| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 1281291 | 27 (0.330) | 5 (0.070) | 4/86 | NT | 12.1% | intergenic (+366/‑150) | narK/narG | nitrate/nitrite transporter/nitrate reductase 1, alpha subunit |
| ? | AP009048 | = 1281300 | 49 (0.690) | intergenic (+375/‑141) | narK/narG | nitrate/nitrite transporter/nitrate reductase 1, alpha subunit | |||||
AATAGTTTAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/1281218‑1281291‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctaaGATACCCCTTTAGGATAATTAACAGCCACCACATAACAGACTGTAAATTAAGACGTTTTATACCTGTAGT < AP009048/1281300‑1281231 AATAGTTTAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCC > 1:3818094/1‑71 ATAGTTTAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCC < 1:2242378/70‑1 ATAGTTTAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCC < 1:4079918/70‑1 TAGTTTAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTA < 1:7628224/71‑1 TAGTTTAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCT > 1:7464183/1‑70 AGTTTAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTA > 1:3876932/1‑70 CAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAGATACCCCTTTAGG < 1:273665/71‑1 AGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAGATACCCCTTTAGGA < 1:3380445/71‑1 ATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCT < 1:1963951/50‑1 AAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTA < 1:1403976/48‑1 AACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTA < 1:1987499/47‑1 AACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTA < 1:3171744/47‑1 CAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAGATACCCCTTTAGGAT < 1:4665295/50‑1 AGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAGATACCCCTTTAGGATAA > 1:1452660/1‑51 AGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAGATACCCCTTTAGGATAA > 1:2331977/1‑51 TCCTAAGATACCCCTTTAGGATAATTAACAGCCACCACATAACAGACTGTAAATTAAGACGT > 1:4681204/1‑62 CTATGATACCCCTTTAGGATAATTAACAGCCACCACATAACAGACTGTAAATTAAGACGTTTTATACCT < 1:7903194/69‑1 AGATACCCCTTTAGGATAATTAACAGCCACCACATAACAGACTGTAAATTAAGACGTTTTATACCTGTAGT > 1:6969578/1‑71 AGATACCCCTTTAGGATAATTAACAGCCACCACATAACAGACTGTAAATTAAGACGTTTTATACCTGTAGT > 1:7048763/1‑71 AGATACCCCTTTAGGATAATTAACAGCCACCACATAACAGACTGTAAATTAAGACGTT > 1:5723965/1‑58 AGATACCCCTTTAGGATAATTAACAGCCACCACATAACAGACTGTAAATTAAGACGTT > 1:2278388/1‑58 AATAGTTTAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/1281218‑1281291‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctaaGATACCCCTTTAGGATAATTAACAGCCACCACATAACAGACTGTAAATTAAGACGTTTTATACCTGTAGT < AP009048/1281300‑1281231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |