Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA AP009048 4,184,957 T→A 13.5% intergenic (‑119/‑61) gspC ← / → gspA general secretory pathway component, cryptic/general secretory pathway component, cryptic

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*AP0090484,184,9570TA13.5% 90.5 / 7.9 37intergenic (‑119/‑61)gspC/gspAgeneral secretory pathway component, cryptic/general secretory pathway component, cryptic
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (19/13);  new base A (2/3);  total (21/16)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.82e-01

GTATAAATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCT  >  AP009048/4184887‑4185023
                                                                      |                                                                   
gTATAAATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATttaatt                                                                     <  1:6066563/71‑1 (MQ=255)
         gTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTATTAATTAAatac                                                           <  1:1172735/71‑1 (MQ=38)
         gTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTaataaata                                                            >  1:4995991/1‑70 (MQ=255)
         gTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTaataaata                                                            >  1:5756190/1‑70 (MQ=255)
           aTTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTaataaata                                                            >  1:4755327/1‑68 (MQ=255)
                 gCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACatta                                                   >  1:6877577/1‑71 (MQ=255)
                   cGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATtaataa                                                               >  1:1825652/1‑57 (MQ=255)
                    gCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATttaatt                                                                     >  1:5957634/1‑51 (MQ=255)
                    gCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTAttt                                                <  1:2601237/71‑1 (MQ=255)
                     cTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATtaataa                                                               >  1:4829805/1‑55 (MQ=255)
                     cTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTAtttt                                               <  1:5629523/71‑1 (MQ=255)
                      ttGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTAtttt                                               >  1:1482103/1‑70 (MQ=255)
                             aaTCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTATTAattaaa                                                              <  1:3371456/48‑1 (MQ=37)
                             aaTCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTATTAattaaa                                                              <  1:1518432/48‑1 (MQ=37)
                              aTCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGAt                                         >  1:1255910/1‑68 (MQ=255)
                              aTCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTaa                                      <  1:2114845/71‑1 (MQ=255)
                                cAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAatacata                                                        >  1:6883676/1‑51 (MQ=255)
                                cAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAatacata                                                        >  1:5636934/1‑51 (MQ=255)
                                cAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAg                                     >  1:6757175/1‑70 (MQ=255)
                                     aaaaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATaa                                <  1:619440/70‑1 (MQ=255)
                                      aaaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAAt                               >  1:2551760/1‑70 (MQ=255)
                                      aaaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAAt                               >  1:6885183/1‑70 (MQ=255)
                                      aaaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATc                              <  1:5101948/71‑1 (MQ=255)
                                       aaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATc                              <  1:3159412/70‑1 (MQ=255)
                                         tttatttaTATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCaat                           <  1:6072714/71‑1 (MQ=255)
                                              ttatATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCaataat                        >  1:4482862/1‑69 (MQ=255)
                                              ttatATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAAtt                       >  1:7915640/1‑70 (MQ=255)
                                                atatTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTaa                     <  1:6283806/70‑1 (MQ=255)
                                                 tatTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAAGAATTaaaa                   >  1:7723123/1‑71 (MQ=255)
                                                     aGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACa                 >  1:7694653/1‑69 (MQ=255)
                                                     aGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAg                >  1:5294177/1‑70 (MQ=255)
                                                      gTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAgg               <  1:266363/70‑1 (MQ=255)
                                                      gTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGa              <  1:3419078/71‑1 (MQ=255)
                                                         atatGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGa              >  1:6989121/1‑68 (MQ=255)
                                                          tatGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGt           <  1:3349597/70‑1 (MQ=255)
                                                           atGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTc         >  1:3977438/1‑71 (MQ=255)
                                                            tGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGAt                                  >  1:3942401/1‑45 (MQ=255)
                                                             gTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAACCAATAATTAAAACAGGAAGtt          <  1:1969695/68‑1 (MQ=255)
                                                              tatttattAATTAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTaa                     >  1:5236395/1‑56 (MQ=37)
                                                              tatttattAATTAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTaa                     >  1:2259796/1‑56 (MQ=37)
                                                              tATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTAt      <  1:2182607/71‑1 (MQ=255)
                                                                 ttaattaaTAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATa                                 <  1:1211146/41‑1 (MQ=255)
                                                                 ttaattaaTAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATa                                 <  1:1988860/41‑1 (MQ=255)
                                                                 ttaattaaTAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATa                                 <  1:6047174/41‑1 (MQ=255)
                                                                  ttattaattaAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCaata                          >  1:6620862/3‑48 (MQ=37)
                                                                  taattaatAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCaat                           >  1:28866/1‑46 (MQ=255)
                                                                  taattaatAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTc         >  1:2786089/1‑64 (MQ=255)
                                                                  taattaatAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTc         >  1:7192352/1‑64 (MQ=255)
                                                                  taattaatAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTc         >  1:7773980/1‑64 (MQ=255)
                                                                  taattaatAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTc   >  1:3739404/1‑70 (MQ=255)
                                                                  taattaatAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTc   <  1:4310901/70‑1 (MQ=255)
                                                                   aattaatAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCt  <  1:4954571/70‑1 (MQ=255)
                                                                      |                                                                   
GTATAAATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCT  >  AP009048/4184887‑4185023

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: