| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 3229565 | 82 (1.010) | 16 (0.220) | 5/86 | NT | 18.9% | coding (2022/2352 nt) | ygjK | predicted glycosyl hydrolase |
| ? | AP009048 | = 3229588 | 65 (0.910) | coding (2045/2352 nt) | ygjK | predicted glycosyl hydrolase | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GGCCGGAAGGCTGGTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAACCAATCCGGCTTTTG > AP009048/3229495‑3229635 | ggCCGGAAGGCTGGTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGTCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTG < 1:3930844‑M1/71‑1 (MQ=255) ggAAGGCTGGTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGa < 1:2342406/68‑1 (MQ=255) aaGGCTGGTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTc < 1:7529868/71‑1 (MQ=255) aaGGCTGGTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTc < 1:1530459/71‑1 (MQ=255) ggCTGGTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGa < 1:3360456/71‑1 (MQ=255) cTGGTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGa > 1:1577846/1‑69 (MQ=255) cTGGTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGa > 1:5173736/1‑69 (MQ=255) cTGGTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTG > 1:2141320‑M1/1‑61 (MQ=255) gTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCt < 1:1563112/70‑1 (MQ=255) gTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTa < 1:2557104/71‑1 (MQ=255) tCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTaa < 1:7552692/71‑1 (MQ=255) tCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTaa < 1:4642004/71‑1 (MQ=255) gccgcTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTaaa < 1:1429491/70‑1 (MQ=255) cgcTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTTGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAagag < 1:6165221/71‑1 (MQ=255) cgcTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTc < 1:5051720/59‑1 (MQ=255) gcTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggat < 1:4446693‑M1/68‑17 (MQ=255) gcTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggat < 1:5682959‑M1/68‑17 (MQ=255) gcTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGt > 1:4633271/1‑71 (MQ=255) gTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGa > 1:4863982/1‑50 (MQ=255) gTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGa > 1:935986/1‑50 (MQ=255) gTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGAAGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTc > 1:2378164/1‑70 (MQ=255) tttAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGc > 1:648504/1‑52 (MQ=255) tttAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCaa < 1:6559127/71‑1 (MQ=255) tAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAAc > 1:7371126‑M2/1‑69 (MQ=255) aaCGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggatcgagcatca < 1:1882511‑M1/70‑26 (MQ=255) aaCGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggatcgagcatca < 1:5463374‑M1/70‑26 (MQ=255) aCGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggatcgagcatcac < 1:7576288‑M1/70‑27 (MQ=255) aCGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggatcgagcatcac < 1:6404017‑M1/70‑27 (MQ=255) aCGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGa > 1:2113339/1‑52 (MQ=255) aCGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTaaa > 1:4791305/1‑59 (MQ=255) aCGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTaaa > 1:7223550/1‑59 (MQ=255) cGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAAcacct > 1:3468655‑M2/1‑66 (MQ=255) ggTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATc > 1:5748903/1‑52 (MQ=255) ggTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATc > 1:3645903/1‑52 (MQ=255) ggTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAAcacctt > 1:3453165‑M2/1‑65 (MQ=255) ggTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAAcacctt > 1:7084301‑M2/1‑65 (MQ=255) ggTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAAcacctt > 1:3077070‑M2/1‑65 (MQ=255) ggCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCt < 1:7769790/49‑1 (MQ=255) ggCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCt < 1:5458989/49‑1 (MQ=255) ggCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCt < 1:776598/49‑1 (MQ=255) ggCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTc < 1:6753951/58‑1 (MQ=255) ggCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTc < 1:1980752/58‑1 (MQ=255) gCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGt < 1:2136281/55‑1 (MQ=255) aaCGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTc > 1:4250993/1‑55 (MQ=255) aaCGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTc > 1:5458537/1‑55 (MQ=255) aaCGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGc > 1:7820207/1‑71 (MQ=255) aCGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCt > 1:2263804/1‑71 (MQ=255) cGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggatcgag > 1:3683096‑M1/1‑32 (MQ=255) cGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggatcgag > 1:2850530‑M1/1‑32 (MQ=255) cGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggatcgag > 1:7386241‑M1/1‑32 (MQ=255) cGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggatcgag > 1:3276671‑M1/1‑32 (MQ=255) cAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGAt > 1:7650043/1‑39 (MQ=255) cAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGAt > 1:1840046/1‑39 (MQ=255) aGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGtt < 1:4281114/49‑1 (MQ=255) aGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGtt < 1:7673094/49‑1 (MQ=255) aGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTc < 1:1668532/50‑1 (MQ=255) aGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTggg > 1:6112057/1‑70 (MQ=255) ggCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTc > 1:5358078/1‑61 (MQ=255) ccAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCg < 1:1801654/62‑1 (MQ=255) ccAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTCTGTCCCg < 1:7145527/62‑1 (MQ=255) cAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGttgaactctttaggatcga < 1:1579451‑M1/44‑20 (MQ=255) cAATGACGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAAcgg < 1:81510/71‑1 (MQ=255) tGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTa < 1:4916780/35‑1 (MQ=255) tGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTa < 1:6622085/35‑1 (MQ=255) tGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTa < 1:6337318/35‑1 (MQ=255) gCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAaga > 1:4912464/1‑38 (MQ=255) gCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAaga > 1:6186375/1‑38 (MQ=255) ccGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGgcggcg > 1:6918662/1‑71 (MQ=255) cGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAAc > 1:7173828/1‑63 (MQ=255) gACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGtt < 1:1230197/71‑1 (MQ=255) gACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGtt < 1:3895360/71‑1 (MQ=255) gACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGt > 1:5639259/1‑70 (MQ=255) aCGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCaa > 1:2417884/1‑40 (MQ=255) aCGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGtt > 1:3316800/1‑70 (MQ=255) aCGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTa < 1:1693402/71‑1 (MQ=255) gcgGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCa > 1:5555269/1‑37 (MQ=255) tggtgAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAACCAAt > 1:3455079/1‑71 (MQ=255) ggtgAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGTGGCGTTAACCAATc > 1:5282102/1‑71 (MQ=255) tgAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAAcacct > 1:4376888‑M2/1‑31 (MQ=255) tgAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAACCAATCCg > 1:1146390/1‑71 (MQ=255) gAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAACCAATCCgg > 1:895647/1‑71 (MQ=255) gAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAACCAATCCgg > 1:4746344/1‑71 (MQ=255) gAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAACCAATCCgg > 1:2033345/1‑71 (MQ=255) aaGGTGttgaactctttaggatcgagcatcaccttcaccaccgcgtcggcattggcctgcgttgccgcacc > 1:3077070‑M1/1‑6 (MQ=255) aaGGTGttgaactctttaggatcgagcatcaccttcaccaccgcgtcggcattggcctgcgttgccgcacc > 1:7084301‑M1/1‑6 (MQ=255) aaGGTGttgaactctttaggatcgagcatcaccttcaccaccgcgtcggcattggcctgcgttgccgcacc > 1:3453165‑M1/1‑6 (MQ=255) aaGGTGttgaactctttaggatcgagcatcaccttcaccaccgcgtcgg > 1:5602632‑M1/1‑6 (MQ=255) aGGTGttgaactctttaggatcgagcatcaccttcaccaccgcgtcggcattggcctgcgttgccgcaccg > 1:3468655‑M1/1‑5 (MQ=255) aGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAACCAATCCGGCt < 1:7753362/71‑1 (MQ=255) gtgttgaactctttaggatcgagcatcaccttcaccaccgcgtc > 1:3027454‑M1/1‑3 (MQ=255) gTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAAcaccttcaccaccgcgtcggcattggcctgcgttgccgcaccgt < 1:4490457‑M2/70‑45 (MQ=255) gTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAAcaccttcaccaccgcgtcggcattggcctgcgttgccgcaccgt < 1:6404017‑M2/70‑45 (MQ=255) tgttgaactctttaggatcgagcatcaccttcaccaccgcgtcggcattggcctgcgttgccgcaccgtta < 1:6144059‑M1/71‑70 (MQ=255) tgttgaactctttaggatcgagcatcaccttcaccaccgcgtcggcattggcctgcgttgccgcaccgtt > 1:129710‑M1/1‑2 (MQ=255) tGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAAcaccttcaccaccgcgtcggcattggcctgcgttgccgcaccgtt < 1:3572833‑M2/70‑46 (MQ=255) gATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAAcc < 1:4177371/58‑1 (MQ=255) gATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAAcc < 1:4202052/58‑1 (MQ=255) gATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAAcc < 1:2683261/58‑1 (MQ=255) gATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAACCAATCCggat > 1:2461691/1‑65 (MQ=255) gATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAACCAATCCGGCTTTTg > 1:4156147/1‑71 (MQ=255) | GGCCGGAAGGCTGGTCGCCGCTGTTTAACGGTGCGGCAACGCAGGCCAATGCCGACGCGGTGGTGAAGGTGATGCTCGATCCTAAAGAGTTCAACACCTTTGTCCCGCTGGGAACGGCGGCGTTAACCAATCCGGCTTTTG > AP009048/3229495‑3229635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |