| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,138,339 | G→A | 13.0% | intergenic (‑68/+96) | rbfA ← / ← infB | 30s ribosome binding factor/fused protein chain initiation factor 2, IF2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,138,339 | 0 | G | A | 13.0% | 196.7 / 18.1 | 69 | intergenic (‑68/+96) | rbfA/infB | 30s ribosome binding factor/fused protein chain initiation factor 2, IF2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/27); new base A (7/2); total (40/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
ATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGC > minE/2138273‑2138407 | ataaATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTg > 1:3192917/1‑67 (MQ=255)ataaATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCa > 1:2722298/1‑71 (MQ=255) aTTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGtt > 1:926234/1‑71 (MQ=255) ttCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACgca > 1:2171908/1‑68 (MQ=255) ttCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGtt > 1:1297032/1‑70 (MQ=255) cTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCt < 1:2188962/70‑1 (MQ=255) gACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGt > 1:188115/1‑56 (MQ=255) gACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGa > 1:218758/1‑70 (MQ=255) aCAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGAt > 1:980469/1‑70 (MQ=255) aCAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGAt > 1:1873821/1‑70 (MQ=255) tGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGa < 1:2860985/61‑1 (MQ=255) ttAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCAc < 1:65212/44‑1 (MQ=255) aGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTca > 1:460242/1‑70 (MQ=255) aGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTca > 1:2718454/1‑70 (MQ=255) aGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTca > 1:561843/1‑70 (MQ=255) gCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca < 1:1943364/71‑1 (MQ=255) gCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTATTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca > 1:2795987/1‑71 (MQ=255) gCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTATTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca > 1:173404/1‑71 (MQ=255) gCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTATTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca > 1:2576580/1‑71 (MQ=255) ccTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCAc < 1:1982946/38‑1 (MQ=255) ccTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACAt > 1:1938004/1‑69 (MQ=255) cTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATaa < 1:741924/50‑1 (MQ=255) cTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATaa > 1:1311489/1‑50 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGtt < 1:497794/39‑1 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGtt < 1:1644189/39‑1 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGtt < 1:134936/39‑1 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAcgcg < 1:3103674/55‑1 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca < 1:1084763/66‑1 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca < 1:2453170/66‑1 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTca < 1:25732/64‑1 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATc > 1:582980/1‑68 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAgg > 1:133936/1‑71 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAgg > 1:43948/1‑71 (MQ=255) tttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAgg > 1:2776494/1‑71 (MQ=255) ttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGTCTGTTCACTTTGACCTGATAAGACGAGCCAGCGTCACATCa > 1:1559421/1‑68 (MQ=38) ttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGAcgcg < 1:1695376/54‑1 (MQ=255) ttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAgg > 1:808055/1‑70 (MQ=255) ttttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAgg > 1:3073703/1‑70 (MQ=255) tttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGa > 1:2202656/1‑39 (MQ=255) tttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGa > 1:2690709/1‑39 (MQ=255) tttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca < 1:290332/64‑1 (MQ=255) tttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca > 1:821259/1‑64 (MQ=255) tttAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGc > 1:2938555/1‑70 (MQ=255) tAAAATTAATTTCAGGTTGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCaa < 1:579414/70‑1 (MQ=255) tAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTca < 1:3145851/60‑1 (MQ=255) tAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCaa < 1:1217705/70‑1 (MQ=255) tAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAAt > 1:1796634/1‑71 (MQ=255) tAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAAt > 1:2801399/1‑71 (MQ=255) aattaattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATc < 1:3221865/69‑1 (MQ=255) attaattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCt < 1:1512575/36‑1 (MQ=255) attaattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCt < 1:475782/36‑1 (MQ=255) attaattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATaa < 1:2089826/41‑1 (MQ=255) attaattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATc < 1:2098942/68‑1 (MQ=255) attaattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCAt > 1:1617501/1‑71 (MQ=255) attaattTCAGGTGGAAGGGCTATTCACGTTGACCTGATaa < 1:1339510/41‑1 (MQ=255) attaattTCAGGTGGAAGGGCTATTCACGTTGACCTGATaa < 1:3018841/41‑1 (MQ=255) ttaattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATg > 1:502928/1‑71 (MQ=255) taattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCa > 1:2544797/1‑68 (MQ=255) aattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGcc > 1:2574958/1‑71 (MQ=255) aattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGcc > 1:1029920/1‑71 (MQ=255) aattTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGcc > 1:165294/1‑71 (MQ=255) attTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCg < 1:2141384/71‑1 (MQ=255) tCAGGTGGAAGGGCTATTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGa > 1:341636/1‑70 (MQ=255) tCAGGTGGAAGGGCTATTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGAt > 1:2292861/1‑71 (MQ=255) tCAGGTGGAAGGGCTATTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGAt > 1:1732771/1‑71 (MQ=255) gggCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTcaca < 1:3004378/41‑1 (MQ=255) ggCTATTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGa > 1:576736/1‑59 (MQ=255) gCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTa < 1:319335/67‑1 (MQ=255) gCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTa < 1:3087095/67‑1 (MQ=255) cTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGc > 1:2734597/1‑71 (MQ=255) | ATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGC > minE/2138273‑2138407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |