| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,717 | A→G | 100% | pseudogene (342/582 nt) pseudogene (1405/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,717 | 0 | A | G | 100.0% | 481.3 / NA | 137 | pseudogene (342/582 nt) pseudogene (1405/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (62/75); total (62/75) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCAA > AP009048/3684651‑3684782 | aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:3162780/1‑71 (MQ=255) aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa > 1:3669836/1‑70 (MQ=255) ggCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa < 1:1444824/71‑1 (MQ=255) gcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaa > 1:6519390/1‑64 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc > 1:6751202/1‑71 (MQ=255) ggCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgct > 1:1135771/1‑71 (MQ=255) ggCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc < 1:5559914/70‑1 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgct < 1:1093096/70‑1 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc < 1:2092980/69‑1 (MQ=255) cTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctgc < 1:689083/71‑1 (MQ=255) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctgc > 1:4215915/1‑70 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGcc > 1:5391714/1‑70 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa > 1:1043875/1‑71 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa > 1:153834/1‑60 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa < 1:2350488/70‑1 (MQ=255) gAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:5465506/55‑1 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTc > 1:2569237/1‑70 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:1643523/71‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTc < 1:6451469/69‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg > 1:3235550/1‑70 (MQ=255) aaaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc < 1:2979866/71‑1 (MQ=255) aaTCTGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc > 1:3427437/1‑70 (MQ=255) aaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAcc < 1:1401370/71‑1 (MQ=255) aaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc > 1:7826799/1‑70 (MQ=255) aTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtg > 1:6479040/1‑54 (MQ=255) aTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCa > 1:610632/1‑71 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa < 1:1744006/44‑1 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa < 1:7208004/44‑1 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa < 1:1359561/44‑1 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCAt < 1:2092135/71‑1 (MQ=255) gggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:3973786/1‑44 (MQ=255) gggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGaa > 1:3551687/1‑64 (MQ=255) gggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATccc > 1:6100613/1‑71 (MQ=255) gggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATccc > 1:1746056/1‑71 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:5834951/1‑43 (MQ=255) gTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTa < 1:1786185/71‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtcctgc < 1:2181976/51‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTaa > 1:669401/1‑71 (MQ=255) tATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:1000463/58‑1 (MQ=255) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTc > 1:3094463/1‑56 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:218469/70‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:6907311/70‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:4113271/70‑1 (MQ=255) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:6504901/70‑1 (MQ=255) aGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGtt < 1:3325178/71‑1 (MQ=255) aGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGtt < 1:6326306/71‑1 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:5308064/71‑1 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:5880470/71‑1 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:2906353/71‑1 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTAGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:2494742/71‑1 (MQ=255) ggtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAcc < 1:1004081/52‑1 (MQ=39) ggtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAcc < 1:6253849/52‑1 (MQ=39) ggtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:3091088/70‑1 (MQ=255) gtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc < 1:5788382/71‑1 (MQ=255) tggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg > 1:4481392/1‑46 (MQ=38) tggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc > 1:747929/1‑70 (MQ=255) tggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc > 1:4728878/1‑70 (MQ=255) ggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:6257492/45‑1 (MQ=38) ggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTgg > 1:7719426/1‑64 (MQ=255) ggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc > 1:571626/1‑69 (MQ=255) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGGCATTg < 1:7548067/41‑1 (MQ=25) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTg < 1:5226550/41‑1 (MQ=38) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg > 1:3711410/1‑44 (MQ=38) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:811088/61‑1 (MQ=255) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAg > 1:5076944/1‑71 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:4633068/60‑1 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:36419/60‑1 (MQ=255) gttCGCTATATCTTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt < 1:3780850/70‑1 (MQ=255) ttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGt > 1:889087/1‑40 (MQ=37) ttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGt > 1:5551088/1‑40 (MQ=37) ttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCAt > 1:6997076/1‑48 (MQ=38) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAg > 1:6388596/1‑66 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:3365762/1‑67 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:285434/1‑67 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAg < 1:4144681/70‑1 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGa > 1:2758856/1‑71 (MQ=255) ctatATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGAc < 1:2766431/68‑1 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc < 1:3099975/38‑1 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTaa > 1:7056826/1‑47 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTATCCGTTGGTTATCGAGTAAGACg < 1:408388/69‑1 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTgg < 1:3864895/54‑1 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:6789892/1‑63 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:6799182/1‑63 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:5869657/1‑63 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:6779246/1‑63 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGa < 1:3478686/70‑1 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGa < 1:1363709/70‑1 (MQ=255) tCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGtt > 1:2501736/1‑54 (MQ=255) tCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGa > 1:4108236/1‑59 (MQ=255) tCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGAttt < 1:3463476/71‑1 (MQ=255) gTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTg > 1:2761431/1‑49 (MQ=255) gTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTc < 1:5258535/71‑1 (MQ=255) gTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTc < 1:2340136/71‑1 (MQ=255) gTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTc < 1:200039/71‑1 (MQ=255) ttCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTc < 1:7303489/70‑1 (MQ=255) ttCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCa < 1:4393908/71‑1 (MQ=255) tCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCaa > 1:2580034/1‑71 (MQ=255) tCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCaa > 1:7783087/1‑71 (MQ=255) ccTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCaa < 1:1877172/70‑1 (MQ=255) cTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTaa < 1:6933878/57‑1 (MQ=255) | GAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCAA > AP009048/3684651‑3684782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |