| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,142,816 | C→G | 5.6% | S2T (AGT→ACT) E327D (GAG→GAC) |
hybB ← hybA ← |
predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,142,816 | 0 | C | G | 5.6% | 499.1 / 12.4 | 160 | S2T (AGT→ACT) E327D (GAG→GAC) | hybB hybA | predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/79); new base G (3/6); total (75/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
CGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGCCCGC > AP009048/3142748‑3142884 | tAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGAc > 1:2225890/1‑65 (MQ=255) tAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGAc > 1:4492166/1‑65 (MQ=255) tAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGa > 1:1604775/1‑71 (MQ=255) tAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGa > 1:347488/1‑71 (MQ=255) aaCGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGa < 1:4800388/70‑1 (MQ=255) aaCGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGAt > 1:3990048/1‑71 (MQ=255) aaaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATc < 1:7499089/64‑1 (MQ=255) aaaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGtctc < 1:1479459/69‑1 (MQ=255) aaaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTctcct < 1:6915697/71‑1 (MQ=255) aaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATAGTctcctc > 1:2913754/1‑71 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGAt > 1:3837937/1‑61 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGAt > 1:209969/1‑61 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCttctcc > 1:3532847/1‑71 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCtcctcc > 1:1200690/1‑71 (MQ=255) cATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtcg > 1:317898/1‑71 (MQ=255) cATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtc > 1:328507/1‑70 (MQ=255) tGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGAGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtcgt < 1:6426060/70‑1 (MQ=255) aCCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGAc < 1:3318094/46‑1 (MQ=255) aCCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTCGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGa < 1:389280/70‑1 (MQ=255) aCCGGTGTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTc > 1:1020690/1‑48 (MQ=255) ccGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATg > 1:6173947/1‑71 (MQ=255) cGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcg < 1:5119783/62‑1 (MQ=255) cGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATgg < 1:70689/71‑1 (MQ=255) ggTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcg < 1:5348116/61‑1 (MQ=255) gTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGa > 1:7587491/1‑66 (MQ=255) gTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTc > 1:473104/1‑71 (MQ=255) cTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:1044018/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:4886426/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:4820031/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt > 1:1386519/1‑71 (MQ=255) cTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttt < 1:3544172/70‑1 (MQ=255) tgatgaTTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATg < 1:5969832/62‑1 (MQ=255) atgatTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATgg < 1:5413737/61‑1 (MQ=255) atgatTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATgg < 1:5659083/61‑1 (MQ=255) atgatTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:1813567/69‑1 (MQ=255) atTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:7073498/66‑1 (MQ=255) atTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:4142620/66‑1 (MQ=255) ttttGCGGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGtt > 1:1024685/1‑71 (MQ=255) ttttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGtt > 1:761029/1‑71 (MQ=255) ttttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGtt < 1:3521574/71‑1 (MQ=255) tttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTg > 1:4287841/1‑71 (MQ=255) ttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGc > 1:6038524/1‑71 (MQ=255) ttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGc > 1:3838572/1‑71 (MQ=255) ttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGc > 1:6272474/1‑71 (MQ=255) ttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGGGATGGTCGGTTTTGGTGTTGc > 1:2426247/1‑71 (MQ=255) tGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGc < 1:6487569/70‑1 (MQ=255) tGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGc > 1:584394/1‑70 (MQ=255) tGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGc < 1:7801203/70‑1 (MQ=255) tGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGc < 1:2985320/70‑1 (MQ=255) gccgccCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcg < 1:694540/44‑1 (MQ=255) ccgccCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcga < 1:426341/70‑1 (MQ=255) gccCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcgacga < 1:157745/71‑1 (MQ=255) cccAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcgac > 1:4354846/1‑68 (MQ=255) cccAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGaa > 1:2509158/1‑71 (MQ=255) cccAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGaa > 1:3728009/1‑71 (MQ=255) ccAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:6022979/56‑1 (MQ=255) ccAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:7220631/56‑1 (MQ=255) ccAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAAc < 1:5669177/71‑1 (MQ=255) aGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttt < 1:3989712/52‑1 (MQ=255) aGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTgg > 1:5293951/1‑56 (MQ=255) gCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcga > 1:6879054/1‑63 (MQ=255) ggTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcga > 1:2110988/1‑61 (MQ=255) ggTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCa < 1:6828515/71‑1 (MQ=255) tgtgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:4636133/48‑1 (MQ=255) tgtgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTg > 1:172792/1‑49 (MQ=255) tgtgGATCATGACTCATGATCGTCTACTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTgg < 1:2748909/50‑1 (MQ=255) gtgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGc > 1:496588/1‑66 (MQ=255) gtgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACg > 1:6467819/1‑69 (MQ=255) gtgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGt > 1:7365425/1‑71 (MQ=255) tgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtgt < 1:6114201/51‑1 (MQ=255) tgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtgt < 1:1163179/51‑1 (MQ=255) tgGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtg > 1:1300645/1‑50 (MQ=255) ggATCATGACTCATGATCATCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAg < 1:6138599/63‑1 (MQ=255) gATCATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtgt < 1:6903901/49‑1 (MQ=255) gATCATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtgt < 1:4618461/49‑1 (MQ=255) gATCATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGgtgt < 1:1463880/49‑1 (MQ=255) gATCATGAGTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGtt > 1:7589827/1‑69 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcgac < 1:213452/55‑1 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcgac < 1:7817023/55‑1 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcgac < 1:4596445/55‑1 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGtt > 1:378140/1‑69 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTaa < 1:1743457/71‑1 (MQ=255) gATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTa < 1:6302712/70‑1 (MQ=255) aTCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:86186/42‑1 (MQ=255) aTCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:3379146/42‑1 (MQ=255) aTCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:1084695/42‑1 (MQ=255) aTCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt < 1:6491405/42‑1 (MQ=255) tCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:6814086/42‑1 (MQ=255) tCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGc < 1:67043/71‑1 (MQ=255) cATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTg > 1:5069588/1‑42 (MQ=255) cATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGtt > 1:2671452/1‑47 (MQ=255) aTGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCTTGATGGTCGTTTTTg > 1:4882145/1‑41 (MQ=255) aTGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGtt < 1:646900/65‑1 (MQ=255) tGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAAcc < 1:7175842/55‑1 (MQ=255) tGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGCCCg > 1:2679680/1‑71 (MQ=255) gACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcg < 1:160377/47‑1 (MQ=255) gACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAg < 1:7427852/66‑1 (MQ=255) gACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGc > 1:7550768/1‑67 (MQ=255) gACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGc > 1:4220592/1‑67 (MQ=255) aCTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGcga > 1:3375016/1‑47 (MQ=255) | CGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGCCCGC > AP009048/3142748‑3142884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |