| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 2,939,937 | T→A | 5.3% | L117F (TTA→TTT) | ygdD ← | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 2,939,937 | 0 | T | A | 5.3% | 317.3 / 7.1 | 112 | L117F (TTA→TTT) | ygdD | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/39); new base A (2/4); total (69/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CCGGACGGCACAGCAATACAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGCCCACAAACGCAGAT > AP009048/2939869‑2940007 | ccGGACGGCACAGCAATACAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTa < 1:6437131/70‑1 (MQ=255) caGCAATACAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGcc > 1:2770408/1‑71 (MQ=255) aGCAATACAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACAt < 1:7616013/63‑1 (MQ=255) aGCAATACAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGcc > 1:985096/1‑70 (MQ=255) aGCAATACAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGcc > 1:5378455/1‑70 (MQ=255) aGCAATACAACCTTATTCATGACTTAAGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAAc > 1:576051/1‑61 (MQ=255) gCAATACAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCa < 1:7932910/71‑1 (MQ=255) aaTACAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTa < 1:2519703/56‑1 (MQ=255) aTACAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGcc > 1:4371019/1‑71 (MQ=255) cAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACa > 1:4327297/1‑55 (MQ=255) cAACCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCcgc < 1:2204634/71‑1 (MQ=255) aaCCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCcgcg < 1:7419710/71‑1 (MQ=255) aaCCTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCcg > 1:3850617/1‑69 (MQ=255) ccTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACa < 1:6996534/52‑1 (MQ=255) ccTTATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAg > 1:7270183/1‑71 (MQ=255) ttATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACAtt > 1:841542/1‑52 (MQ=255) ttATTCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACAtt > 1:4865014/1‑52 (MQ=255) ttCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACAtt < 1:2650744/49‑1 (MQ=255) ttCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACAtt < 1:3163542/49‑1 (MQ=255) ttCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACAtt < 1:534584/49‑1 (MQ=255) ttCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACAtt < 1:1372428/49‑1 (MQ=255) tCATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCt > 1:6741357/1‑71 (MQ=255) cATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACt < 1:7153733/41‑1 (MQ=255) cATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACt < 1:7162757/41‑1 (MQ=255) cATGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCt > 1:4609000/1‑70 (MQ=255) aTGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTaa > 1:5744693/1‑42 (MQ=255) aTGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTaa > 1:5757097/1‑42 (MQ=255) aTGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCa < 1:4523910/71‑1 (MQ=255) tGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAAc > 1:3261073/1‑42 (MQ=255) tGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAAc > 1:4808558/1‑42 (MQ=255) tGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAAc > 1:2262374/1‑42 (MQ=255) tGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAAc > 1:4284101/1‑42 (MQ=255) tGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGa > 1:7612086/1‑64 (MQ=255) tGACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCAc < 1:5477496/71‑1 (MQ=255) gACTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCAcg > 1:6613842/1‑71 (MQ=255) cTTACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCAcgc > 1:2838495/1‑70 (MQ=255) tACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTaa > 1:3211484/1‑42 (MQ=255) tACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTaa > 1:2441242/1‑42 (MQ=255) tACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTaa > 1:4254693/1‑42 (MQ=255) tACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTaa > 1:4203845/1‑42 (MQ=255) tACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTaa > 1:4092612/1‑42 (MQ=255) tACGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTa > 1:3338436/1‑41 (MQ=255) aCGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGa > 1:7730104/1‑58 (MQ=255) aCGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCAcgccgc > 1:6864718/1‑70 (MQ=255) aCGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCAcgccgc > 1:3655310/1‑70 (MQ=255) aCGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCAcgccgc > 1:2815713/1‑70 (MQ=255) aCGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCAcgccgc > 1:1024105/1‑70 (MQ=255) cGCCCTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCa < 1:2476561/71‑1 (MQ=255) cTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCg < 1:5631728/71‑1 (MQ=255) cTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACAAACATTAACGCCCAGccc < 1:3422548/46‑1 (MQ=255) cTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACAAACATTAACGCCCAGccc < 1:6783747/46‑1 (MQ=255) cTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACAAACATTAACGCCCAGccc < 1:6121211/46‑1 (MQ=255) cTTGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACAAACATTAACGCCCAGccc < 1:3242457/46‑1 (MQ=255) ttGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAg < 1:7047548/54‑1 (MQ=255) tGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCAggccg > 1:4423890/1‑62 (MQ=255) tGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCAc > 1:6293844/1‑58 (MQ=255) tGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACAAACATTAACGCCCAGCCcgc > 1:819987/1‑46 (MQ=255) tGCGCTTTAAACGGATAGCACCAACAAACATTAACGCCCAGCCcgc > 1:810473/1‑46 (MQ=255) cTTTAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTc < 1:2970292/52‑1 (MQ=255) tttAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCcgc < 1:2934840/41‑1 (MQ=255) tttAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCcgc < 1:2071152/41‑1 (MQ=255) ttAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCt < 1:341217/49‑1 (MQ=255) ttAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGAc > 1:1354377/1‑70 (MQ=255) tAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAgg > 1:142709/1‑43 (MQ=255) tAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAgg > 1:7882586/1‑43 (MQ=255) tAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGTAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACa > 1:5769152/1‑70 (MQ=255) tAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTg > 1:2782321/1‑67 (MQ=255) tAAACGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACa < 1:4503394/70‑1 (MQ=255) aaaCGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACaa < 1:6247473/70‑1 (MQ=255) aCGGATAGCACCAACTAACATAAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACg > 1:562017/1‑71 (MQ=255) cGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAgg > 1:5305420/1‑39 (MQ=255) cGGATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAgg > 1:2268798/1‑39 (MQ=255) ggATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCa > 1:6189629/1‑45 (MQ=255) ggATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCa > 1:3889596/1‑45 (MQ=255) ggATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCa > 1:7310620/1‑45 (MQ=255) ggATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGcc > 1:3985508/1‑71 (MQ=255) ggATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGcc > 1:5629966/1‑71 (MQ=255) ggATAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGcc > 1:70361/1‑71 (MQ=255) tAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGCCcac < 1:5050419/71‑1 (MQ=255) tAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGCCcac < 1:1501804/71‑1 (MQ=255) tAGCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGCCca > 1:5587645/1‑70 (MQ=255) gCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACa < 1:3805908/60‑1 (MQ=255) gCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGCCcaca < 1:5134199/70‑1 (MQ=255) gCACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGCCcaca < 1:2123516/70‑1 (MQ=255) cACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCgg < 1:263577/52‑1 (MQ=255) cACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCgg < 1:4480899/52‑1 (MQ=255) cACCAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCgg < 1:3613308/52‑1 (MQ=255) ccAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGGTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGCCCACaa < 1:7786162/68‑1 (MQ=255) cAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCgg < 1:2525724/49‑1 (MQ=255) cAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGCCCACAAACg > 1:2582828/1‑70 (MQ=255) cAACTAACATTAACGCCCAGCCCGCGAGGAAGCTCACGCCGCCAACCGGAGTGACAAACGCCCACAAACg > 1:2696998/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |