| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | AP009048 | 1,301,041 | Δ1,336 bp | 100% | insC–insD | insC, insD | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | AP009048 | 1301041–1302370 | 1302376 | 7–1336 | 73 [0] | [0] 76 | insC–insD | insC,insD |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 1301040 | 0 (0.000) | 56 (0.800) | 36/84 | NT | 100% | intergenic (+218/‑90) | ychE/insC | predicted inner membrane protein/IS2 element protein |
| ? | AP009048 | 1302377 = | 0 (0.000) | intergenic (+19/‑519) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit | |||||
TGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/1300965‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT > AP009048/1302377‑1302442 TGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA > 1:6402892/1‑71 CTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATA > 1:3459393/1‑71 CTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATA > 1:1935836/1‑71 CTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT < 1:4187702/70‑1 TCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATA < 1:2474397/69‑1 CTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATAT < 1:7727495/69‑1 CTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATAT < 1:4375315/69‑1 TCCTCACCATCATGTTTTTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT < 1:393944/66‑1 CTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATG < 1:5125983/62‑1 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT > 1:7579019/1‑71 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT > 1:7306477/1‑71 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAAT < 1:7741280/70‑1 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAA < 1:5336520/69‑1 CATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGATGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC > 1:5061526/1‑70 ATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA < 1:7870969/57‑1 ATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA < 1:1415421/57‑1 CATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATA > 1:7819870/1‑57 GTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATT < 1:1435259/56‑1 TTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG < 1:1996598/71‑1 TTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG < 1:3350228/71‑1 TTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG < 1:3709485/70‑1 TCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:1906632/1‑69 TCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT > 1:1396393/1‑56 CGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:3099690/1‑68 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGG > 1:511585/1‑70 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATAT > 1:894416/1‑43 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAA < 1:5139528/71‑1 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:7351910/46‑1 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:4215939/46‑1 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:1668675/46‑1 CATCATAATACTGTGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:3603494/46‑1 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTA < 1:7519861/61‑1 TAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGT < 1:1931271/59‑1 TAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCC < 1:5774774/47‑1 TAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCC < 1:4978987/47‑1 TAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCC < 1:4644726/47‑1 AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGT < 1:2902183/58‑1 AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:7088578/1‑47 AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:7193993/1‑47 TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:7167106/59‑1 GGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:5058913/1‑71 GCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATA < 1:2512236/71‑1 TTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT > 1:6098738/1‑71 TTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT > 1:910319/1‑71 TGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTG > 1:7714320/1‑58 GCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:7157940/70‑1 GCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC > 1:5488590/1‑70 GCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAG > 1:2063352/1‑50 GCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAG > 1:7065996/1‑50 GAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT > 1:6641388/1‑71 GAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:5364648/67‑1 AAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTG < 1:6711323/71‑1 AAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGCAAAGTGCTAAATAATAATCAA > 1:4944639/1‑68 AGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT < 1:5243460/71‑1 AGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT < 1:5252760/71‑1 AGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTG > 1:2145791/1‑52 AGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTG > 1:1756381/1‑52 AGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTG > 1:32171/1‑52 GAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:3294155/1‑70 GAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:6170995/1‑70 AATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA < 1:5430934/71‑1 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAA > 1:3090409/1‑71 AATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTG > 1:4851909/1‑65 ATTGAAATTATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT < 1:6996382/52‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:2938203/71‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:126621/1‑70 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:1758109/1‑70 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT < 1:3137667/70‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCTCTGCCTTTGGTAGAGGAAA < 1:623504/42‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTA < 1:4815087/71‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTA < 1:4452/71‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTA < 1:2827030/71‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA < 1:2816165/66‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA < 1:1140192/60‑1 TGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT > 1:5106746/1‑64 TGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:996561/1‑52 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG > 1:3801286/1‑71 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG < 1:5957657/71‑1 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATT < 1:7591231/70‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCA < 1:2178549/70‑1 ATATTATTAATACCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAT < 1:5972385/71‑1 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT < 1:3730126/71‑1 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTA < 1:5052547/61‑1 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAGAGTGCTAAAT < 1:2903154/40‑1 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT < 1:2939065/40‑1 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT > 1:522269/1‑68 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA < 1:3109188/38‑1 TGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/1300965‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT > AP009048/1302377‑1302442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |