| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,186,231 | A→T | 5.4% | N59I (AAT→ATT) | yqiG → | predicted outer membrane usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,186,231 | 0 | A | T | 5.4% | 261.2 / 5.8 | 92 | N59I (AAT→ATT) | yqiG | predicted outer membrane usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/43); new base T (3/2); total (47/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TAACCTTTCCCAATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGTTTGCGT > AP009048/3186163‑3186300 | tAACCTTTCCCAATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaa > 1:2379668/1‑69 (MQ=255) aaCCTTTCCCAATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaataa > 1:3199240/1‑71 (MQ=255) ccTTTCCCAATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaataata < 1:7711220/71‑1 (MQ=255) tttCCCAATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaataat > 1:7933253/1‑68 (MQ=255) tttCCCAATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaataa > 1:1315294/1‑67 (MQ=255) ccAATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAgg < 1:1046096/70‑1 (MQ=255) tttGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaataata < 1:4116359/61‑1 (MQ=255) tttGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGcc < 1:2143125/71‑1 (MQ=255) gAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaat > 1:2685523/1‑54 (MQ=255) gAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAAt > 1:4705210/1‑71 (MQ=255) aaaCTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaataat < 1:4157522/56‑1 (MQ=255) aaaCTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaataat < 1:3443754/56‑1 (MQ=255) aaaCTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaataat < 1:7067891/56‑1 (MQ=255) aaaCTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATc > 1:5416388/1‑71 (MQ=255) aaaCTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATc < 1:5825408/71‑1 (MQ=255) aaCTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATcc < 1:2546832/71‑1 (MQ=255) cTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCAc > 1:2712744/1‑71 (MQ=255) aTGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCtt > 1:1038863/1‑71 (MQ=255) aTGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCtt > 1:541213/1‑71 (MQ=255) aTGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCt > 1:4539030/1‑70 (MQ=255) aTGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCt < 1:1710835/70‑1 (MQ=255) tGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTg < 1:1730479/71‑1 (MQ=255) tGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTg < 1:565600/71‑1 (MQ=255) ggCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGa > 1:1523487/1‑71 (MQ=255) ttACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAag < 1:7476501/45‑1 (MQ=255) ttACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGAc > 1:690423/1‑66 (MQ=255) tACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCaa > 1:4563762/1‑71 (MQ=255) cccGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAAt < 1:5981534/70‑1 (MQ=255) cccGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATg > 1:2501168/1‑71 (MQ=255) ccGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATc < 1:5347267/53‑1 (MQ=255) cGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaataata < 1:4393642/38‑1 (MQ=255) gTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGAc > 1:2571865/1‑44 (MQ=255) gTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGAc > 1:6087370/1‑60 (MQ=255) gTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATggg > 1:5178502/1‑70 (MQ=255) gTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATggg > 1:7174005/1‑70 (MQ=255) tCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATtaataata < 1:5860395/36‑1 (MQ=255) tCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCa < 1:2669736/52‑1 (MQ=255) ggCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATcc > 1:1102946/1‑49 (MQ=255) ggCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATcc > 1:4529146/1‑49 (MQ=255) ggCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTAtt < 1:6394192/71‑1 (MQ=255) gCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTa < 1:1655740/71‑1 (MQ=255) cAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTaa > 1:1729809/1‑71 (MQ=255) atatTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACg > 1:3351133/1‑37 (MQ=255) atatTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATcc > 1:6753993/1‑44 (MQ=255) atatTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAAtt > 1:7687288/1‑70 (MQ=255) tatTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTg < 1:5363300/70‑1 (MQ=255) tatTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTg < 1:480247/70‑1 (MQ=255) tatTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGa < 1:6742164/71‑1 (MQ=255) atTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCAc > 1:6168038/1‑44 (MQ=255) atTCACTAAGAACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCAc > 1:3632851/1‑44 (MQ=255) ttCTCTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCaa > 1:4387359/1‑38 (MQ=255) ttCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCaa > 1:3933682/1‑38 (MQ=255) ttCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCa > 1:502430/1‑37 (MQ=255) ttCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGAt > 1:4015155/1‑70 (MQ=255) ttCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATa < 1:2993381/71‑1 (MQ=255) ttCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATa < 1:6281227/71‑1 (MQ=255) aCTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCa > 1:5011144/1‑39 (MQ=255) aCTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCa > 1:1824553/1‑39 (MQ=255) cTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATcc < 1:4775864/37‑1 (MQ=255) cTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATcc < 1:1015146/37‑1 (MQ=255) cTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCa < 1:1728878/71‑1 (MQ=255) tAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTaa > 1:824630/1‑60 (MQ=255) tAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCa > 1:3042880/1‑70 (MQ=255) aGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCaa < 1:7094284/69‑1 (MQ=255) aGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAAc < 1:7187802/71‑1 (MQ=255) aGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAAc < 1:6756769/71‑1 (MQ=255) aGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAAc > 1:6785068/1‑71 (MQ=255) tcACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCa < 1:881609/66‑1 (MQ=255) gCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCt < 1:7333575/37‑1 (MQ=255) gCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCt > 1:7804284/1‑43 (MQ=255) gCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACt > 1:3615279/1‑71 (MQ=255) cACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTg < 1:7680377/71‑1 (MQ=255) cACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTg < 1:2283672/71‑1 (MQ=255) cctctTATTATTAATCAGAGGACGCCAATCCACCTTGAcc < 1:1910433/39‑1 (MQ=18) cctctTATTATTAATCAGAGGACGCCAATCCACCTTGAcc < 1:2488377/39‑1 (MQ=18) cctctTATTATTAATCAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTg > 1:6117206/2‑70 (MQ=38) cctctTATTATTAATCAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTg > 1:5037863/2‑70 (MQ=38) aCTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAAt < 1:4408857/46‑1 (MQ=255) aCTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTg < 1:7459359/70‑1 (MQ=255) aCTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGc < 1:3689189/71‑1 (MQ=255) aCTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGc < 1:5188608/71‑1 (MQ=255) ctctGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCa < 1:6137558/43‑1 (MQ=255) ctctGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTg > 1:6376082/1‑69 (MQ=255) tctGATTAATAATACGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTa < 1:6831114/52‑1 (MQ=255) tctGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTAt < 1:2704093/50‑1 (MQ=255) tctGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTAt < 1:3189671/50‑1 (MQ=255) tctGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTa < 1:4174837/52‑1 (MQ=255) ctGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGt > 1:7799744/1‑71 (MQ=255) tGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCt > 1:2771338/1‑37 (MQ=255) tGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATgg > 1:4612280/1‑44 (MQ=255) tGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATgg > 1:3554267/1‑44 (MQ=255) tGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTa < 1:7508320/50‑1 (MQ=255) gATTAATAATAAGAGGCCGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGttt > 1:3130600/1‑71 (MQ=255) gATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGttt > 1:6428331/1‑71 (MQ=255) aTTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGtt < 1:3212968/69‑1 (MQ=255) aTTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGTTTg < 1:7917759/71‑1 (MQ=255) taataataaGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGTTTGCg > 1:723771/1‑71 (MQ=255) aataataaGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAg < 1:6521942/64‑1 (MQ=255) aataataaGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGTTTGCGt > 1:4804719/1‑71 (MQ=255) ataataaGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGTTTGCGt < 1:3028874/70‑1 (MQ=255) | TAACCTTTCCCAATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGTTTGCGT > AP009048/3186163‑3186300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |