| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,921 | A→G | 100% | pseudogene (138/582 nt) pseudogene (1201/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,921 | 0 | A | G | 100.0% | 209.7 / NA | 62 | pseudogene (138/582 nt) pseudogene (1201/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (25/37); total (25/37) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CAACGGTATCGTTCGGTCGCGCGACTTGTGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTACCTAAACCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGCCCACATC > AP009048/3684857‑3684987 | cgaCGGTATCGTTTGGTCGCGCGACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCt < 1:5949070/66‑1 (MQ=37)cgaCGGTATCGTTTGGTCGCGCGACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTa < 1:1341997/67‑1 (MQ=38) gaCGGTATCGTTTGGTCGCGCGACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTaagc < 1:7550797/70‑3 (MQ=38) aTCGTTTGGTCGCGCGACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTaag > 1:4074509/1‑63 (MQ=37) tCGTTTGGTCGCGCGACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTg > 1:2848318/1‑69 (MQ=37) gTTTGGTCGCGCGACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAgg > 1:349915/1‑71 (MQ=38) tttggTCGCGCGACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTg < 1:3805741/63‑1 (MQ=37) tCGCGCGACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGtgatga < 1:5247762/71‑1 (MQ=38) gcgcgACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAg > 1:2443670/1‑62 (MQ=37) gcgcgACTTGCGCGCCAACCGCAGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGaaa < 1:4740770/71‑1 (MQ=38) cgACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAgg < 1:7793891/60‑1 (MQ=37) cgACTTGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGaaa < 1:7804683/68‑1 (MQ=38) ttGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGtgat > 1:6536563/1‑60 (MQ=37) ttGCGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCg > 1:69824/1‑71 (MQ=38) gcgcgcCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGtga > 1:4715386/3‑57 (MQ=37) gcgcgcCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCgg < 1:639074/68‑1 (MQ=38) cgcgcCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGc < 1:6314800/70‑1 (MQ=255) gcgcCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAAttt < 1:1544487/63‑1 (MQ=255) ccAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAgt < 1:6914136/71‑1 (MQ=255) cAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAgtg > 1:5115822/1‑71 (MQ=255) aCCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAgtgt < 1:2172016/70‑1 (MQ=255) ccgccgccgGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAAtt > 1:4046824/1‑55 (MQ=37) ccgccgccgGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTgg < 1:5658345/71‑1 (MQ=255) ccgccgccgGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTgg > 1:4769912/1‑71 (MQ=255) gccgccgGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGc > 1:466670/1‑71 (MQ=255) ccgccgGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTggg > 1:2908979/1‑69 (MQ=255) cgccgGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGa < 1:288171/71‑1 (MQ=255) cgccgGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGa > 1:1010438/1‑71 (MQ=255) ccgGTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGc < 1:7665883/67‑1 (MQ=255) ggTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGa > 1:4674059/1‑35 (MQ=21) ggTAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGa > 1:2230939/1‑35 (MQ=21) tAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGtg < 1:428314/37‑1 (MQ=25) tAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGtg < 1:4688084/37‑1 (MQ=25) tAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGtg < 1:2560908/37‑1 (MQ=25) tAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAAttt < 1:3581095/46‑1 (MQ=38) tAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAgt > 1:5027849/1‑57 (MQ=39) tAAACCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGtgc > 1:133576/1‑70 (MQ=255) aaaCCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGtg < 1:3902032/36‑1 (MQ=25) aaCCAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGtgctg < 1:735613/70‑1 (MQ=255) ccAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGAt > 1:2990065/1‑62 (MQ=255) cAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAAtt < 1:7360164/40‑1 (MQ=38) cAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAAtt < 1:3175539/40‑1 (MQ=38) cAAAACCCATGGTGCCTAAGCCGCGGGAGCTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGCGCGATGTGCTgcg > 1:5315766/1‑69 (MQ=255) aaaaCCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGa < 1:7188759/49‑1 (MQ=39) aaaaCCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGtgct < 1:4742832/65‑1 (MQ=255) aaaCCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAAt > 1:5756972/1‑37 (MQ=38) aaaCCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGc > 1:4178907/1‑71 (MQ=255) aaaCCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGc > 1:5378134/1‑71 (MQ=255) aaaCCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGc > 1:4160306/1‑71 (MQ=255) aaCCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAAttt < 1:4806025/38‑1 (MQ=38) aCCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGccc < 1:3135791/71‑1 (MQ=255) aCCCATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGcc > 1:1956193/1‑70 (MQ=255) cccATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAAttt < 1:1475064/36‑1 (MQ=37) cccATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAAttt < 1:7162744/36‑1 (MQ=37) cccATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAAttt < 1:1433050/36‑1 (MQ=37) cccATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGGGGGCGATGTGCTgcgc < 1:5583112/65‑1 (MQ=255) ccATGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGAAGAAAtatt > 1:5561390/1‑36 (MQ=19) tGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGCCCACATc < 1:1912062/71‑1 (MQ=255) tGGTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGCCCACATc < 1:1419629/71‑1 (MQ=255) ggTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGa < 1:5824790/40‑1 (MQ=38) ggTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGa < 1:3012769/40‑1 (MQ=38) ggTGCCTAAGCCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGc < 1:1284984/48‑1 (MQ=38) | CAACGGTATCGTTCGGTCGCGCGACTTGTGCGCCAACCGCCGCCGGTAAACCAAAACCCATGGTACCTAAACCGCTGGAGGTGATGAAATTTTCCGGGCGAGTGTGGGCGATGTGCTGCGCAGCCCACATC > AP009048/3684857‑3684987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |