| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,127,729 | C→A | 5.1% | K381N (AAG→AAT) | yghO ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,127,729 | 0 | C | A | 5.1% | 384.1 / 2.9 | 115 | K381N (AAG→AAT) | yghO | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/50); new base A (4/2); total (63/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CTCGGCGGTGCCGCTGGAGATGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAGGATCCATGAC > AP009048/3127659‑3127798 | cTCGGCGGTGCCGCTGGAGATGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGc > 1:7310257/1‑71 (MQ=255) tCGGCGGTGCCGCTGGAGATGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCt > 1:6530646/1‑71 (MQ=255) gTGCCGCTGGAGATGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTg < 1:2205063/67‑1 (MQ=255) tGCCGCTGGAGATGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACgg > 1:2249890/1‑71 (MQ=255) cGCTGGAGATGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGc < 1:7200442/60‑1 (MQ=255) cTGGAGATGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCg > 1:6638683/1‑71 (MQ=255) gagaTGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGccc > 1:2395606/1‑71 (MQ=255) gagaTGAACCTGAGATAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGc < 1:2719397/69‑1 (MQ=255) agaTGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGcccc < 1:1621728/71‑1 (MQ=255) gaTGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGcccc > 1:5927556/1‑70 (MQ=255) aTGAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGcccc < 1:6846173/69‑1 (MQ=255) gAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACgg < 1:83994/58‑1 (MQ=255) gAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACgg < 1:2565791/58‑1 (MQ=255) gAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACgg < 1:4773566/58‑1 (MQ=255) gAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCaa > 1:4720803/1‑69 (MQ=255) gAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCaa > 1:1155967/1‑69 (MQ=255) gAACCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATg > 1:6242560/1‑71 (MQ=255) aaCCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATg < 1:2115059/70‑1 (MQ=255) aCCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTAc < 1:4866484/54‑1 (MQ=255) aCCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACg < 1:7320164/55‑1 (MQ=255) aCCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTcc > 1:2172797/1‑60 (MQ=255) aCCTGAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCg > 1:4929465/1‑71 (MQ=255) gAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCGTACAAGCGTTACCGATTGt > 1:4547950/1‑48 (MQ=18) gAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCGTACAAGCGTTACCGATTGt > 1:6367841/1‑48 (MQ=18) gAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCaa > 1:3789652/1‑63 (MQ=255) gAGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTc > 1:2193449/1‑70 (MQ=255) aGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTg > 1:2632657/1‑46 (MQ=255) aGTTAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTc < 1:5369322/69‑1 (MQ=255) ttAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGc < 1:3282429/71‑1 (MQ=255) ttAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGc < 1:4911416/71‑1 (MQ=255) ttAGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGc < 1:2872702/71‑1 (MQ=255) tAGCTGGTTTTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTa < 1:4821999/45‑1 (MQ=255) aGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATTCAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCa < 1:1234593/70‑1 (MQ=255) aGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCAt > 1:198396/1‑71 (MQ=255) aGCTGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCAt > 1:1599782/1‑71 (MQ=255) tGGTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCaa > 1:3268935/1‑55 (MQ=255) ggTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTa > 1:5589114/1‑71 (MQ=255) gTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATgaat > 1:2129873/1‑67 (MQ=255) gTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTa < 1:4821321/70‑1 (MQ=255) gTATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTa < 1:6970731/70‑1 (MQ=255) tATTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTAt > 1:1763978/1‑70 (MQ=255) aTTAAATCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTAtt > 1:569929/1‑70 (MQ=255) aaaTCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGcc > 1:7836909/1‑44 (MQ=255) aaaTCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTAt > 1:2090567/1‑66 (MQ=255) aaaTCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATg > 1:7057650/1‑71 (MQ=255) aaaTCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATg > 1:2588525/1‑71 (MQ=255) aaaTCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATg > 1:7277005/1‑71 (MQ=255) aaTCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGtt > 1:4423325/1‑63 (MQ=255) aTCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGtt < 1:3158308/52‑1 (MQ=255) aTCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCa < 1:4001639/58‑1 (MQ=255) aTCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCAt < 1:3090043/68‑1 (MQ=255) aTCTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCAt < 1:1409335/68‑1 (MQ=255) cTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGc > 1:6623264/1‑68 (MQ=255) cTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTg > 1:3902834/1‑71 (MQ=255) cTGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTg > 1:5332625/1‑71 (MQ=255) tGCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATga > 1:3809375/1‑66 (MQ=255) gCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTa < 1:7311117/59‑1 (MQ=255) gCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTa < 1:2815859/59‑1 (MQ=255) gCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTa > 1:2561745/1‑71 (MQ=255) gCTTTTCATACAATCGGTAACGCTTCTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTa > 1:2479796/1‑71 (MQ=255) cTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTa > 1:4886344/1‑58 (MQ=255) cTTTTCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGt < 1:7083662/69‑1 (MQ=255) ttttCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGc > 1:3712389/1‑64 (MQ=255) ttttCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGc > 1:1605134/1‑64 (MQ=255) ttCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTAtt < 1:1733721/69‑1 (MQ=255) tCATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGt > 1:6287222/1‑71 (MQ=255) cATACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGt < 1:5706239/70‑1 (MQ=255) gtACAAGCGTTACCGATTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAg < 1:3854189/44‑1 (MQ=18) gtACAAGCGTTACCGATTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAg < 1:168167/44‑1 (MQ=18) aTACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCaa > 1:6996176/1‑35 (MQ=255) tACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTc < 1:1206496/71‑1 (MQ=255) tACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTc < 1:4246644/71‑1 (MQ=255) tACAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTc < 1:4442199/71‑1 (MQ=255) aCAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTc > 1:2618822/1‑70 (MQ=255) aCAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTc < 1:2850708/70‑1 (MQ=255) aCAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTc > 1:3178539/1‑70 (MQ=255) aCAAGCGTTACCGATTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCa > 1:193053/1‑45 (MQ=21) aCAAGCGTTACCGATTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCa > 1:3055404/1‑45 (MQ=21) cAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTc < 1:4915188/69‑1 (MQ=255) cAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGa < 1:2376114/71‑1 (MQ=255) cAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGa < 1:1778661/71‑1 (MQ=255) cAATCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGa < 1:631524/71‑1 (MQ=255) aaTCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAg > 1:2206349/1‑71 (MQ=255) aTCGGTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAgg < 1:204679/71‑1 (MQ=255) ggTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAGGAt > 1:107735/1‑70 (MQ=255) gTAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTAtt < 1:6235845/45‑1 (MQ=255) tAACGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAGGATCCa < 1:924937/71‑1 (MQ=255) aaCGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAGGATCCAt > 1:6365151/1‑71 (MQ=255) aaCGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAGGATCCAt > 1:5286114/1‑71 (MQ=255) aaCGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAGGATCCAt > 1:4784051/1‑71 (MQ=255) aaCGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAGGATCCAt > 1:1749604/1‑71 (MQ=255) aCGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAGGATCCAt < 1:355750/70‑1 (MQ=255) aCGCTTGTACGGCTCCGCCCCAATGCGTTCCAGCATGTTATTCATGCCTGTATTGGTTTCGAGGATCCAt < 1:2347683/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |