| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 4599624 | 89 (1.090) | 12 (0.180) | 4/82 | NT | 12.4% | coding (908/915 nt) | yjjM | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| ? | AP009048 | = 4599637 | 95 (1.390) | coding (895/915 nt) | yjjM | predicted DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
GGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/4599547‑4599624‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaatgagAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTTTATCAA < AP009048/4599637‑4599569 GGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACT > 1:6303223/1‑71 GAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTT < 1:26246/71‑1 AATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTT > 1:434920/1‑70 AATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTT > 1:425560/1‑70 ATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAA > 1:4738040/1‑71 TTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAAT > 1:5271891/1‑71 TTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAAT < 1:7498099/71‑1 CCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAG > 1:7657196/1‑71 CCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAG > 1:6511119/1‑71 TATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAAT < 1:4922245/59‑1 TCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAAT < 1:2727664/57‑1 TCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAAT < 1:7729302/57‑1 TCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTT < 1:5251103/54‑1 CTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAAT < 1:3367057/56‑1 CTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAAT < 1:4054299/56‑1 ATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTA > 1:6030417/1‑48 AAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACT > 1:3513927/1‑44 AAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACT < 1:1785746/44‑1 AACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTT < 1:2926205/43‑1 AACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTT < 1:2185296/43‑1 AACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTT < 1:7530053/43‑1 ACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCATT > 1:1437552/1‑67 ACCGTGCAACCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCATT > 1:3904103/1‑67 TTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCATTA > 1:1383619/1‑42 TTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCATTA > 1:1189785/1‑42 TTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCATTA > 1:3411817/1‑42 TTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCAT < 1:7726599/40‑1 TTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCAT < 1:5358438/40‑1 TTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCAT < 1:1519102/40‑1 TTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCAT < 1:2285352/40‑1 TTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCAT < 1:7171146/40‑1 TTTTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCAT < 1:7387854/40‑1 TTTAATCCGTACTTAATGAGAACACGCGTTATGCTCATTA > 1:6475273/1‑40 TTAATGAGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTT < 1:2104910/71‑1 TAATGAGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAA > 1:6755322/1‑42 ATGAGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTTTAT < 1:4798454/71‑1 ATGAGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTTTAT < 1:3294350/71‑1 ATGAGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTTTAT < 1:7169052/71‑1 ATGAGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTTTA < 1:4930614/70‑1 TGAGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTT > 1:5011543/1‑66 GAGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTTTATC > 1:7804923/1‑70 AGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTTTATCAA < 1:7055909/71‑1 AGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTTTATCAA < 1:5896149/71‑1 AGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAAC < 1:3317120/45‑1 AGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAAC < 1:7580000/45‑1 AGAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAAC < 1:3557394/45‑1 GAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTTTATC > 1:5092451/1‑68 GGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/4599547‑4599624‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaatgagAACACGCGTTATGCTCATTAAGTACGGATTAAAAACAGCAAACTATTAGCGGGTGCACGGTTTTATCAA < AP009048/4599637‑4599569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |