| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,685,143:1 | +AT | 100% | pseudogene (979/1645 nt) pseudogene (979/984 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,685,143 | 1 | . | A | 94.3% | 195.5 / 7.4 | 70 | pseudogene (979/1645 nt) pseudogene (979/984 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base A (27/39); total (30/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| * | AP009048 | 3,685,143 | 2 | . | T | 94.3% | 195.1 / 7.4 | 70 | pseudogene (979/1645 nt) pseudogene (979/984 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base T (27/39); total (30/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTG‑‑ATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACATGT > AP009048/3685073‑3685204 || cGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTg < 1:717215/71‑1 (MQ=255) cACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Ata > 1:915971/1‑70 (MQ=255) aCCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Atat > 1:1666038/1‑69 (MQ=255) aCCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Atat > 1:6677202/1‑69 (MQ=255) ggTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑a > 1:2641506/1‑60 (MQ=39) gTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGgctgc < 1:4013012/70‑1 (MQ=255) aaCGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGctgctg > 1:533600/1‑70 (MQ=255) cAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:3008713/71‑1 (MQ=255) cAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑a > 1:5460674/1‑49 (MQ=39) cAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑a > 1:2956650/1‑49 (MQ=39) cAGGCATGTTAATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:230822/71‑1 (MQ=255) caTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTgg < 1:1671843/69‑1 (MQ=255) caTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGt < 1:3923397/70‑1 (MQ=255) aTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTg > 1:413716/1‑68 (MQ=255) aTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGt > 1:2136324/1‑70 (MQ=255) aTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGt > 1:585171/1‑70 (MQ=255) aTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGt > 1:7596383/1‑70 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACa < 1:4525053/71‑1 (MQ=255) tcatcaCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑a > 1:807737/1‑40 (MQ=255) atcaCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACaga < 1:6769328/70‑1 (MQ=255) atcaCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑At < 1:7648303/39‑1 (MQ=255) tcaCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACagag > 1:2320719/1‑70 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCt < 1:5669972/58‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCa < 1:3176273/70‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt < 1:3634193/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt < 1:364654/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt > 1:7641808/1‑71 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt < 1:6045049/71‑1 (MQ=255) gCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:4038872/55‑1 (MQ=255) gCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:1956205/55‑1 (MQ=255) gCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:1946994/55‑1 (MQ=255) gCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAttt < 1:1026226/71‑1 (MQ=255) aGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTaa < 1:5873289/71‑1 (MQ=255) gCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTaa < 1:5556473/70‑1 (MQ=255) cTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAAt > 1:5933296/1‑71 (MQ=255) tGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAAt > 1:6315450/1‑70 (MQ=255) gcgcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa > 1:2643532/1‑55 (MQ=255) cgcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCAc > 1:142395/1‑71 (MQ=255) gcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCAcc < 1:4776345/71‑1 (MQ=255) gcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGt < 1:6346294/40‑1 (MQ=25) gcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGt < 1:7611689/40‑1 (MQ=25) gcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCa > 1:7543911/1‑67 (MQ=255) cAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGt < 1:5188074/39‑1 (MQ=21) aGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa > 1:2440538/1‑49 (MQ=255) aGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAttt < 1:5988740/59‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCa > 1:3383167/1‑63 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCa > 1:5426079/1‑63 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCa > 1:7423996/1‑63 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGt < 1:4050636/69‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGt < 1:2831737/69‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGt < 1:2105745/69‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTaa > 1:3734758/1‑71 (MQ=255) tagctgctAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCAc > 1:6547619/3‑62 (MQ=255) tagctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTaa < 1:4060516/67‑1 (MQ=255) tagctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAAt < 1:4242632/68‑1 (MQ=255) agctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCt < 1:6563917/38‑1 (MQ=25) agctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCt < 1:2804882/38‑1 (MQ=25) agctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCt < 1:1630990/38‑1 (MQ=25) agctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCt < 1:940920/62‑1 (MQ=255) agctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGc > 1:582644/2‑71 (MQ=255) agctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGc > 1:1518877/2‑71 (MQ=255) gctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAAt < 1:2703901/68‑1 (MQ=255) gctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGcc < 1:6413246/71‑1 (MQ=255) gctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGc > 1:4821126/1‑70 (MQ=255) gctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGc > 1:2501991/1‑70 (MQ=255) ctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTg < 1:6046540/63‑1 (MQ=255) ctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGca < 1:4429838/70‑2 (MQ=255) tgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCa > 1:5124381/1‑48 (MQ=255) tgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCa > 1:4474074/1‑48 (MQ=255) tgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCa > 1:4449698/1‑48 (MQ=255) tgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCa > 1:883102/1‑48 (MQ=255) gcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGc > 1:4586143/1‑46 (MQ=255) gcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCAcc < 1:2118520/58‑1 (MQ=255) ccAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACAt < 1:3979459/71‑1 (MQ=255) aGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACAtgt < 1:5448497/71‑1 (MQ=255) || CGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTG‑‑ATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACATGT > AP009048/3685073‑3685204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |