| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 225946 | NA (NA) | 10 (0.140) | 8/88 | NT | NA | noncoding (188/2904 nt) | rrlH | 23S ribosomal RNA |
| ? | AP009048 | = 225965 | NA (NA) | noncoding (207/2904 nt) | rrlH | 23S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/225872‑225946‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑c‑ggggTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGA < AP009048/225965‑225897 TCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC > 1:1116192/1‑71TCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC > 1:7059707/1‑71TCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC > 1:1140413/1‑71TCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC > 1:5388801/1‑71 CCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G > 1:7368286/1‑71 CCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G > 1:5661345/1‑71 CCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G > 1:4765018/1‑71 CCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G > 1:1636380/1‑71 CCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC < 1:7683271/70‑1 CCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC < 1:7657526/70‑1 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG < 1:3435476/71‑1 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG > 1:4001417/1‑71 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG > 1:2485541/1‑71 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG < 1:4508890/71‑1 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG > 1:4769390/1‑71 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG > 1:5217054/1‑71 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG < 1:52616/71‑1 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG > 1:786157/1‑71 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG > 1:6507543/1‑71 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:5282702/70‑1 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:5599012/70‑1 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:4241703/70‑1 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:6200258/70‑1 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:7248623/70‑1 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:26292/70‑1 CGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:1479943/70‑1 GAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGTGAACC‑GGG < 1:2365945/71‑1 GAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGG > 1:3054197/1‑71 GAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGG < 1:951713/71‑1 GAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGG < 1:7798697/71‑1 GAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGG < 1:5243397/71‑1 GAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGG > 1:4739787/1‑71 GAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGG > 1:2467253/1‑71 GAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:3595655/69‑1 AATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGG < 1:2950463/71‑1 AATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGG > 1:3139912/1‑71 ATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGG > 1:2750314/1‑70 ATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG > 1:5782927/1‑68 cGAAACACACTGGGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:7020472/62‑1 AAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGG > 1:7428634/1‑63 CCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G > 1:4092818/1‑57 TGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGT > 1:3594819/1‑71 TGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGG > 1:7816285/1‑53 TTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:7703954/49‑1 TTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:4992312/49‑1 TTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC < 1:5330053/48‑1 TCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGG > 1:7570977/1‑50 CGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGG > 1:6687234/1‑48 GACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCC < 1:6455081/71‑1 ACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGGTACTTAGATGTTT > 1:1441139/1‑60 ACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGG > 1:2430922/1‑47 ACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGG > 1:7790328/1‑47 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G > 1:3621285/1‑43 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G > 1:7481369/1‑43 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G > 1:7573076/1‑43 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G > 1:6881044/1‑43 ACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG > 1:126310/1‑43 ACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GG > 1:6844681/1‑43 ACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G > 1:1441482/1‑42 ACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTT < 1:5384300/61‑1 ACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGCGTACTTAGATGTTTCAGTT < 1:5230368/61‑1 TATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCC > 1:1118624/1‑63 TATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTT < 1:2544151/59‑1 TATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑G < 1:7723958/38‑1 ATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC > 1:3297587/1‑36 ATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC > 1:4547126/1‑36 TCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGGTACTT‑‑ATGTTTCAGTTCCCCCG < 1:253951/61‑1 ATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGG < 1:5392156/36‑1 TTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGG < 1:6357199/36‑1 CATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCC > 1:6026171/1‑46 TAATGAGGCGAACCGGGGGTACTTAGATGTTTCAGT > 1:6295287/1‑36 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGT > 1:3274257/1‑71 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGT > 1:7299116/1‑71 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGT > 1:1986352/1‑71 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGT > 1:3127810/1‑71 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGT > 1:6737347/1‑71 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGT > 1:3592169/1‑71 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGT > 1:2466487/1‑71 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGT > 1:4235387/1‑71 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGA > 1:4321219/1‑63 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGG > 1:2414904/1‑50 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACC > 1:983313/1‑45 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACC > 1:3201989/1‑45 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTA < 1:1289764/42‑1 C‑GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCAATAACCT > 1:1938591/1‑46 GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAG < 1:5357497/65‑1 GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATA < 1:6072661/64‑1 GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGAT < 1:5081292/63‑1 GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAG > 1:1888916/1‑55 GGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCG < 1:5612232/71‑1 GGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCG < 1:516428/71‑1 GGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATG > 1:1238328/1‑60 GGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAAC > 1:1043727/1‑42 GGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGTATTCAGTTAATGATAGTG > 1:1814802/1‑65 GGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGA < 1:2261812/71‑1 GGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGA < 1:5585106/71‑1 GGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGA < 1:6391291/71‑1 GGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCG > 1:825937/1‑70 GGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCT < 1:5250606/43‑1 GTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAA > 1:7264964/1‑56 TCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACC‑GGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/225872‑225946‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑c‑ggggTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGA < AP009048/225965‑225897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |