| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,685,267 | C→T | 100% | pseudogene (855/1645 nt) pseudogene (855/984 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,685,267 | 0 | C | T | 99.9% | 346.7 / ‑7.2 | 117 | pseudogene (855/1645 nt) pseudogene (855/984 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (62/54); minor base G (0/1); total (62/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CATGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGCGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCGCCCACGGCGATCAGCAGGTC > AP009048/3685200‑3685332 | caTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGgtgc > 1:6398315/1‑70 (MQ=255)caTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGgtgc > 1:3127294/1‑70 (MQ=255) aTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGa < 1:4074669/71‑1 (MQ=255) tgCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAgg < 1:6831928/71‑1 (MQ=255) gCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAg > 1:3889617/1‑69 (MQ=255) gCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAg > 1:5533109/1‑69 (MQ=255) cTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtgt > 1:3993976/1‑71 (MQ=255) tGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt > 1:3948019/1‑71 (MQ=255) aCGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt < 1:6424898/69‑1 (MQ=255) aCGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt > 1:5616347/1‑69 (MQ=255) cGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAg < 1:2707409/71‑1 (MQ=255) gCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGt < 1:1869823/71‑1 (MQ=255) aGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGttt < 1:7505692/71‑1 (MQ=255) aGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGttt < 1:4408825/71‑1 (MQ=255) gCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTg > 1:6049426/1‑71 (MQ=255) cTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtg > 1:718990/1‑61 (MQ=255) ttGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAg < 1:3261661/57‑1 (MQ=255) ttGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAg < 1:5283291/57‑1 (MQ=255) ttGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt > 1:4515666/1‑62 (MQ=255) tGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:2868072/1‑71 (MQ=255) gTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGcc > 1:6146301/1‑69 (MQ=255) gTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg < 1:2575634/70‑1 (MQ=255) ttCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGa < 1:1615113/52‑1 (MQ=255) ttCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGt > 1:3723118/1‑71 (MQ=255) aTTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg > 1:1994665/1‑48 (MQ=255) aTTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg > 1:1063734/1‑48 (MQ=255) aTTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:1187583/1‑66 (MQ=255) ttCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAccc > 1:1222233/1‑71 (MQ=255) tCTGCCGGGTCGATATCCATAAGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACACg > 1:5046580/1‑71 (MQ=255) cTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:6669729/1‑62 (MQ=255) cTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCg < 1:7080119/70‑1 (MQ=255) ccGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtc < 1:5209104/70‑1 (MQ=255) ccGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtc < 1:6220391/70‑1 (MQ=255) ccGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtc < 1:6976007/70‑1 (MQ=255) ggTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGtt > 1:3954260/1‑51 (MQ=255) ggTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtcatca < 1:5479497/71‑1 (MQ=255) tCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGc < 1:2382508/52‑1 (MQ=255) tCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:2111991/71‑1 (MQ=255) cGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTg < 1:5518303/50‑1 (MQ=255) cGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:38487/1‑53 (MQ=255) cGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaaa > 1:4027603/1‑71 (MQ=255) cGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaa > 1:3349311/1‑69 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaaa < 1:2805781/70‑1 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaaa < 1:1795227/70‑1 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAAc < 1:2732351/71‑1 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAAc < 1:7020194/71‑1 (MQ=255) atatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGc < 1:3445985/49‑1 (MQ=255) atatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCgg < 1:6513971/60‑1 (MQ=255) atatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCgg < 1:6883761/60‑1 (MQ=255) atatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAAc < 1:1813417/70‑1 (MQ=255) atatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTAAGTTTGCCGGGCACCCgg < 1:7398977/60‑1 (MQ=255) atatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGGGCGAAGGTGTTCAGTTTGc < 1:4086603/49‑1 (MQ=255) atCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtg > 1:1718617/1‑37 (MQ=255) atCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtg > 1:5300722/1‑37 (MQ=255) atCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgt > 1:5057847/1‑36 (MQ=255) atCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTg > 1:1746648/1‑71 (MQ=255) atCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCAT‑AAAACGTg > 1:7235427/1‑70 (MQ=255) ccATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTg > 1:1593670/1‑69 (MQ=255) atatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg < 1:530796/45‑1 (MQ=255) tatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGcc < 1:3387266/43‑1 (MQ=255) tatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGcc < 1:3582218/43‑1 (MQ=255) tatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:6265029/61‑1 (MQ=255) tatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTg < 1:53785/66‑1 (MQ=255) atGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGt > 1:6540821/1‑45 (MQ=255) atGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa > 1:4992136/1‑71 (MQ=255) atGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa > 1:2959886/1‑71 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTTTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa < 1:274471/70‑1 (MQ=38) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:7851240/1‑42 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTc > 1:2211006/1‑45 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTc > 1:4886203/1‑45 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtcatc > 1:2700220/1‑56 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTgca > 1:5202211/1‑65 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa < 1:203760/70‑1 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa > 1:5888872/1‑70 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa > 1:2896827/1‑70 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa < 1:177804/70‑1 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa > 1:1165875/1‑70 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCAc > 1:4373000/1‑71 (MQ=255) ggATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACg > 1:7537154/1‑71 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGc < 1:156446/38‑1 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGc < 1:3610531/38‑1 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGc < 1:7274614/38‑1 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACgg < 1:1736195/71‑1 (MQ=255) aTAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGc > 1:4305922/1‑71 (MQ=255) tAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:106394/1‑38 (MQ=255) tAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:3592030/1‑38 (MQ=255) aaCACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGa > 1:5924750/1‑71 (MQ=255) aaCACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTCTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGa > 1:6560608/1‑71 (MQ=39) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:4312128/1‑36 (MQ=255) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:4125705/1‑36 (MQ=255) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGAt > 1:5506422/1‑71 (MQ=255) cacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATc < 1:1979064/71‑1 (MQ=255) cTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:1621744/50‑1 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACgg < 1:7527975/61‑1 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagcaa < 1:6025959/71‑2 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc < 1:4076190/69‑1 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc < 1:3134831/69‑1 (MQ=255) cGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagcaag < 1:788848/71‑3 (MQ=39) gtgtGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGt < 1:3514903/71‑1 (MQ=39) gtgtGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGt < 1:1625329/71‑1 (MQ=39) | CATGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGCGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCGCCCACGGCGATCAGCAGGTC > AP009048/3685200‑3685332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |