| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,508,746 | C→T | 7.8% | G125S (GGC→AGC) | yfbV ← | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,508,746 | 0 | C | T | 7.8% | 208.2 / 6.5 | 64 | G125S (GGC→AGC) | yfbV | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/29); new base T (2/3); total (32/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
AAAGTTTTATCCAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAACCAGTTAAG > minE/1508679‑1508812 | aaaGTTTTATCCAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTc < 1:24604/71‑1 (MQ=255) ttttATCCAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACg < 1:3003713/71‑1 (MQ=255) ttttATCCAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACg < 1:2074734/71‑1 (MQ=255) ttttATCCAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACg < 1:1890839/71‑1 (MQ=255) tCCAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTg < 1:2010558/70‑1 (MQ=255) ccAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGc > 1:3124998/1‑70 (MQ=255) cAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCt < 1:182334/58‑1 (MQ=255) cAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGcc < 1:110054/70‑1 (MQ=255) cAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGcc < 1:92290/70‑1 (MQ=255) gttTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGcc < 1:1067876/65‑1 (MQ=255) aGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCaa > 1:2728579/1‑61 (MQ=255) cgcgcTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGAc < 1:3081113/71‑1 (MQ=255) gcgcTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCTTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACt > 1:220563/1‑71 (MQ=255) aaGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGc > 1:526294/1‑70 (MQ=255) aGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCaa < 1:363458/71‑1 (MQ=255) aGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCaa < 1:1125529/71‑1 (MQ=255) aGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCa < 1:1635915/70‑1 (MQ=255) tCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAAc < 1:2991662/35‑1 (MQ=255) cAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCa < 1:1251140/53‑1 (MQ=255) aGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACgg > 1:2324449/1‑35 (MQ=255) aGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACgg > 1:2235775/1‑35 (MQ=255) aGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACcgc > 1:545160/1‑71 (MQ=255) gCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAacac < 1:1458488/44‑1 (MQ=255) gCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAacac < 1:1298285/44‑1 (MQ=255) gCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACcgcg < 1:3260600/71‑1 (MQ=255) aaTGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAAc > 1:507747/1‑71 (MQ=255) aaTGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAAc > 1:367011/1‑71 (MQ=255) aaTGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAAc > 1:2922221/1‑71 (MQ=255) aaTGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAAc > 1:2408340/1‑71 (MQ=255) aTGCCTGGTAATCAGGCTTGCTTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACcgcg < 1:3356859/67‑1 (MQ=255) aTGCCTGGTAATCAGGCTTGCTTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACcgcg < 1:90371/67‑1 (MQ=255) aTGCCTGGTAATCAGGCTTGCTTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACcgcg < 1:1725408/67‑1 (MQ=255) aTGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAAc < 1:2294063/70‑1 (MQ=255) aTGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACt < 1:1269789/71‑1 (MQ=255) aTGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACt < 1:3070140/71‑1 (MQ=255) aTGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACt < 1:3041857/71‑1 (MQ=255) tGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTa > 1:727026/1‑61 (MQ=255) tGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACt > 1:2113938/1‑70 (MQ=255) gTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATaa < 1:2135702/70‑1 (MQ=255) aaTCAGGCTTGCCTTCAACGGGTG‑CAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAAc > 1:2304668/1‑70 (MQ=255) aTCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAAttt > 1:498868/1‑51 (MQ=255) aTCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAAttt > 1:2279234/1‑51 (MQ=255) aTCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAAttt > 1:340643/1‑51 (MQ=255) aTCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAAc > 1:292836/1‑70 (MQ=255) aTCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAAc > 1:489725/1‑70 (MQ=255) aTCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAAc > 1:469133/1‑70 (MQ=255) aTCAGGCTTCCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAAttt > 1:2070979/1‑51 (MQ=255) tCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAAc > 1:2126917/1‑69 (MQ=255) tCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAAc > 1:543632/1‑69 (MQ=255) tCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAAc > 1:1298891/1‑69 (MQ=255) cAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACcgc > 1:1349305/1‑54 (MQ=255) cAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAACCa < 1:518307/70‑1 (MQ=255) cAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAACCAg > 1:2833961/1‑71 (MQ=255) cAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAACCAg > 1:281073/1‑71 (MQ=255) aGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGaaa > 1:284055/1‑45 (MQ=255) aGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCAt < 1:544421/62‑1 (MQ=255) aGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCAt < 1:2811862/62‑1 (MQ=255) aGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCAt < 1:722587/62‑1 (MQ=255) ggCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTAcc > 1:1181127/1‑50 (MQ=255) gCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAACCAGtt > 1:612467/1‑70 (MQ=255) gCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAACCAGTTa < 1:754781/71‑1 (MQ=255) cTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAACCAGtt > 1:1744639/1‑69 (MQ=255) ttGCTTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAACCAGTTAAg > 1:2698577/1‑71 (MQ=255) gCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAACCAGTTAAg < 1:1903317/69‑1 (MQ=255) ccTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCAt < 1:446228/55‑1 (MQ=255) cTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCaa < 1:1378637/37‑1 (MQ=255) | AAAGTTTTATCCAGTTGTTTGAAGGCGCGCTTAAGCGTGTCAGCTAATGCCTGGTAATCAGGCTTGCCTTCAACGGGTGCCAACACCTGTCCAGACTCCTGCAATTTACCGCGAACTTCATAAAACCAGTTAAG > minE/1508679‑1508812 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |