| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 1486246 | 38 (0.470) | 8 (0.110) | 5/88 | NT | 16.8% | coding (1415/3846 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase |
| ? | AP009048 | = 1486267 | 45 (0.620) | coding (1436/3846 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase | |||||
TCACCACTGATGAACAGGCCAGCGCCTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAGGCGATGATTAT > AP009048/1486198‑1486336 | tCACCACTGATGAACAGGCCAGCGCCTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTc > 1:984169‑M2/1‑70 (MQ=255) ccacTGATGAACAGGCCAGCGCCTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTcga > 1:4876260‑M2/1‑67 (MQ=255) cTGATGAACAGGCCAGCGCCTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCa > 1:1783347/1‑71 (MQ=255) aCAGGCCAGCGCCTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGCCCCACGTCTgg > 1:658920/1‑71 (MQ=255) cAGGCCAGCGCCTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGgc > 1:4787634/1‑71 (MQ=255) ggCCAGCGCCTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGgcgc > 1:2861838/1‑71 (MQ=255) cAGCGCCTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTa > 1:2611377/1‑71 (MQ=255) aGCGCCTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTAt < 1:7132412/71‑1 (MQ=255) ccTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGt < 1:7792108/46‑1 (MQ=255) atataAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTc < 1:4049360/55‑1 (MQ=255) taAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTg > 1:3223585/1‑70 (MQ=255) aaaCTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTg > 1:2423024/1‑69 (MQ=255) aaaCTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTg > 1:2691541/1‑69 (MQ=255) aaCTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGaa < 1:4438376/71‑1 (MQ=255) aaCTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGa < 1:4459176/70‑1 (MQ=255) aaCTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGa < 1:2085536/70‑1 (MQ=255) tGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCt > 1:2435435/1‑49 (MQ=255) tGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCt > 1:7011736/1‑64 (MQ=255) gccgcTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGAccc < 1:7694535/39‑1 (MQ=255) gccgcTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTAt < 1:247618/54‑1 (MQ=255) gccgcTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAgcgc < 1:4058822/68‑1 (MQ=255) gccgcTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCaaa < 1:3027518/71‑1 (MQ=255) gccgcTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCaaa < 1:3632766/71‑1 (MQ=255) cgcTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGgcgc > 1:1715260/1‑48 (MQ=255) cTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCa < 1:538823/65‑1 (MQ=255) cTCGGTCGCCAGCTCTCGAAGTTGCCTGTCGACCCACGGCTGGCGCGTATGGTGCTGGTAGCGCaaa > 1:5109509/1‑67 (MQ=255) tCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCt < 1:6948770/71‑1 (MQ=255) cGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTcgaccgagcggcgtcagtttataggcgctggcctgttcatcagtggt < 1:6271551‑M2/70‑48 (MQ=255) gCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATg > 1:7918290/1‑66 (MQ=255) gCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATg > 1:7909476/1‑66 (MQ=255) gCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATg > 1:4272009/1‑66 (MQ=255) gCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgc > 1:4547395/1‑71 (MQ=255) accAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgc > 1:372911/2‑71 (MQ=255) aGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgcgt > 1:5210196/1‑70 (MQ=255) gCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgcgtgc < 1:2548291/71‑1 (MQ=255) gCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgcgtgc < 1:5398153/71‑1 (MQ=255) ctctCGCAGTTGCCTGTcgaccgagcggcgtcagtttatag > 1:4030867‑M2/1‑17 (MQ=255) ctctCGCAGTTGCCTGTcgaccgagcggcgtcagtttat > 1:1904876‑M2/1‑17 (MQ=255) tctcGCTGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgcgtgc < 1:3028149/69‑1 (MQ=255) tctcGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgcgtgc < 1:6908496/69‑1 (MQ=255) ctcGCAGTTGCCTGTcgaccgagcggcgtcagtttat < 1:884378‑M2/37‑23 (MQ=255) ctcGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTgcgtgcgt > 1:2109530/1‑70 (MQ=255) tcGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTgcgtgcgt < 1:1509434/69‑1 (MQ=255) cGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAg > 1:5440864/1‑71 (MQ=255) gCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgcgtgc > 1:6507476/1‑65 (MQ=255) gCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGa < 1:4074902/69‑1 (MQ=255) gCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAgg < 1:3555927/71‑1 (MQ=255) gCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAgg > 1:7487127/1‑71 (MQ=255) cAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCt > 1:3909405/1‑58 (MQ=255) ttGCCTGTcgaccgagcggcgtcagtttataggcgctggcctgttcatcagtggtgatcgcgcccagctct > 1:5104456‑M2/1‑8 (MQ=255) ttGCCTGTcgaccgagcggcgtcagtttataggcgctggcctgttcatcagtggtgatcgcgcccagctct > 1:5692620‑M2/1‑8 (MQ=255) ttGCCTGTcgaccgagcggcgtcagtttataggcgctggcctgttcatcagtggtgatcgcgcccagctct > 1:2567970‑M2/1‑8 (MQ=255) ttGCCTGTcgaccgagcggcgtcagtttataggcgctggcctgttcatcagtggtgatcgcgcccagctct > 1:7624594‑M2/1‑8 (MQ=255) ttGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGa < 1:849244/65‑1 (MQ=255) ttGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGa < 1:4074219/65‑1 (MQ=255) gCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAGGCgatg < 1:2784442/70‑1 (MQ=255) gCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAGGCgatg < 1:4353730/70‑1 (MQ=255) gCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAGGCga > 1:960805/1‑68 (MQ=255) cTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCaaaaa < 1:6487386/44‑1 (MQ=255) cTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCaaaaa < 1:7842123/44‑1 (MQ=255) ttCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgcgtgcg > 1:3375454/2‑56 (MQ=255) gTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgcgtgcg > 1:5595462/1‑56 (MQ=255) gTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgcgtgcg > 1:523076/1‑56 (MQ=255) gTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCtgcgtgc > 1:7334618/1‑55 (MQ=255) gTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAGGCGATGATTa > 1:7281672/1‑70 (MQ=255) gTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAGGCGATGATTa > 1:779449/1‑70 (MQ=255) gTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAGGCGATGATTa > 1:1589307/1‑70 (MQ=255) gTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAGGCGATGATTAt > 1:4229099/1‑71 (MQ=255) tCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAGGCGATGATTAt > 1:3279272/1‑70 (MQ=255) | TCACCACTGATGAACAGGCCAGCGCCTATAAACTGACGCCGCTCGGTCGCCAGCTCTCGCAGTTGCCTGTCGACCCACGTCTGGCGCGTATGGTGCTGGAAGCGCAAAAACATGGCTGCGTGCGTGAGGCGATGATTAT > AP009048/1486198‑1486336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |