| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 2,170,610 | T→C | 8.2% | intergenic (‑167/‑239) | yegR ← / → yegS | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 2,170,610 | 0 | T | C | 8.2% | 169.3 / 6.1 | 61 | intergenic (‑167/‑239) | yegR/yegS | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/22); new base C (2/3); total (36/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
TACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCGG > AP009048/2170542‑2170680 | tACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCttt < 1:885804/69‑1 (MQ=255)tACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCttt < 1:7617391/69‑1 (MQ=255)tACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCttt < 1:1481611/69‑1 (MQ=255) caacaTTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAata < 1:6023205/71‑1 (MQ=255) acaTTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAatata < 1:6625527/71‑1 (MQ=255) aattCCTACTTATGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTCAata > 1:3727893/3‑67 (MQ=38) aTTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAatatat > 1:5972015/1‑70 (MQ=255) tttCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAAtatatta < 1:5123045/71‑1 (MQ=255) cTACTTATGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATatattatatt > 1:3155730/1‑71 (MQ=255) cTACTTATGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATatattatatt > 1:644117/1‑71 (MQ=255) cATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTCAATataatatattaa < 1:3678011/70‑3 (MQ=255) aTAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATTGGGGCTTCAATATAATATATTAAAg < 1:410343/71‑1 (MQ=38) aaGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTa > 1:5385091/1‑53 (MQ=255) aGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGAt < 1:5883924/70‑1 (MQ=255) gTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTCAatata < 1:5270074/56‑1 (MQ=255) aGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCa > 1:7848217/1‑71 (MQ=255) gAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACt > 1:923258/1‑71 (MQ=255) aTTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGt > 1:6718895/1‑71 (MQ=255) ttACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATg > 1:5568828/1‑63 (MQ=255) aCGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGtt > 1:6249668/1‑69 (MQ=255) cGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAata > 1:2044421/1‑44 (MQ=255) cGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGttt < 1:4304565/69‑1 (MQ=255) cGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTa < 1:5575695/70‑1 (MQ=255) aCATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAAtatatta > 1:438269/1‑46 (MQ=255) aCATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGt > 1:218511/1‑64 (MQ=255) aCATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGtt > 1:2094511/1‑70 (MQ=255) aCATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGtc > 1:5830893/1‑69 (MQ=255) ttGAGGCCCTTCAGGGTAACTCAATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGaa > 1:6258997/1‑70 (MQ=255) tGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAata > 1:1113168/1‑71 (MQ=255) gAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAatat > 1:1356715/1‑71 (MQ=255) gAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAatat > 1:4756836/1‑71 (MQ=255) ggCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAatat > 1:4879992/1‑69 (MQ=255) ccTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGt < 1:2778131/71‑1 (MQ=255) cTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGa > 1:1347590/1‑41 (MQ=255) cTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGta > 1:1289988/1‑71 (MQ=255) cTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGta > 1:814115/1‑71 (MQ=255) ttCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAatat < 1:823783/64‑1 (MQ=255) cAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTatat > 1:6409408/1‑71 (MQ=255) aGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATatattatatt < 1:2921859/35‑1 (MQ=255) aGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATatattatatt < 1:306103/35‑1 (MQ=255) aGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATg > 1:1589802/1‑71 (MQ=255) gggTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACt > 1:7162889/1‑46 (MQ=255) gTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGtt < 1:4955150/47‑1 (MQ=255) tAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGctct > 1:4640481/1‑71 (MQ=255) aaCTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCtt > 1:2444663/1‑71 (MQ=255) aCTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGACACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCttt > 1:2613173/1‑71 (MQ=255) cTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCtttt > 1:3490269/1‑71 (MQ=255) tCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTg < 1:4536045/48‑1 (MQ=255) tCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTg < 1:1721304/48‑1 (MQ=255) ccATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTg < 1:1080578/47‑1 (MQ=255) ccATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCtttttt > 1:6412806/1‑71 (MQ=255) cATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTg < 1:1943128/71‑1 (MQ=255) cATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTg < 1:1502133/71‑1 (MQ=255) aTGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGa < 1:5118431/71‑1 (MQ=255) aTGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGa < 1:2301486/71‑1 (MQ=255) tGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTa < 1:2543138/51‑1 (MQ=255) ggggCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTa > 1:7018630/1‑49 (MQ=255) ggggCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAgg > 1:6019359/1‑51 (MQ=255) ggggCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAgg > 1:6840586/1‑51 (MQ=255) ggCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAAttt < 1:4213464/71‑1 (MQ=255) atcTTCAATATAATATATTAAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAAtt > 1:6767541/3‑70 (MQ=38) gCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTa > 1:4802383/1‑71 (MQ=255) gCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTa < 1:2118968/71‑1 (MQ=255) cTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTAt < 1:6802723/71‑1 (MQ=255) tAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGa > 1:6298123/1‑36 (MQ=255) tAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCttt < 1:2198914/56‑1 (MQ=255) tAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCgg > 1:2580560/1‑71 (MQ=255) tAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCgg > 1:2752077/1‑71 (MQ=255) tAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCg < 1:5134484/70‑1 (MQ=255) | TACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCGG > AP009048/2170542‑2170680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |