| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 566000 = | NA (NA) | 118 (1.450) | 58/98 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | AP009048 | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/566066‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGAT < AP009048/576913‑576844 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT < 1:6531641/70‑1 GTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT > 1:3867760/1‑71 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT > 1:1264829/1‑70 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT > 1:3090576/1‑71 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT < 1:4611256/71‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT > 1:3635637/1‑71 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:588108/1‑71 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATAAAGTGATTAACACTGA < 1:2557164/71‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA < 1:4598143/70‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA > 1:5929968/1‑64 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG > 1:1268183/1‑71 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG > 1:7410546/1‑71 TGACTGATAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA > 1:3389894/1‑62 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:3768271/1‑71 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTA > 1:1748818/1‑71 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC < 1:2238265/69‑1 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC < 1:1747084/69‑1 GAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAAC < 1:4327519/58‑1 GAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT < 1:3760371/55‑1 GAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:3606603/1‑58 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT > 1:1895704/1‑71 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCT > 1:3652557/1‑62 TTTACTCACTTAGCCGCGAGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAAT > 1:2793103/1‑70 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT > 1:2273003/1‑47 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT < 1:272440/70‑1 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT < 1:7909555/70‑1 TCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA < 1:4347470/49‑1 CACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCTAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:4259634/61‑1 CACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC > 1:1930295/1‑69 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCG < 1:3720078/70‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGAT > 1:7439314/1‑52 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CCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC < 1:6327941/48‑1 CCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC < 1:2188952/48‑1 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:5651083/1‑70 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAG > 1:4358909/1‑52 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAG > 1:3489761/1‑52 CGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAG < 1:1059379/71‑1 GTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA > 1:1862887/1‑35 GTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:4490010/1‑71 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGC < 1:4996716/71‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:2990759/1‑70 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG < 1:155924/70‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:7823774/1‑70 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA < 1:7459871/49‑1 CCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC < 1:5933234/54‑1 CCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC < 1:6647448/54‑1 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAG > 1:6339878/1‑71 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGAT > 1:3390527/1‑37 ACTATTGCTTGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC > 1:6168072/1‑52 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:5675883/71‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:4037746/71‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:4046850/71‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAG > 1:6773282/1‑70 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC > 1:7747609/1‑52 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTAT < 1:5938625/41‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTAT < 1:3028324/41‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCA < 1:4423452/71‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC > 1:827481/1‑70 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:5555798/42‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:6969197/42‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:1578241/42‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:4962441/42‑1 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAAC > 1:3921715/1‑71 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACG > 1:6451155/1‑71 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAAC < 1:2305527/70‑1 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAAC < 1:4878020/70‑1 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:5054022/1‑54 CTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGAAACGGCT < 1:7922061/71‑1 TGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTT > 1:4787132/1‑71 TGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTG < 1:7537074/41‑1 TGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTG < 1:7833785/41‑1 TGGGTAAGATCAAGT‑ATTAACACTGATGCTATAGCAATTG < 1:5585452/40‑1 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG < 1:5172031/57‑1 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG > 1:6835523/1‑69 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:3915612/45‑1 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:4777709/45‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:6201225/71‑1 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGC > 1:7130394/1‑51 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:4480611/1‑41 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA > 1:5242918/1‑71 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT > 1:5764769/1‑44 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT > 1:6072525/1‑44 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT > 1:5650011/1‑44 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT > 1:4421306/1‑44 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTACGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA > 1:414611/1‑71 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGAT > 1:5089292/1‑71 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGAT < 1:935400/71‑1 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/566066‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGAT < AP009048/576913‑576844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |