Missing coverage evidence...
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*	*	÷	minE	2661864	2662126	263	131 [0]	[0] 44	rtcR	sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression

CGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGT  >  minE/2662127‑2662188 |                                                              cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGATATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:710181/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:479293/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:181326/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1846574/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1847588/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:221286/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:256919/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:303359/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:32544/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:348262/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:426687/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:429610/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1808/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:531907/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:715231/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:737951/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:778784/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:857932/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:89142/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:898347/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:9240/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:967709/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1456582/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1022715/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:109624/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1107103/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1159346/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1234949/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1325368/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1368538/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:140346/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1406858/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1450015/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1011118/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1464335/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1516390/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1518394/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1548828/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1557927/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1575627/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:162049/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1692717/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1726573/62‑1 (MQ=255) cgcCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGt  <  1:1752356/62‑1 (MQ=255) |                                                              CGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAAATGACTTGCCCGCGCCGGTTGGACCGT  >  minE/2662127‑2662188

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑