| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 1591954 = | 98 (1.200) | 8 (0.110) | 4/90 | NT | 8.3% | intergenic (‑239/+117) | ydeT/yneL | hypothetical protein/predicted transcriptional regulator |
| ? | AP009048 | 1591980 = | 87 (1.160) | intergenic (‑265/+91) | ydeT/yneL | hypothetical protein/predicted transcriptional regulator | |||||
TAGAGCAATTCGGTGTTAGTTTCAGCAAGCAAACATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/1592026‑1591954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cattAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTGCTCTAAACAGATAAGTGCAGGGTTT > AP009048/1591980‑1592046 TAGAGCAATTCGGTGTTAGTTTCAGCAAGCAAACATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCA > 1:1408186/1‑71 GAGCAATTCGGTGTTAGTTTCAGCAAGCAAACATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCATT < 1:261270/71‑1 GAGCAATTCGGTGTTAGTTTCAGCAAGCAAACATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCAT < 1:6452233/70‑1 GAGCAATTCGGTGTTAGTTTCAGCAAGCAAACATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCAT < 1:5681047/70‑1 GAGCAATTCGGTGTTAGTTTCAGCAAGCAAACATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCAT < 1:1318251/70‑1 GAGCAATTCGGTGTTAGTTTAAGCAAGCAAACATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCAT < 1:7037914/70‑1 AAACATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCATT > 1:2941484/1‑43 CATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCAT > 1:321669/1‑39 CATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCAT > 1:4210154/1‑39 TAATGATTTATAGCCATATTAACCATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAA < 1:2673304/59‑1 TAATGATTTATAGCCATATTAACCATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAA < 1:444898/59‑1 ATGATTTATAGCCATATTAACCATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAA > 1:4440201/1‑53 ATGATTTATAGCCATATTAACCATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAA > 1:5692518/1‑53 GATTTATAGCCATATTAACCATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAA > 1:3520998/1‑51 GATTTATAGCCATATTAACCATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAA > 1:1686556/1‑51 GATTTATAGCCATATTAACCATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAA > 1:7672733/1‑51 TAGCCATATTAACCATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGA > 1:1776221/1‑43 aCATTAACCATAGCTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTGCTCTAAACAGATAAGTGCAGGGTT > 1:7486744/2‑71 aCATTAACCATAGCTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTGCTCTAAACAGATAAGTGCAGGGT > 1:636878/2‑70 ATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTGCTCTAAACAGATAAGTGCAGGGTTT < 1:3439950/70‑1 ATTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTGCTCTAAACAGATAAGTGCAGGGTTT < 1:7273688/70‑1 TTAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTGCTCTAAACAGATAAGTGCAGGGTTT < 1:5379000/69‑1 TAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTG < 1:4671239/43‑1 TAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTG < 1:3024613/43‑1 TAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTG < 1:7108625/43‑1 TAGAGCAATTCGGTGTTAGTTTCAGCAAGCAAACATTAACCATAGCTAATGATTTATAGCCATATTAACCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/1592026‑1591954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cattAGCTATGGTTAATGTTTGCTTGCTGAAACTAACACCGAATTGCTCTAAACAGATAAGTGCAGGGTTT > AP009048/1591980‑1592046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |