| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 3914411 = | 128 (1.570) | 7 (0.100) | 3/84 | NT | 6.7% | coding (118/996 nt) | yiaH | conserved inner membrane protein |
| ? | AP009048 | 3914447 = | 84 (1.200) | coding (82/996 nt) | yiaH | conserved inner membrane protein | |||||
GCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/3914486‑3914411‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtcacatACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCATTAAACACGCTATCCCTCGCAGGTTATCAATCCAGT > AP009048/3914447‑3914512 GCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGT > 1:2262423/1‑71 CGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTC < 1:7544434/71‑1 CGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTC < 1:1866230/71‑1 GTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCA < 1:7902697/71‑1 GTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACA > 1:5631371/1‑71 GTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACA > 1:7521971/1‑71 TTTTATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTTGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACAT < 1:271815/71‑1 TTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACAT < 1:4582687/71‑1 TTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACA < 1:1285957/69‑1 GTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACA > 1:1816570/1‑60 GATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCA < 1:4451319/53‑1 GATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCA < 1:979519/53‑1 ACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCA > 1:1501889/1‑46 ACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCA > 1:4530131/1‑46 CCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTC < 1:808001/44‑1 CCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTC < 1:5634255/44‑1 CACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCA < 1:4788641/44‑1 TGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCAT > 1:4627810/1‑71 TGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGT < 1:7725550/35‑1 GGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTC > 1:4092530/1‑35 GGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTC > 1:5077588/1‑35 GGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTC > 1:3980780/1‑35 GGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTC > 1:3448531/1‑35 TGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCA < 1:7831048/54‑1 TGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCA < 1:1258636/54‑1 TGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCA < 1:2199535/54‑1 CAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATACCAGGTAGTGGTGTGAAT > 1:6526640/1‑48 CAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATACCAGGTAGTGGTGTGAAT > 1:4539130/1‑48 CAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATACCAGGTAGTGGTGTGAAT > 1:2457860/1‑48 TCACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCATTAAACACGCTATCCCTCGCAGGTTATCAATCCAG > 1:5397437/1‑71 CACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCATTAAACACGCTATCCCTCGCAGGTTATCAATCCAG > 1:5023530/1‑70 ACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCATTAAACACGCTATCCCTCGCAGGTTATCAATCCAGT > 1:5169531/1‑70 ACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCATTAAACACGCTATCCCTCGCAGGTTATCAATCCAGT > 1:7616829/1‑70 ACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCATTAAACACGCTATCCCTCGCAGGTTATCAATCCAGT > 1:1561918/1‑70 ACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCATTAAACACGCTATCCCTCGCAGGTTATCAATCCAGT > 1:1133779/1‑70 ACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCATTAAACACGCTATCCCTCGCAGGTTATCAATCCAG > 1:338915/1‑69 ACATACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCATTAAACACGCTATCCCTCGCAGGTTA > 1:2768956/1‑60 GCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/3914486‑3914411‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtcacatACCAGGTAGTGGTGTGAATCATCACCACCATTAAACACGCTATCCCTCGCAGGTTATCAATCCAGT > AP009048/3914447‑3914512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |