| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,705 | G→A | 100% | pseudogene (354/582 nt) pseudogene (1417/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,705 | 0 | G | A | 100.0% | 399.3 / NA | 132 | pseudogene (354/582 nt) pseudogene (1417/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (67/65); total (67/65) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGA > AP009048/3684638‑3684772 | ccAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtata < 1:2548426/68‑1 (MQ=255) cagggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGt < 1:2471108/68‑1 (MQ=255) agggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGtt < 1:1589162/69‑1 (MQ=255) gggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc < 1:2930424/70‑1 (MQ=255) gggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc < 1:1579980/70‑1 (MQ=255) aTGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg < 1:3614566/71‑1 (MQ=255) aTGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:4634083/1‑71 (MQ=255) tGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:7610253/1‑70 (MQ=255) ccGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTatat < 1:720536/60‑1 (MQ=255) ccGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgg > 1:5026920/1‑68 (MQ=255) gAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCt > 1:575515/1‑65 (MQ=255) gAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaa > 1:6663331/1‑70 (MQ=255) aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa > 1:3669836/1‑70 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:2762735/1‑70 (MQ=255) ggCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa < 1:1444824/71‑1 (MQ=255) cTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc > 1:7039729/1‑56 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc > 1:6751202/1‑71 (MQ=255) ggCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgct > 1:1135771/1‑71 (MQ=255) ggCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc < 1:5559914/70‑1 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgct < 1:1093096/70‑1 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc < 1:2092980/69‑1 (MQ=255) cTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctgc < 1:689083/71‑1 (MQ=255) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:247955/1‑54 (MQ=255) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:7686433/1‑54 (MQ=255) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:3809555/1‑54 (MQ=255) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctgc > 1:4215915/1‑70 (MQ=255) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctgc > 1:6501423/1‑70 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc < 1:2417371/50‑1 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGcc > 1:5391714/1‑70 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa > 1:1043875/1‑71 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa > 1:153834/1‑60 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa < 1:2350488/70‑1 (MQ=255) cATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAtt < 1:1677456/71‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:5609302/57‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTg > 1:4784507/1‑71 (MQ=255) tGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAATAAc < 1:918876/56‑1 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCt > 1:3575371/1‑46 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTc > 1:2569237/1‑70 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTc < 1:6451469/69‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg > 1:3235550/1‑70 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg > 1:1389588/1‑70 (MQ=255) aaaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgg > 1:746587/1‑44 (MQ=255) aaaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc < 1:2979866/71‑1 (MQ=255) aaTCTGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc > 1:3427437/1‑70 (MQ=255) aaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAcc < 1:1401370/71‑1 (MQ=255) aaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc > 1:7826799/1‑70 (MQ=255) aTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtg > 1:6479040/1‑54 (MQ=255) aTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCa < 1:3848125/71‑1 (MQ=255) aTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCa > 1:610632/1‑71 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa < 1:1744006/44‑1 (MQ=255) gggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGaa > 1:3551687/1‑64 (MQ=255) gggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATccc > 1:6100613/1‑71 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:5834951/1‑43 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:2996131/71‑1 (MQ=255) gTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTa < 1:1786185/71‑1 (MQ=255) gTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTa < 1:7488971/71‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:314490/1‑35 (MQ=38) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtcctgc < 1:2181976/51‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTaa > 1:669401/1‑71 (MQ=255) tATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgg < 1:562577/35‑2 (MQ=37) tATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:1000463/58‑1 (MQ=255) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTc > 1:3094463/1‑56 (MQ=255) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATcc > 1:252989/1‑65 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:6907311/70‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:4113271/70‑1 (MQ=255) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa < 1:1904254/37‑1 (MQ=38) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAtt > 1:2278070/1‑49 (MQ=38) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:6504901/70‑1 (MQ=255) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTg > 1:1068091/1‑71 (MQ=255) tAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTgg > 1:7910880/1‑71 (MQ=255) aaGGGTGGTTTCGCTATATCCTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGt > 1:3122959/1‑71 (MQ=255) aGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGtt < 1:3325178/71‑1 (MQ=255) aGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGtt < 1:6326306/71‑1 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:5308064/71‑1 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:5880470/71‑1 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:2100232/71‑1 (MQ=255) ggtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAcc < 1:1004081/52‑1 (MQ=39) ggtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAcc < 1:6253849/52‑1 (MQ=39) ggtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAcc < 1:4588466/52‑1 (MQ=39) gtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc < 1:1776169/71‑1 (MQ=255) gtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc < 1:5788382/71‑1 (MQ=255) tggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg > 1:4481392/1‑46 (MQ=38) tggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc > 1:747929/1‑70 (MQ=255) ggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:6257492/45‑1 (MQ=38) ggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTgg > 1:7719426/1‑64 (MQ=255) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGGCATTg < 1:7548067/41‑1 (MQ=25) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTg < 1:5235715/41‑1 (MQ=38) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAg > 1:5076944/1‑71 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:4633068/60‑1 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:36419/60‑1 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt < 1:5487102/71‑1 (MQ=255) gttCGCTATATCTTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt < 1:3780850/70‑1 (MQ=255) ttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGt > 1:5551088/1‑40 (MQ=37) ttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGt > 1:889087/1‑40 (MQ=37) ttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCAt > 1:6997076/1‑48 (MQ=38) tCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTa < 1:4058045/70‑1 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAg > 1:6388596/1‑66 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:285434/1‑67 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAg < 1:4144681/70‑1 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGa > 1:2758856/1‑71 (MQ=255) | GGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGA > AP009048/3684638‑3684772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |