| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 226398 = | NA (NA) | 6 (0.080) | 4/86 | NT | NA | noncoding (640/2904 nt) | rrlH | 23S ribosomal RNA |
| ? | AP009048 | 226415 = | NA (NA) | noncoding (657/2904 nt) | rrlH | 23S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/226472‑226398‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttaagTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACTGG > AP009048/226415‑226484 ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:7257422/1‑71ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:4151035/1‑71ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:4364322/1‑71ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:4729942/1‑71ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGAAACTTAACGCCCAGT > 1:5603912/1‑71 ccgAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:3193802/68‑1 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:1429238/71‑1 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:1511032/71‑1 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:5739543/71‑1 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT < 1:1313915/70‑1 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT < 1:6085134/70‑1 CCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:7874336/1‑70 CCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATAACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTA < 1:7062882/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAATGCCCAGTTAA < 1:2288113/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGct > 1:4662232/1‑67 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:2904923/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:5694336/1‑69 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:1940477/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:5235415/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:5104029/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:586365/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:6417561/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:7155123/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:857084/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:2844189/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:7820656/1‑67 CTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:2145790/65‑1 CTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:3549369/65‑1 TCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:3266106/63‑1 ACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA > 1:7935748/1‑62 ACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:5000781/1‑60 CCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:640453/55‑1 ATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAG > 1:4148087/1‑50 TGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT < 1:4947242/50‑1 GGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:2806632/50‑1 GATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:3597371/47‑1 ATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:3474528/46‑1 ACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:3981756/43‑1 ACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:4162922/1‑41 ACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:5636166/1‑41 GTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:5230526/38‑1 AACTTAACGCCCAGTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCC > 1:1039262/1‑43 ACTTAACGCCCAGTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGG > 1:4538328/1‑59 CTTAACCCCCAGTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTT > 1:2827/1‑71 TTAACGCCCAGTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAAC > 1:3822134/1‑38 GCCCAGTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAA < 1:4392166/71‑1 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTA < 1:1621284/71‑1 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACT > 1:4755599/1‑70 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGT < 1:2698744/64‑1 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGT < 1:7008076/64‑1 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGAT < 1:5516081/36‑1 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGAT < 1:1271911/36‑1 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGAT < 1:2959084/36‑1 GTTAAGTTGCACGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTT < 1:7339667/60‑1 GTTAAGTTGAAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACA < 1:4669265/68‑1 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAA < 1:7408127/71‑1 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAA > 1:3341295/1‑71 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAA < 1:6318433/71‑1 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAA > 1:7841944/1‑71 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGT > 1:7492935/1‑58 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGA < 1:2291567/54‑1 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGC < 1:2418036/47‑1 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAAC > 1:3928051/1‑71 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAA > 1:4324757/1‑70 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAG > 1:7003904/1‑55 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGC > 1:511416/1‑39 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGC < 1:2198686/39‑1 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACT > 1:5184525/1‑71 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACT < 1:5001581/67‑1 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGG > 1:1339734/1‑60 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG > 1:1652269/1‑59 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG > 1:4442668/1‑59 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAG > 1:7232445/1‑54 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAG > 1:6227585/1‑54 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAA > 1:5645090/1‑53 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGT > 1:7400933/1‑49 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATG > 1:7647977/1‑42 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCC < 1:304961/39‑1 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACACGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGT > 1:1182251/1‑56 AGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACTG > 1:3674832/1‑71 AGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACTG > 1:6178152/1‑71 AGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACTG > 1:7527857/1‑71 AGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACTG > 1:6829845/1‑71 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |