| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 2,388,626 | A→T | 14.1% | intergenic (+32/+39) | elaD → / ← yfbK | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 2,388,626 | 0 | A | T | 14.1% | 179.7 / 21.4 | 71 | intergenic (+32/+39) | elaD/yfbK | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/29); new base T (6/4); total (38/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
CAACCCAAAAATAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCAGTCACACCATCC > AP009048/2388556‑2388692 | caACCCAAAAATAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCACCaa < 1:3574336/71‑1 (MQ=255) aaCCCAAAAATAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGaaaa > 1:6739040/1‑71 (MQ=255) aaCCCAAAAATAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCaaa > 1:6998893/1‑71 (MQ=255) aaCCCAAAAATAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCaa < 1:2265372/70‑1 (MQ=255) ccAAAAATAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCaaa < 1:6178249/68‑1 (MQ=255) aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAata < 1:1851347/67‑1 (MQ=255) aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt < 1:5771020/71‑1 (MQ=255) aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt < 1:4967537/71‑1 (MQ=255) aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt < 1:4696356/71‑1 (MQ=255) aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt < 1:2358730/71‑1 (MQ=255) aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt < 1:5469994/71‑1 (MQ=255) aaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt > 1:7562326/1‑70 (MQ=255) aTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCATATTTGCTGAc < 1:980184/71‑1 (MQ=255) aTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCATATTTGCTGAc < 1:5313074/71‑1 (MQ=255) aTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGAc < 1:2437546/71‑1 (MQ=255) aTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGAc < 1:1369150/71‑1 (MQ=255) gCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTc > 1:7359393/1‑71 (MQ=255) cATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCATATTTGCt < 1:5435688/62‑1 (MQ=255) cATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCATATTTGCt < 1:4723042/62‑1 (MQ=255) cAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAg < 1:2059932/71‑1 (MQ=255) aaaaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAACTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAg < 1:1111616/70‑1 (MQ=255) aaaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCaa < 1:7726980/46‑1 (MQ=255) aaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAatat > 1:7391431/1‑49 (MQ=255) aaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAatat > 1:1579529/1‑49 (MQ=255) aaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAata > 1:7764434/1‑48 (MQ=255) aaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGttt > 1:2971483/1‑71 (MQ=255) agagTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt > 1:7428686/1‑51 (MQ=255) agagTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt > 1:3450689/1‑51 (MQ=255) gagtgagtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGAc < 1:5448588/53‑1 (MQ=255) gtgagtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGa > 1:7089799/1‑50 (MQ=255) gtgagtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTa < 1:1791237/71‑1 (MQ=255) gtgagtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTa < 1:3835872/71‑1 (MQ=255) tgagtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAata < 1:6799281/43‑1 (MQ=255) gtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGtt < 1:1221702/62‑1 (MQ=255) gtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGt < 1:7260138/61‑1 (MQ=255) ttAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCaaa < 1:3378275/37‑1 (MQ=255) ttAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCaaa < 1:6117354/37‑1 (MQ=255) ttAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCaaa < 1:7041955/37‑1 (MQ=255) ttAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAg < 1:3459184/71‑1 (MQ=255) tAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCaaa < 1:896868/36‑1 (MQ=255) aaCATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAat > 1:6077991/1‑36 (MQ=255) aaCATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATg > 1:7051188/1‑39 (MQ=255) aaCATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATg > 1:1977981/1‑39 (MQ=255) aaCATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATg > 1:6853774/1‑39 (MQ=255) aaCATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATg > 1:734663/1‑39 (MQ=255) aaCATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGt > 1:5006702/1‑70 (MQ=255) aaCATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGt > 1:5789136/1‑70 (MQ=255) catcatTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGa > 1:633239/1‑41 (MQ=255) catcatTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGa > 1:2029005/1‑41 (MQ=255) catcatTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGa > 1:2006386/1‑41 (MQ=255) catcatTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGa > 1:1406294/1‑41 (MQ=255) tcatTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGtcatca < 1:1358640/71‑1 (MQ=255) tcatTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGtc > 1:384453/1‑67 (MQ=255) catTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCac > 1:863501/1‑71 (MQ=255) atTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGAc > 1:3898623/1‑38 (MQ=255) atTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGAc > 1:1929768/1‑38 (MQ=255) ttGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCg < 1:3724990/43‑1 (MQ=255) aattaattCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAg < 1:5042391/57‑1 (MQ=255) attaattCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCActgactga < 1:4551690/70‑1 (MQ=255) aattCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATgt < 1:1568128/70‑1 (MQ=255) cAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATgtc > 1:109058/1‑63 (MQ=255) cAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCCGTCacac > 1:3868359/1‑71 (MQ=255) aGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCact < 1:927929/52‑1 (MQ=255) aGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCact < 1:2478313/52‑1 (MQ=255) aGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCact < 1:3489009/52‑1 (MQ=255) gTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCAGTCACACCa < 1:1447382/71‑1 (MQ=255) gTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCAGTCACACCa > 1:6613821/1‑71 (MQ=255) tCAGCATATTTGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGAt > 1:5075401/1‑57 (MQ=37) tCAGCATATTTGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGAt > 1:3013976/1‑57 (MQ=37) tCAGCATATTTGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGAt > 1:3361378/1‑57 (MQ=37) tCAGCATATTTGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGAt > 1:3415318/1‑57 (MQ=37) tCAGCATATTTGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGAt > 1:6284270/1‑57 (MQ=37) tCAGCATATTTGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGAt > 1:4702555/1‑57 (MQ=37) tCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTaa < 1:3359480/38‑1 (MQ=255) cAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGACatcagtcagt > 1:6928279/1‑64 (MQ=255) cAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGACatcagtcagt > 1:4741841/1‑64 (MQ=255) aGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTa < 1:6699867/35‑1 (MQ=255) aGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCTGTCACACCATcc < 1:2148319/71‑1 (MQ=255) aGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCAGTCCCACCATcc > 1:5970735/1‑71 (MQ=255) cAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGtcatca > 1:1107662/1‑44 (MQ=255) cAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGtcatca > 1:666969/1‑44 (MQ=255) aaaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCactg < 1:732092/46‑1 (MQ=255) aaaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCactg < 1:7116319/46‑1 (MQ=255) aaaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCactg < 1:4286569/46‑1 (MQ=255) aaaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCactg < 1:990189/46‑1 (MQ=255) aaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAg < 1:2389042/36‑1 (MQ=255) aaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAg < 1:943264/36‑1 (MQ=255) aaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCactgact < 1:6227834/48‑1 (MQ=255) aaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCactgact < 1:4350135/48‑1 (MQ=255) aaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCactgact < 1:1991187/48‑1 (MQ=255) aaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCactgact < 1:945288/48‑1 (MQ=255) aaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCAGTcaca > 1:2332839/1‑61 (MQ=255) aaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCAGTCacac > 1:3025957/1‑62 (MQ=255) aaTATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCAGTCacac > 1:1829992/1‑62 (MQ=255) aaTATGCTGACTGGTAGAACATAGTTTGCTAAACAg < 1:5628511/36‑1 (MQ=255) | CAACCCAAAAATAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCAGTCACACCATCC > AP009048/2388556‑2388692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |