| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 2,274,044 | G→T | 6.2% | intergenic (+165/‑16) | spr → / → rtn | predicted peptidase, outer membrane lipoprotein/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 2,274,044 | 0 | G | T | 6.2% | 314.7 / 3.4 | 96 | intergenic (+165/‑16) | spr/rtn | predicted peptidase, outer membrane lipoprotein/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/54); new base T (2/4); total (38/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCATTGTTG > AP009048/2273977‑2274114 | tgTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGaa < 1:6115366/71‑1 (MQ=255) tttCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAAt < 1:2286003/71‑1 (MQ=255) tCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAAtt < 1:6842769/70‑1 (MQ=255) tCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAAtt < 1:1994763/70‑1 (MQ=255) ccGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTa < 1:4470531/70‑1 (MQ=255) ccGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTa < 1:5046213/70‑1 (MQ=255) cgcgTCTTGATCCAGGCTATAGTCCTGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCCTGAAATTac < 1:7439503/70‑2 (MQ=255) cgcgTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCCTGAAATTac < 1:6295872/70‑2 (MQ=255) cgcgTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTaa > 1:4597470/1‑70 (MQ=255) cgcgTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTaa > 1:4758412/1‑70 (MQ=255) cgTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACgg < 1:2369278/71‑1 (MQ=255) gATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCAt > 1:4156849/1‑71 (MQ=255) tCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGt < 1:3764148/71‑1 (MQ=255) ccAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGtt > 1:513698/1‑71 (MQ=255) cAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGtt < 1:5773777/70‑1 (MQ=255) cAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTc < 1:319221/71‑1 (MQ=255) cAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTc < 1:3514873/71‑1 (MQ=255) aGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCa < 1:5424570/71‑1 (MQ=255) aGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCa < 1:7483148/71‑1 (MQ=255) aGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCa < 1:6949277/71‑1 (MQ=255) ggCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCAt < 1:2711209/71‑1 (MQ=255) ggCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCAt < 1:4389391/71‑1 (MQ=255) ggCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATCTTCa > 1:3123887/1‑70 (MQ=255) aGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCATGAAATTAACGGAATCATGTTCATACgcgc > 1:6629142/1‑71 (MQ=255) aGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACgcgc > 1:5285612/1‑71 (MQ=255) gTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAg > 1:1163228/1‑41 (MQ=255) gTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGa > 1:7204043/1‑43 (MQ=255) gTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCt > 1:620130/1‑71 (MQ=255) ccGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCt > 1:1959410/1‑69 (MQ=255) cGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTccc < 1:789447/71‑1 (MQ=255) gTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCaa < 1:3174955/71‑1 (MQ=255) cATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCa < 1:7649458/56‑1 (MQ=255) cATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCa < 1:2885322/56‑1 (MQ=255) cATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCa < 1:620117/56‑1 (MQ=255) cATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATAc < 1:5576686/59‑1 (MQ=255) cATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtt > 1:5259627/1‑71 (MQ=255) aTTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATAc > 1:2124259/1‑58 (MQ=255) aTTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATAc > 1:2114238/1‑58 (MQ=255) aTTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATAc > 1:7839092/1‑58 (MQ=255) aTTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtt < 1:6920075/70‑1 (MQ=255) ttGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtttt < 1:5683586/71‑1 (MQ=255) ttGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtttt < 1:1447719/71‑1 (MQ=255) tGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAAt > 1:4253634/1‑36 (MQ=255) tGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAAt > 1:6784979/1‑36 (MQ=255) gTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTg < 1:3183999/70‑1 (MQ=255) ttATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTaa > 1:4729600/1‑37 (MQ=255) aTCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtttt > 1:6845675/1‑66 (MQ=255) aTCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtttt > 1:2881823/1‑66 (MQ=255) aTCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtttt > 1:5170401/1‑66 (MQ=255) aTCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGAc < 1:7472594/70‑1 (MQ=255) aTCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGAc < 1:767917/70‑1 (MQ=255) aTCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGAc < 1:2598593/70‑1 (MQ=255) tCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGt < 1:5769194/45‑1 (MQ=255) tCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGt < 1:476813/45‑1 (MQ=255) tCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACg > 1:3594337/1‑70 (MQ=255) cTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGt < 1:876478/44‑1 (MQ=255) cTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtt < 1:3707800/62‑1 (MQ=255) cTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGt > 1:3672922/1‑70 (MQ=255) tttAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtttt > 1:5177136/1‑62 (MQ=255) ttAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGt < 1:2629087/67‑1 (MQ=255) ttAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGt < 1:7611228/67‑1 (MQ=255) aaTGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTcc < 1:6400536/71‑1 (MQ=255) aaTGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTcc < 1:4545987/71‑1 (MQ=255) aaTGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTc < 1:4599784/70‑1 (MQ=255) tgttgtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTg < 1:4922830/71‑1 (MQ=255) gttgtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtt < 1:1730648/53‑1 (MQ=255) gttgtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtt < 1:4806729/53‑1 (MQ=255) gttgtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtt < 1:4565540/53‑1 (MQ=255) ttgtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAt < 1:4106027/51‑1 (MQ=255) ttgtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCt < 1:820237/71‑1 (MQ=255) ttgtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCt < 1:7734828/71‑1 (MQ=255) tgtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTc > 1:6196153/1‑65 (MQ=255) tgtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCt > 1:821747/1‑70 (MQ=255) tgtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCt > 1:3936243/1‑70 (MQ=255) gtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtttt < 1:3116915/52‑1 (MQ=255) gtCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtttt < 1:3343401/52‑1 (MQ=255) tCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGc < 1:792386/61‑1 (MQ=255) tCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCtttc > 1:6421323/1‑69 (MQ=255) gttAATTTCCTGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGc > 1:2604341/3‑66 (MQ=255) cGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATAcgcg > 1:3824091/1‑39 (MQ=255) cGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACgcgc > 1:6991760/1‑40 (MQ=255) cGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACgcgc > 1:7896573/1‑40 (MQ=255) ttAATTTCCTGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTccc < 1:5507426/42‑1 (MQ=37) ttAATTTCCTGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTccc < 1:3590521/42‑1 (MQ=37) gTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCt > 1:3949825/1‑71 (MQ=255) aaTTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTg > 1:2131222/1‑70 (MQ=255) aTTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCa > 1:7781477/1‑71 (MQ=255) tttCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCt < 1:4911819/62‑1 (MQ=255) cAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtttt < 1:3108198/42‑1 (MQ=255) cAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCAttgt > 1:734124/1‑71 (MQ=255) cAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCAttgt > 1:356540/1‑71 (MQ=255) aGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCt < 1:7504315/58‑1 (MQ=255) aGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCt < 1:5450715/58‑1 (MQ=255) aGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCt < 1:3463445/58‑1 (MQ=255) aGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCAttgtt > 1:3888754/1‑71 (MQ=255) aGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCAttgt < 1:4010593/70‑1 (MQ=255) ggAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTg < 1:6785784/41‑1 (MQ=255) ggAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCAttgttg < 1:3371763/71‑1 (MQ=255) ggAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCAttgttg > 1:6707604/1‑71 (MQ=255) ggAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCATGCTTACCTGCAttgttg < 1:6292138/71‑1 (MQ=255) | TGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCATTGTTG > AP009048/2273977‑2274114 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |