| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 2,489,358 | T→A | 6.7% | V53D (GTC→GAC) | evgA → | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EvgS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 2,489,358 | 0 | T | A | 6.7% | 337.9 / 13.5 | 119 | V53D (GTC→GAC) | evgA | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EvgS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/61); new base A (6/2); total (56/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTAT > AP009048/2489288‑2489427 | gagTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGt > 1:1273165/1‑71 (MQ=255) agTTGACTGAAGGCGGAAGTGACGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTc < 1:5626881/71‑1 (MQ=255) gTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGACATCAATGATGACg < 1:464722/71‑1 (MQ=38) ttGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGa < 1:2064304/71‑1 (MQ=255) gACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGata > 1:4677162/1‑71 (MQ=255) gACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGACATCAATGATGACGat < 1:7409986/70‑1 (MQ=38) aaGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATcccc > 1:7634015/1‑71 (MQ=255) aGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCg > 1:7915152/1‑62 (MQ=255) aGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCg < 1:6153389/71‑1 (MQ=255) aGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCg < 1:763777/71‑1 (MQ=255) ggCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTc > 1:3596596/1‑60 (MQ=255) ggCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTc > 1:889143/1‑60 (MQ=255) cGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAg > 1:725192/1‑71 (MQ=255) ggAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGt > 1:3653675/1‑71 (MQ=255) gAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGtt < 1:3577328/71‑1 (MQ=255) aGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTaa < 1:2397142/71‑1 (MQ=255) tGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACg > 1:2229180/1‑71 (MQ=255) tGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACg > 1:6678226/1‑71 (MQ=255) tGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACg < 1:7065737/71‑1 (MQ=255) ccGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGt > 1:6779751/1‑49 (MQ=255) ccGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACgg > 1:81930/1‑70 (MQ=255) ccGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACgg > 1:4015880/1‑70 (MQ=255) cGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTa < 1:3988601/71‑1 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTAt > 1:7688568/1‑71 (MQ=255) ttCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCg < 1:2204666/57‑1 (MQ=255) ttCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATc > 1:1408298/1‑71 (MQ=255) tCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTAt > 1:1282143/1‑69 (MQ=255) cAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATc > 1:4874795/1‑69 (MQ=255) aGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCa < 1:6643950/70‑1 (MQ=255) aGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCa < 1:243593/70‑1 (MQ=255) aGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAg < 1:5480913/71‑1 (MQ=255) aGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAg < 1:6780816/71‑1 (MQ=255) aGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAg < 1:2965078/71‑1 (MQ=255) gggTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGt < 1:39638/40‑1 (MQ=255) gggTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGt < 1:5513309/40‑1 (MQ=255) gggTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGt < 1:7502574/40‑1 (MQ=255) ggTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGatat > 1:56107/1‑45 (MQ=255) ggTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtgt < 1:504805/71‑1 (MQ=255) gTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAg > 1:2384557/1‑66 (MQ=255) gTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGtt < 1:3721548/71‑1 (MQ=255) gAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTc < 1:4837573/36‑1 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATcccc > 1:5641688/1‑44 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCgg < 1:7188100/46‑1 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCgg < 1:1364801/46‑1 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCgg < 1:5787609/46‑1 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCg < 1:7429456/45‑1 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCg < 1:5819089/45‑1 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCg < 1:5996564/45‑1 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCg < 1:7326475/45‑1 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGa > 1:4886824/1‑70 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGa > 1:2845669/1‑70 (MQ=255) acTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtgt < 1:5570303/62‑1 (MQ=255) acTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGc < 1:3055505/71‑1 (MQ=255) cTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACg < 1:951027/69‑1 (MQ=255) ttAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTa > 1:5010148/1‑62 (MQ=255) ttAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTa > 1:4937528/1‑62 (MQ=255) ttAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaa > 1:1451671/1‑65 (MQ=255) ttAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCt > 1:1925953/1‑70 (MQ=255) aaGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaa > 1:1513941/1‑63 (MQ=255) aaGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaa > 1:1892889/1‑63 (MQ=255) aGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTg < 1:835661/68‑1 (MQ=255) aGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGa < 1:676632/69‑1 (MQ=255) ccTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGaa < 1:6162183/71‑1 (MQ=255) tGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGa > 1:6300412/1‑68 (MQ=255) tGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAgc > 1:4332248/1‑71 (MQ=255) gATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAgcg > 1:6556906/1‑71 (MQ=255) tatCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAgcgc < 1:6412764/70‑1 (MQ=255) cGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGtt > 1:3457096/1‑48 (MQ=255) gacatcaaTGATGACGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaaa > 1:3257074/3‑52 (MQ=37) gacatcaaTGATGACGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaaa > 1:1221272/3‑52 (MQ=37) gacatcaaTGATGACGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaaa > 1:3898764/3‑52 (MQ=37) gTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGa > 1:515342/1‑58 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaa > 1:6394470/1‑50 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCt < 1:4590220/55‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCt < 1:7001987/55‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCt < 1:2962130/55‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGaa < 1:6397533/61‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGaa < 1:2403540/61‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAatat < 1:77391/71‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAatat < 1:2229998/71‑1 (MQ=255) catcatTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAgg > 1:6106238/1‑41 (MQ=255) atcatTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGa > 1:2620765/1‑55 (MQ=255) atcatTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGa > 1:1694073/1‑55 (MQ=255) atcaaTGATGACGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAg > 1:5787090/1‑71 (MQ=255) tcatTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaa < 1:7007780/47‑1 (MQ=255) tcatTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaa < 1:925203/47‑1 (MQ=255) tcatTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaa < 1:4793160/47‑1 (MQ=255) tcatTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaa < 1:5367272/47‑1 (MQ=255) atTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTa > 1:5002453/1‑42 (MQ=255) gATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAat > 1:4316088/1‑71 (MQ=255) aTGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtg < 1:198185/35‑1 (MQ=255) aTGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtg < 1:2354974/35‑1 (MQ=255) aTGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtg < 1:7824298/35‑1 (MQ=255) aTGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtg < 1:6963171/35‑1 (MQ=255) aTGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGa < 1:1697688/51‑1 (MQ=255) aTGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGa < 1:3240407/51‑1 (MQ=255) tGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAatta < 1:1023153/71‑1 (MQ=255) gTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAattat > 1:7244480/1‑71 (MQ=255) tCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCGATATAGCGGAattat < 1:5839880/70‑1 (MQ=255) tCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAattat > 1:439515/1‑70 (MQ=255) | GAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTAT > AP009048/2489288‑2489427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |