| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 3748797 = | 3 (0.040) | 84 (1.030) | 47/98 | NT | 96.6% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | AP009048 | 4056220 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
CAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAA > AP009048/3748727‑3748866 | cAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTc > 1:7252965/1‑71 (MQ=255) gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:7474209‑M1/70‑71 (MQ=255) aGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTc > 1:3929733/1‑70 (MQ=255) gtgtTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGGGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaa < 1:2495572/71‑1 (MQ=255) gctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa > 1:5148818‑M1/68‑71 (MQ=255) gctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa < 1:3762923‑M1/4‑1 (MQ=255) ctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa < 1:2268509‑M1/4‑1 (MQ=255) catgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaataa > 1:2888595‑M1/64‑70 (MQ=255) 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ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:1353247‑M1/26‑71 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat > 1:1687351‑M2/1‑34 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat > 1:1023514‑M2/1‑34 (MQ=255) cGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg > 1:6413986‑M2/1‑33 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg < 1:2055022‑M2/71‑40 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg < 1:5583825‑M2/71‑40 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgc > 1:5791202‑M2/1‑32 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgc > 1:4084989‑M2/1‑32 (MQ=255) caataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg < 1:7184446‑M1/49‑1 (MQ=255) cGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt > 1:4743207‑M2/1‑30 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt < 1:6049856‑M2/67‑39 (MQ=255) ataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAt > 1:7509972‑M1/20‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:5637753‑M1/19‑71 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:4865598‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg < 1:947198‑M2/66‑40 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaa > 1:6792365‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgc > 1:2524796‑M2/1‑27 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:446847‑M2/1‑26 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgt > 1:6517919‑M2/1‑26 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgt < 1:4512662‑M2/55‑31 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:3770560‑M1/53‑1 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttact < 1:4599739‑M2/44‑21 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtt > 1:1443967‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaact > 1:5712447‑M2/1‑22 (MQ=255) tggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATaa < 1:4997793‑M1/48‑1 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:3170412‑M2/70‑50 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:5839316‑M2/1‑21 (MQ=255) ggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCa < 1:7028237‑M1/59‑1 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:5037980‑M2/51‑32 (MQ=255) gagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:74161‑M1/12‑65 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgct < 1:6916985‑M2/71‑53 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgct < 1:3956928‑M2/71‑53 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:794096‑M2/65‑47 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:1927212‑M2/65‑47 (MQ=255) aaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:7520101‑M2/1‑18 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc < 1:1514188‑M2/70‑54 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcca > 1:3373202‑M2/1‑16 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcca > 1:238149‑M2/1‑16 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg > 1:1951209‑M2/1‑16 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGc > 1:6192395‑M1/7‑64 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:7761682‑M2/1‑14 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:3584341‑M2/1‑14 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:6911513‑M2/42‑29 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:176637‑M2/1‑14 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:5400947‑M2/1‑14 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:582701‑M2/1‑14 (MQ=255) taccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATaa < 1:6692156‑M1/48‑1 (MQ=255) cTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtg > 1:2766492‑M2/1‑12 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:2999447‑M2/1‑11 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:7323656‑M2/70‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt < 1:7610806‑M2/66‑58 (MQ=255) | CAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAA > AP009048/3748727‑3748866 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |