Missing coverage evidence...
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ACTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTT  >  minE/246402‑246461 |                                                            aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:563870/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:180690/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1843137/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:18917/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:201076/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:248259/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:4050/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:437381/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:458840/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1788579/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:691579/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:735951/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:757711/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:787733/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:87279/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:929113/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:97315/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:986047/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1437295/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1131508/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1152009/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1178183/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1253376/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1273533/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1362388/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1402487/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1094690/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1498109/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1511570/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1589876/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1626346/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1642409/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1698920/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1728627/60‑1 (MQ=255) aCTTTGCTGACTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGttttt  <  1:1434039/60‑1 (MQ=255) |                                                            ACTTTGCTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTT  >  minE/246402‑246461

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑