| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,344,730 | C→T | 12.0% | L466L (CTG→TTG) | glnG → | fused DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with GlnL, nitrogen regulator I (NRI) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,344,730 | 0 | C | T | 12.0% | 219.8 / 16.7 | 75 | L466L (CTG→TTG) | glnG | fused DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with GlnL, nitrogen regulator I (NRI) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/31); new base T (2/7); total (37/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGCATAAACAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTGGTATTTTACG > minE/2344661‑2344799 | gggCATAAACAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCt > 1:2551257/1‑71 (MQ=255)gggCATAAACAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCt > 1:2132370/1‑71 (MQ=255)gggCATAAACAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCt > 1:289022/1‑71 (MQ=255)gggCATAAACAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCt < 1:1664496/71‑1 (MQ=255) aTAAACAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTggg > 1:2133786/1‑70 (MQ=255) tAAACAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGTTGGGGa < 1:3232839/71‑1 (MQ=255) aaCAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATg > 1:865949/1‑71 (MQ=255) aaCAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATg > 1:177607/1‑71 (MQ=255) aCAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATgg < 1:595846/71‑1 (MQ=255) gAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGTAGt > 1:403543/1‑70 (MQ=255) gAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGt > 1:1227740/1‑70 (MQ=255) aaGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGa > 1:285008/1‑71 (MQ=255) aGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGAt > 1:1669720/1‑71 (MQ=255) ggcgcggcTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTca < 1:2847616/71‑1 (MQ=255) tACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTggg < 1:1939179/49‑1 (MQ=255) tACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTtgt > 1:1424665/1‑71 (MQ=255) cTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGAtt < 1:697923/59‑1 (MQ=255) cTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGAtt < 1:2651080/59‑1 (MQ=255) cTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTtgt < 1:666907/69‑1 (MQ=255) tCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTg < 1:1183368/44‑1 (MQ=255) tCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTg < 1:2966129/44‑1 (MQ=255) tCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTg < 1:1882464/44‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATg < 1:470837/47‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATg < 1:744637/47‑1 (MQ=255) cTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTaaa < 1:2372782/71‑1 (MQ=255) cTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTaaa < 1:49061/71‑1 (MQ=255) cTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTaaa < 1:964560/71‑1 (MQ=255) ggggCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTa < 1:1904584/67‑1 (MQ=255) gggCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAga < 1:818125/70‑1 (MQ=255) ggCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGAt > 1:938056/1‑41 (MQ=255) gCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAgatt > 1:2889920/1‑70 (MQ=255) cGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTggg < 1:773537/35‑1 (MQ=255) cGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTggg < 1:88052/35‑1 (MQ=255) cGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTggg < 1:239125/35‑1 (MQ=255) cGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTggg < 1:106230/35‑1 (MQ=255) cGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTggg < 1:2146635/35‑1 (MQ=255) cGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAgattgat > 1:2604625/1‑71 (MQ=255) cGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAgattgat > 1:1246784/1‑71 (MQ=255) cAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGa > 1:1106959/1‑35 (MQ=255) aaCACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTcac < 1:858591/47‑1 (MQ=255) aaCACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTcac < 1:1122423/47‑1 (MQ=255) acacCCTGACGCGTAAGTTAAATGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGattatt > 1:1896424/1‑71 (MQ=255) acacCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGTTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAg < 1:2815051/61‑1 (MQ=255) acacCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGTTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGattatt < 1:1833198/71‑1 (MQ=255) acacCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAgattgatt < 1:705700/68‑1 (MQ=255) acacCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGattat > 1:3024163/1‑70 (MQ=255) acCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGTTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAgat > 1:1606523/1‑61 (MQ=255) cccTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAgattgat < 1:1102469/64‑1 (MQ=255) cccTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAgattgat < 1:1350202/64‑1 (MQ=255) cccTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGattatt > 1:2223213/1‑68 (MQ=255) cTGACGCGTAAGTTAAAAGAGTTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAgcg < 1:3165217/71‑1 (MQ=255) cTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAgcg > 1:1022163/1‑71 (MQ=255) cTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAgcg > 1:2489636/1‑71 (MQ=255) gACGCGTAAGTTAAAAGAGTTGGGGATGGAGTGATTCACAGc > 1:1747187/1‑42 (MQ=255) gACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAga > 1:2101898/1‑55 (MQ=255) gACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAgcgc > 1:338158/1‑70 (MQ=255) aCGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCa < 1:2133085/70‑1 (MQ=255) tAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGc > 1:20938/1‑71 (MQ=255) aGTTATAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCaaa > 1:1402883/1‑65 (MQ=255) aGTTAAAAGAGTTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTaaa < 1:2943406/45‑1 (MQ=255) aGTTAAAAGAGTTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTaaa < 1:2436141/45‑1 (MQ=255) aGTTAAAAGAGTTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTaaa < 1:2639036/45‑1 (MQ=255) aGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTtgtgt > 1:3301840/1‑40 (MQ=255) aGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTtgtgt > 1:724543/1‑40 (MQ=255) aGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTg > 1:301570/1‑71 (MQ=255) aGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTg > 1:2244793/1‑71 (MQ=255) aGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTg > 1:1711237/1‑71 (MQ=255) gTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTgg < 1:231713/71‑1 (MQ=255) tAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGattatt > 1:2050571/1‑53 (MQ=255) tAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGattatt > 1:1091791/1‑53 (MQ=255) aaaaGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTGGTa < 1:154056/70‑1 (MQ=255) aaaaGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTGGTa < 1:1794540/70‑1 (MQ=255) aaaaGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTGGTAt > 1:784232/1‑71 (MQ=255) gCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTGGTATTTTACg > 1:641110/1‑71 (MQ=255) gCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTGGTATTTTACg > 1:3116885/1‑71 (MQ=255) cTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCt < 1:1557992/59‑1 (MQ=255) cTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCt < 1:1710923/59‑1 (MQ=255) | GGGCATAAACAGGAAGCGGCGCGGCTACTCGGCTGGGGCCGCAACACCCTGACGCGTAAGTTAAAAGAGCTGGGGATGGAGTGATTCACAGCTTGTGTGTAAAGATTGATTATTGAGCGCAAATTGCTGGTATTTTACG > minE/2344661‑2344799 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |