1633667/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1799990/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1599802/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1586572/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1573998/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1525488/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1474378/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:146689/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1462574/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1404697/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:137301/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGATTGAAAGGGa  >  1:1692847/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGAGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1581398/1‑47 (MQ=255) aGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTAGGCGGCGTTTGAAAGGGa  >  1:1098882/1‑47 (MQ=255) |                                               AGTATATCGTAAAAAAATGCGCAATTTTATGCGGCGTTTGAAAGGGA  >  minE/2541148‑2541194

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑