Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,548,804	0	G	C	21.7%	63.9 / 16.8	60	G181R (GGC→CGC)	yfdF	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/47);  new base C (0/13);  total (0/60)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

AAAAGGCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCG  >  minE/1548800‑1548861     |                                                          aaacGGCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCg  <  1:212793/62‑1 (MQ=255) aaaaGGCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCg  <  1:132383/62‑1 (MQ=255) aaaaGGCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCg  <  1:297884/62‑1 (MQ=255) aaaaGGCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCg  <  1:1129582/62‑1 (MQ=255)  aacggCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCg  <  1:1040543/58‑1 (MQ=255)  aacggCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCg  <  1:1395618/58‑1 (MQ=255)  aacggCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCg  <  1:1282826/58‑1 (MQ=255)  aacggCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCg  <  1:1444292/58‑1 (MQ=255)  aaaGGCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCg  <  1:197515/61‑1 (MQ=255) 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    |                                                          AAAAGGCGACTCTCTCGCTATTGTAATTAAAAATAAAAACGGAAATGATTACTTATCTCTCG  >  minE/1548800‑1548861

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑