| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,685,129 | T→A | 100% | pseudogene (993/1645 nt) | ilvG ← | ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,685,129 | 0 | T | A | 100.0% | 213.8 / NA | 71 | pseudogene (993/1645 nt) | ilvG | ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (33/38); total (33/38) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTG‑‑ATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAA > AP009048/3685064‑3685194 | cgTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTagctgc < 1:6498304/71‑1 (MQ=255)cgTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTagctgc < 1:5921352/71‑1 (MQ=255)cgTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTagctgc < 1:552448/71‑1 (MQ=255) gTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTagctgc > 1:6190610/1‑70 (MQ=255) gATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAg < 1:1063121/70‑1 (MQ=255) gATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAg < 1:3453725/70‑1 (MQ=255) gATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGt > 1:6363183/1‑71 (MQ=255) aGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAt > 1:4947909/1‑71 (MQ=255) aGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAt > 1:6682692/1‑71 (MQ=255) gCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAtt < 1:6757336/71‑1 (MQ=255) cGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTg < 1:717215/71‑1 (MQ=255) cGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGAAGTGTAGCTGCCATTc < 1:1674265/67‑1 (MQ=38) cACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Ata > 1:915971/1‑70 (MQ=255) cACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCAAGTCAt > 1:2554295/1‑66 (MQ=39) aCCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAt > 1:5350024/1‑65 (MQ=39) aCCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAt > 1:629169/1‑65 (MQ=39) aCCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Atat > 1:1666038/1‑69 (MQ=255) aCCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Atat > 1:6677202/1‑69 (MQ=255) ccGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAg < 1:1213268/60‑1 (MQ=39) ccGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAg < 1:2710840/60‑1 (MQ=39) ggTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑a > 1:2641506/1‑60 (MQ=39) gTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAtt < 1:2667348/57‑1 (MQ=38) gTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGgctgc < 1:4013012/70‑1 (MQ=255) aaCGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCa > 1:2420548/1‑50 (MQ=38) aaCGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGctgctg > 1:533600/1‑70 (MQ=255) aCGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAtt > 1:5190086/1‑51 (MQ=39) gCCAGGCATGTTGATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAtt > 1:7138863/1‑49 (MQ=38) cAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:3008713/71‑1 (MQ=255) cAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑a > 1:5460674/1‑49 (MQ=39) cAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑a > 1:2956650/1‑49 (MQ=39) cAGGCATGTTAATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:230822/71‑1 (MQ=255) caTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTgg < 1:1671843/69‑1 (MQ=255) caTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGt < 1:3923397/70‑1 (MQ=255) aTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTg > 1:413716/1‑68 (MQ=255) aTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGt > 1:7596383/1‑70 (MQ=255) aTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGt > 1:585171/1‑70 (MQ=255) aTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGt > 1:2136324/1‑70 (MQ=255) tGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAtt < 1:7746884/41‑1 (MQ=255) tGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAtt < 1:5623802/41‑1 (MQ=255) tGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCAtt < 1:3815832/41‑1 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACa < 1:4525053/71‑1 (MQ=255) tcatcaCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑a > 1:807737/1‑40 (MQ=255) atcaCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACaga < 1:6769328/70‑1 (MQ=255) atcaCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑At < 1:7648303/39‑1 (MQ=255) tcaCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACagag > 1:2320719/1‑70 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCt < 1:5669972/58‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCa < 1:3176273/70‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt < 1:3634193/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt < 1:364654/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt < 1:6045049/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt > 1:7641808/1‑71 (MQ=255) gCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:1956205/55‑1 (MQ=255) gCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:1946994/55‑1 (MQ=255) gCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:4038872/55‑1 (MQ=255) gCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAttt < 1:1026226/71‑1 (MQ=255) aGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTaa < 1:5873289/71‑1 (MQ=255) gCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTaa < 1:5556473/70‑1 (MQ=255) cTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAAt > 1:5933296/1‑71 (MQ=255) tGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAAt > 1:6315450/1‑70 (MQ=255) gcgcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa > 1:2643532/1‑55 (MQ=255) cgcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCAc > 1:142395/1‑71 (MQ=255) gcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCAcc < 1:4776345/71‑1 (MQ=255) gcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGt < 1:6346294/40‑1 (MQ=25) gcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGt < 1:7611689/40‑1 (MQ=25) gcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCa > 1:7543911/1‑67 (MQ=255) cAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGt < 1:5188074/39‑1 (MQ=21) aGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa > 1:2440538/1‑49 (MQ=255) aGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAttt < 1:5988740/59‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCa > 1:7423996/1‑63 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCa > 1:3383167/1‑63 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCa > 1:5426079/1‑63 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGt < 1:2831737/69‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGt < 1:4050636/69‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGt < 1:2105745/69‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTaa > 1:3734758/1‑71 (MQ=255) | CGTAGATAGCGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTG‑‑ATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAA > AP009048/3685064‑3685194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |