| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 2,773,642 | T→A | 6.5% | F557I (TTT→ATT) | yfjW → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 2,773,642 | 0 | T | A | 6.5% | 170.4 / 2.4 | 61 | F557I (TTT→ATT) | yfjW | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/29); new base A (2/2); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGA > AP009048/2773573‑2773709 | atGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACtt > 1:1013417/1‑71 (MQ=255)atGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACtt > 1:5693646/1‑71 (MQ=255)atGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACtt > 1:5946664/1‑71 (MQ=255) tatTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAat < 1:3779695/71‑1 (MQ=255) ttAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTAAAGTAAGAatg < 1:1133290/70‑1 (MQ=39) aaaGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAatgat > 1:3861081/1‑70 (MQ=255) gTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGtga < 1:2601912/71‑1 (MQ=255) atatatTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGtgaa > 1:5168791/1‑70 (MQ=255) tatTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGtgaatga > 1:1035975/1‑70 (MQ=255) tttGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGaaaa > 1:273488/1‑71 (MQ=255) tttGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGaaaa > 1:84891/1‑71 (MQ=255) gTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTa < 1:3535291/71‑1 (MQ=255) tttAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTAt > 1:3556849/1‑71 (MQ=255) ttAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACATTAAGAatgat < 1:2460494/54‑1 (MQ=255) tAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAatgatg > 1:3217980/1‑54 (MQ=255) aGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTc < 1:7209873/70‑1 (MQ=255) aGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTc < 1:5042229/70‑1 (MQ=255) aGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCt > 1:3301630/1‑71 (MQ=255) gTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAatga < 1:2463284/49‑1 (MQ=255) gTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTg < 1:614305/71‑1 (MQ=255) gTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTg < 1:6517201/71‑1 (MQ=255) gTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTg < 1:5051537/71‑1 (MQ=255) tCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTa > 1:971401/1‑64 (MQ=255) tGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTaa > 1:3143730/1‑71 (MQ=255) cTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGa < 1:5946297/40‑1 (MQ=255) cTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGt > 1:4925219/1‑67 (MQ=255) cTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGt > 1:4255079/1‑67 (MQ=255) cTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTa < 1:6026277/68‑1 (MQ=255) tAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAAc < 1:392210/69‑1 (MQ=255) tAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACg < 1:6103873/70‑1 (MQ=255) gCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCt < 1:5917905/61‑1 (MQ=255) gCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCAt < 1:930460/71‑1 (MQ=255) tttCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTgg < 1:316805/71‑1 (MQ=255) ttCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCAt < 1:3756891/66‑1 (MQ=255) tCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAAc > 1:2660750/1‑61 (MQ=255) tCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAAc > 1:7225442/1‑61 (MQ=255) tCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCt > 1:5624026/1‑71 (MQ=255) cTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCAttt > 1:7153111/1‑66 (MQ=255) cTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCAttt > 1:7143701/1‑66 (MQ=255) cTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCAttt > 1:40789/1‑66 (MQ=255) tataAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCAt < 1:5081858/63‑1 (MQ=255) ataAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTcc > 1:6992069/1‑70 (MQ=255) taAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTGTTGTAACGCATTTGGCTCCaa < 1:6531676/71‑1 (MQ=255) aaaTTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCa < 1:7806722/58‑1 (MQ=255) aaaTTCATTCATCCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAAt < 1:2462758/70‑1 (MQ=255) aaTTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAAt < 1:1533329/69‑1 (MQ=255) attcattcattcTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCAtt > 1:7407481/1‑58 (MQ=255) attcattcattcTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCAtt > 1:6741028/1‑58 (MQ=255) acatcattcTTAAAGTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGa > 1:2077202/4‑69 (MQ=37) acatcattcTTAAAGTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGa > 1:7782256/4‑69 (MQ=37) attcattcTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCa < 1:5782766/52‑1 (MQ=255) ttcattcTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTa < 1:4980681/38‑1 (MQ=255) ttcattcTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTg < 1:6927038/44‑1 (MQ=255) ttcattcTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTg < 1:1531528/44‑1 (MQ=255) ttcattcTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCAttt < 1:2957569/54‑1 (MQ=255) cattcTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCttt > 1:5148028/1‑71 (MQ=255) ttcTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCttttt < 1:2692373/71‑1 (MQ=255) ttcTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCttttt < 1:533097/71‑1 (MQ=255) cTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCAtt > 1:6490077/1‑47 (MQ=255) cTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTATTGTAACGCAtt > 1:6094906/1‑47 (MQ=255) tACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGa > 1:3692193/1‑71 (MQ=255) aCTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTa > 1:6829588/1‑37 (MQ=255) aCTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTa > 1:1315470/1‑37 (MQ=255) aCTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTa > 1:5394674/1‑37 (MQ=255) tttAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAAt < 1:2486280/52‑1 (MQ=255) tttAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAAt < 1:4899153/52‑1 (MQ=255) tttAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCtt < 1:582803/61‑1 (MQ=255) | ATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGA > AP009048/2773573‑2773709 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |