Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	135,384	Δ1 bp	coding (310/1239 nt)	yadC ←	predicted fimbrial‑like adhesin protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	135,384	0	C	.	100.0%	158.3 / NA	39	coding (310/1239 nt)	yadC	predicted fimbrial‑like adhesin protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base . (39/0);  total (39/0)

TATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTA  >  minE/135336‑135398                                                 |               tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGCCCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:298312/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACGATGG‑ATTTTCAATAGt    >  1:238644/1‑60 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGtt   >  1:147630/1‑61 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:308875/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:255902/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:270509/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:272638/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:298642/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:300787/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:308021/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:308716/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:248471/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:314471/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:318953/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:52012/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:53319/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:58721/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:65347/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:90540/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:90982/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:153027/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:130163/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:133680/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:133707/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:135462/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:137/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:138677/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:144645/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:152048/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:129176/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:156595/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:16527/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:186644/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:239363/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:245224/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:24662/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:246655/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATAG‑ATTTTCAATAGTTa  >  1:56151/1‑62 (MQ=255) tATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACAATGG‑ATTTTCAATAGtt   >  1:281478/1‑61 (MQ=255)                                                 |               TATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTA  >  minE/135336‑135398

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑