| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,915,568 | A→T | 8.9% | P321P (CCT→CCA) | prc ← | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,915,568 | 0 | A | T | 8.9% | 214.7 / 11.8 | 79 | P321P (CCT→CCA) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/27); new base T (3/4); total (48/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
CCGCGCGGTCTTCGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCACATCATCAAGACG > AP009048/1915498‑1915636 | ccGCGCGGTCTTCGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACcagca < 1:4759905/71‑1 (MQ=255) gcgcgGTCTTCGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAgg > 1:4581313/1‑71 (MQ=255) cgcgGTCTTCGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGt < 1:6794073/71‑1 (MQ=255) ggTCTTCGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTaaa < 1:5626757/71‑1 (MQ=255) ttCGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTaaaa > 1:6008694/1‑68 (MQ=255) ttCGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAAtt < 1:1364996/70‑1 (MQ=255) tCGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTc > 1:7278703/1‑71 (MQ=255) tCGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTc > 1:5856756/1‑71 (MQ=255) cGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAAttt < 1:4433836/69‑1 (MQ=255) cGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAAttt < 1:5684671/69‑1 (MQ=255) cGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAAtt < 1:1870301/68‑1 (MQ=255) cGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTc < 1:3544833/70‑1 (MQ=255) cGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTc > 1:2802344/1‑70 (MQ=255) cGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTc > 1:1344837/1‑70 (MQ=255) cGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTc < 1:7786055/70‑1 (MQ=255) agagaCGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTc < 1:3850739/69‑1 (MQ=255) gagaCGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTc > 1:103381/1‑69 (MQ=255) gaCGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGa > 1:3640766/1‑71 (MQ=255) aCGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGAc > 1:2902382/1‑71 (MQ=255) aaTACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGAc < 1:3701433/68‑1 (MQ=255) aTACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGTTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAAc > 1:3905848/1‑71 (MQ=255) aTACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAAc > 1:6906668/1‑71 (MQ=255) aTACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAAc > 1:469840/1‑71 (MQ=255) aTACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAAc > 1:4629640/1‑71 (MQ=255) tACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTc > 1:6849067/1‑61 (MQ=255) tACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGa > 1:5592574/1‑68 (MQ=255) aCGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTcc > 1:6471452/1‑61 (MQ=255) cGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGa > 1:6243500/1‑63 (MQ=255) 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aCGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCTGCTGGTaaa < 1:3222496/41‑1 (MQ=38) cGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAAttt > 1:3838273/1‑44 (MQ=255) cGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTa > 1:1483035/1‑58 (MQ=255) cGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTa > 1:2187122/1‑58 (MQ=255) ttACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACTAACTTTACTGCCCTTCGGCCCt > 1:6295622/1‑71 (MQ=255) ttACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCt < 1:6256827/71‑1 (MQ=255) ttACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCt < 1:7692392/71‑1 (MQ=255) aCAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTTCCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACt > 1:1651740/1‑51 (MQ=255) aCAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCTGCTGGTaaag > 1:4305381/1‑36 (MQ=25) aCAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCTGCTGGTaaag > 1:7894096/1‑36 (MQ=25) aCAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAAc > 1:7247021/1‑50 (MQ=255) aCAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACt > 1:6528861/1‑51 (MQ=255) aCAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACt > 1:2043267/1‑51 (MQ=255) aCAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACt > 1:7895572/1‑51 (MQ=255) cAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGaa > 1:3802421/1‑48 (MQ=255) cGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCa > 1:3011906/1‑37 (MQ=255) cGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCa > 1:7284497/1‑37 (MQ=255) cGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTttaatta < 1:4678095/70‑1 (MQ=255) cGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTttaatta < 1:7439589/70‑1 (MQ=255) gggTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTttaatt < 1:2423524/68‑1 (MQ=255) gTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAgg > 1:2936139/1‑70 (MQ=255) gTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAgg > 1:5403676/1‑70 (MQ=255) tCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTttaatt < 1:5209566/65‑1 (MQ=255) tCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGc > 1:5493691/1‑70 (MQ=255) tCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCa < 1:5239173/71‑1 (MQ=255) cTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTttaattaa > 1:4676377/1‑66 (MQ=255) ttGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCt > 1:329843/1‑57 (MQ=255) ggTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTttaatt > 1:6014657/1‑61 (MQ=255) ggTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAAc < 1:6852087/69‑1 (MQ=255) cccTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACcaca > 1:5887956/1‑70 (MQ=255) ccTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCAcatc < 1:134903/71‑1 (MQ=255) tttACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGc > 1:6298256/1‑46 (MQ=255) ttACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCAcatcat > 1:3243204/1‑70 (MQ=255) ttACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCAcatcat > 1:3664307/1‑70 (MQ=255) ttACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCAcatcat > 1:2680384/1‑70 (MQ=255) tACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGcc > 1:3681338/1‑37 (MQ=255) tACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGcc > 1:7268442/1‑37 (MQ=255) tACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCAcatcat < 1:4784655/69‑1 (MQ=255) tACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCACatcatc > 1:7288374/1‑70 (MQ=255) ccAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCACATCATCaa < 1:2161745/70‑1 (MQ=255) agcagGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCACATCATCAAGAc > 1:6296517/1‑71 (MQ=255) gcagGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCACATCATCAAGACg > 1:6232600/1‑71 (MQ=255) gcagGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCACATCATCAAGACg > 1:3423657/1‑71 (MQ=255) | CCGCGCGGTCTTCGAGACGAATACGTTCACGGGTCAACGTTACAGTACGGGTCTTGGTCCCTTTACCAGCAGGTAAAATTTCCAGACGAACTTTACTGCCCTTCGGCCCTTTAATTAAGGCAACCACATCATCAAGACG > AP009048/1915498‑1915636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |