New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AP009048 | = 274373 | NA (NA) | 72 (0.880) | 34/98 | NT | 100% | intergenic (‑32/‑176) | insH/mmuP | IS5 transposase and trans‑activator/predicted S‑methylmethionine transporter |
? | AP009048 | 576000 = | 0 (0.000) | pseudogene (109/1128 nt) | nmpC | DLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
ACTTTCCCGTACAGATCCAGCTTGTTACTGTCTTTATTATAAATTTCAGCTGCCTGAGCAGACATCGCCATTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAAC > AP009048/575930‑576068 | atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:265784‑M2/71‑71 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:3840462‑M2/71‑71 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:2856268‑M2/71‑71 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:5351768‑M2/71‑71 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:5546913‑M2/1‑1 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:3956429‑M2/71‑71 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:290401‑M2/71‑71 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:4116638‑M2/1‑1 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:6846848‑M2/71‑71 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:2929018‑M2/71‑71 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:668735‑M2/71‑71 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:4893181‑M2/2‑1 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:2404665‑M2/2‑1 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:4520311‑M2/2‑1 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:3573223‑M2/2‑1 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:3818260‑M2/2‑1 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:382448‑M2/2‑1 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:4218761‑M2/2‑1 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:462265‑M2/70‑70 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:4192352‑M2/70‑70 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:5062520‑M2/70‑70 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:1317521‑M2/2‑1 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:1860025‑M2/69‑70 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:3666770‑M2/69‑69 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:264588‑M2/69‑69 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:800947‑M2/69‑69 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:6412991‑M2/69‑69 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:3067404‑M2/3‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa > 1:499925‑M2/68‑70 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1626514‑M2/4‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:334453‑M2/4‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:244833‑M2/4‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:3594928‑M2/4‑1 (MQ=255) tgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:4676165‑M2/2‑1 (MQ=255) tgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:2371994‑M2/2‑1 (MQ=255) gaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa > 1:3020709‑M2/66‑68 (MQ=255) gaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTa > 1:7424382‑M2/66‑71 (MQ=255) accctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACt > 1:4169818‑M2/64‑71 (MQ=255) accctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACt < 1:6491315‑M2/8‑1 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGAt > 1:1337094‑M2/61‑71 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:6071498‑M2/2‑1 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:594012‑M2/2‑1 (MQ=255) tctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcagcttcct < 1:15629‑M2/1‑1 (MQ=255) tctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:2104908‑M2/1‑1 (MQ=255) tatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1124189‑M2/4‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:1454646‑M2/3‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTa < 1:4200714‑M2/18‑1 (MQ=255) ggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCa < 1:5776483‑M2/14‑1 (MQ=255) ggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCa < 1:6617961‑M2/14‑1 (MQ=255) ggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCa < 1:7807411‑M2/14‑1 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTAc > 1:4006510‑M2/51‑57 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTAc > 1:6462703‑M2/51‑57 (MQ=255) ccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:5604095‑M2/3‑1 (MQ=255) ccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTa > 1:4114837‑M2/48‑53 (MQ=255) ccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTAc > 1:2079463‑M2/48‑54 (MQ=255) ccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTAcag > 1:6288668‑M2/48‑68 (MQ=255) cagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATg < 1:4986878‑M2/12‑1 (MQ=255) cagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATg < 1:3049149‑M2/12‑1 (MQ=255) agatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:531360‑M2/4‑1 (MQ=255) agatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1175542‑M2/4‑1 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGaaa > 1:6213631‑M2/44‑70 (MQ=255) tgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:4097543‑M2/2‑1 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa > 1:3097586‑M2/42‑44 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:3923816‑M2/41‑44 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTg < 1:6675433‑M2/30‑1 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGc < 1:7158343‑M2/31‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGcc < 1:6070888‑M2/32‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGcc < 1:347566‑M2/32‑1 (MQ=255) aaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCa > 1:2255454‑M2/39‑71 (MQ=255) aacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:7269943‑M2/1‑1 (MQ=255) acatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt > 1:3223835‑M2/37‑38 (MQ=255) acatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:6301129‑M2/1‑1 (MQ=255) acatgatctcataccagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAAtt > 1:1984549‑M2/37‑65 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTg < 1:277532‑M2/36‑1 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTg < 1:2975481‑M2/36‑1 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:3127012‑M2/2‑1 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGt > 1:5336930‑M2/35‑39 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTa > 1:6539054‑M2/35‑40 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTAcagca > 1:6908675‑M2/35‑57 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTAcagca > 1:7782185‑M2/35‑57 (MQ=255) atgatcgcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTAcagca > 1:1583‑M2/35‑57 (MQ=255) tgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGtt < 1:174917‑M2/38‑1 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGtt > 1:4369675‑M2/33‑70 (MQ=255) atctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGaa > 1:4238500‑M2/32‑57 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTa > 1:3716357‑M2/31‑48 (MQ=255) tcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGa < 1:6403377‑M2/25‑1 (MQ=255) catattagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTAATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCa > 1:6377976‑M2/28‑60 (MQ=255) catatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCa > 1:4715394‑M2/28‑60 (MQ=255) tcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGa < 1:3265859‑M2/25‑1 (MQ=255) tcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCa > 1:1773428‑M2/24‑71 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGGAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGt < 1:3885772‑M2/52‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGt < 1:3398747‑M2/52‑1 (MQ=255) ttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGaa > 1:1826781‑M2/16‑41 (MQ=255) gttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGc > 1:2225044‑M2/14‑44 (MQ=255) cgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAAtt > 1:5873009‑M2/11‑39 (MQ=255) caccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCttttt > 1:5021852‑M2/9‑71 (MQ=255) cttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCttt < 1:3733608‑M2/61‑1 (MQ=255) ccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGa < 1:6462177‑M2/67‑1 (MQ=255) cTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAAt > 1:3310465‑M2/2‑42 (MQ=255) cTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAAt > 1:6571981‑M2/2‑42 (MQ=255) | ACTTTCCCGTACAGATCCAGCTTGTTACTGTCTTTATTATAAATTTCAGCTGCCTGAGCAGACATCGCCATTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAAC > AP009048/575930‑576068 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |