| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,624 | C→A | 100% | pseudogene (435/582 nt) pseudogene (1498/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,624 | 0 | C | A | 99.3% | 459.5 / ‑4.0 | 152 | pseudogene (435/582 nt) pseudogene (1498/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (66/85); total (67/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
ACATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGT > AP009048/3684559‑3684689 | aCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt > 1:6171988/1‑71 (MQ=255)aCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt < 1:4469012/71‑1 (MQ=255)aCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt > 1:3093804/1‑71 (MQ=255) cATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt > 1:1782154/1‑70 (MQ=255) aTGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGa > 1:7130401/1‑71 (MQ=255) aTGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGa > 1:2973849/1‑71 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt > 1:1106973/1‑71 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt < 1:4491139/71‑1 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt < 1:2410190/71‑1 (MQ=255) gCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCTCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:901163/71‑1 (MQ=255) gCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:3909775/71‑1 (MQ=255) gCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:131615/71‑1 (MQ=255) aGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGtt < 1:585261/70‑1 (MQ=255) gTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc < 1:3593939/71‑1 (MQ=255) aTGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGcc > 1:4296835/1‑70 (MQ=255) aTGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGcc > 1:6453172/1‑70 (MQ=255) aTGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGcc > 1:6511138/1‑70 (MQ=255) aTGCCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc > 1:1813771/1‑69 (MQ=255) tGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGa < 1:2029289/59‑1 (MQ=255) tGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCag < 1:279433/71‑2 (MQ=255) tGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCag < 1:399161/71‑2 (MQ=255) ggCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCag < 1:7038005/70‑2 (MQ=255) cccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc < 1:5479736/65‑1 (MQ=255) cccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGa < 1:486881/71‑1 (MQ=255) cccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGa < 1:874820/71‑1 (MQ=255) cccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGa < 1:5230185/71‑1 (MQ=255) ccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACg > 1:6309695/1‑50 (MQ=255) ccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt < 1:441427/71‑1 (MQ=255) ccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt > 1:5057505/1‑71 (MQ=255) cATCACTGTTCGGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATg < 1:3208148/71‑1 (MQ=255) cATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCa > 1:6656968/1‑65 (MQ=255) cATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCa > 1:1991791/1‑65 (MQ=255) cATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCa > 1:3765522/1‑65 (MQ=255) cATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATg < 1:185866/71‑1 (MQ=255) tCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCA‑GGATGcc > 1:7853797/1‑70 (MQ=255) cACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt < 1:4930332/49‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGATTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAGGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:2687182/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACgg > 1:6350985/1‑46 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACgg > 1:4870218/1‑46 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGTATGCCg < 1:1737/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:1161191/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:1752007/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:7216405/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:12772/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:4678993/71‑1 (MQ=255) cTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt < 1:3389934/52‑1 (MQ=255) cTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg > 1:2990191/1‑69 (MQ=255) cTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:5692031/70‑1 (MQ=255) tGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt < 1:5325132/64‑1 (MQ=255) tGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAg > 1:480893/1‑71 (MQ=255) gTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc < 1:7682267/56‑1 (MQ=255) gTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg > 1:7562698/1‑71 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGtt > 1:2070207/1‑52 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGtt > 1:6131812/1‑52 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGc > 1:5087873/1‑64 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGc > 1:1031461/1‑64 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgc < 1:1306912/71‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgc < 1:5589434/71‑1 (MQ=255) tCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGcc > 1:955469/1‑55 (MQ=255) tCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgc < 1:3403967/70‑1 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCAAGGGATGCCGAAGgcg > 1:7738630/1‑70 (MQ=255) gCATGGTGTCGAGTGCCGCTTAAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAg > 1:4927986/1‑65 (MQ=255) aTGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGc > 1:3261757/1‑71 (MQ=255) tGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcg > 1:6998710/1‑65 (MQ=255) ggTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGaa < 1:4041752/60‑1 (MQ=255) gtgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCa > 1:1191942/1‑48 (MQ=255) gtgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCt < 1:7405750/69‑1 (MQ=255) gtgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTaa < 1:6348647/71‑1 (MQ=255) tgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAAc < 1:5524678/71‑1 (MQ=255) tgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAAc < 1:389651/71‑1 (MQ=255) tgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGAATGCCGAAGGCGCTGGCTaa > 1:7364484/1‑70 (MQ=255) cGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCt < 1:5482689/61‑1 (MQ=255) cGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:6755309/1‑70 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATg < 1:7457898/70‑1 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa < 1:5273566/71‑1 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa < 1:5269915/71‑1 (MQ=255) gTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAg > 1:5898105/1‑70 (MQ=255) tGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGcc < 1:413212/48‑1 (MQ=255) tGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAgg > 1:1549899/1‑70 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaaa > 1:1814911/1‑71 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaa > 1:2558754/1‑70 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcg < 1:7448167/50‑1 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcg < 1:3443106/50‑1 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg < 1:6830019/71‑1 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg < 1:2926337/71‑1 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg < 1:4227750/71‑1 (MQ=255) tCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACa < 1:2016542/58‑1 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgg < 1:2478966/69‑1 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgg < 1:561296/69‑1 (MQ=255) aaCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgggg > 1:2936596/1‑70 (MQ=255) aCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgg < 1:2469681/67‑1 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:888377/1‑54 (MQ=39) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:1714285/71‑1 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:3540706/71‑1 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:764918/71‑1 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:6555466/71‑1 (MQ=255) tGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATc > 1:4195295/1‑71 (MQ=255) tCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt < 1:3268529/71‑1 (MQ=255) cTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATcgg > 1:2838983/1‑67 (MQ=255) cTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt > 1:1855249/1‑70 (MQ=255) | ACATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGT > AP009048/3684559‑3684689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |