| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 4,184,957 | T→A | 13.5% | intergenic (‑119/‑61) | gspC ← / → gspA | general secretory pathway component, cryptic/general secretory pathway component, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 4,184,957 | 0 | T | A | 13.5% | 90.5 / 7.9 | 37 | intergenic (‑119/‑61) | gspC/gspA | general secretory pathway component, cryptic/general secretory pathway component, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/13); new base A (2/3); total (21/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.82e-01 | |||||||||||
GTATAAATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCT > AP009048/4184887‑4185023 | gTATAAATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATttaatt < 1:6066563/71‑1 (MQ=255) gTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTATTAAT‑TAAatac < 1:1172735/71‑1 (MQ=38) gTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTaa‑taaata > 1:4995991/1‑70 (MQ=255) gTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTaa‑taaata > 1:5756190/1‑70 (MQ=255) aTTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTaa‑taaata > 1:4755327/1‑68 (MQ=255) gCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACatta > 1:6877577/1‑71 (MQ=255) cGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATtaa‑taa > 1:1825652/1‑57 (MQ=255) gCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATttaatt > 1:5957634/1‑51 (MQ=255) gCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTAttt < 1:2601237/71‑1 (MQ=255) cTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATtaa‑taa > 1:4829805/1‑55 (MQ=255) cTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTAtttt < 1:5629523/71‑1 (MQ=255) ttGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTAtttt > 1:1482103/1‑70 (MQ=255) aaTCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTATTAat‑taaa < 1:3371456/48‑1 (MQ=37) aaTCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTATTAat‑taaa < 1:1518432/48‑1 (MQ=37) aTCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGAt > 1:1255910/1‑68 (MQ=255) aTCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTaa < 1:2114845/71‑1 (MQ=255) cAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAatacata > 1:6883676/1‑51 (MQ=255) cAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAatacata > 1:5636934/1‑51 (MQ=255) cAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAg > 1:6757175/1‑70 (MQ=255) aaaaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATaa < 1:619440/70‑1 (MQ=255) aaaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAAt > 1:2551760/1‑70 (MQ=255) aaaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAAt > 1:6885183/1‑70 (MQ=255) aaaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATc < 1:5101948/71‑1 (MQ=255) aaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATc < 1:3159412/70‑1 (MQ=255) tttatttaTATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCaat < 1:6072714/71‑1 (MQ=255) ttatATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCaataat > 1:4482862/1‑69 (MQ=255) ttatATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAAtt > 1:7915640/1‑70 (MQ=255) atatTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTaa < 1:6283806/70‑1 (MQ=255) tatTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAAGAATTaaaa > 1:7723123/1‑71 (MQ=255) aGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACa > 1:7694653/1‑69 (MQ=255) aGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAg > 1:5294177/1‑70 (MQ=255) gTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAgg < 1:266363/70‑1 (MQ=255) gTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGa < 1:3419078/71‑1 (MQ=255) atatGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGa > 1:6989121/1‑68 (MQ=255) tatGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGt < 1:3349597/70‑1 (MQ=255) atGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTc > 1:3977438/1‑71 (MQ=255) tGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGAt > 1:3942401/1‑45 (MQ=255) gTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAACCAATAATTAAAACAGGAAGtt < 1:1969695/68‑1 (MQ=255) tatttattAAT‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTaa > 1:5236395/1‑56 (MQ=37) tatttattAAT‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTaa > 1:2259796/1‑56 (MQ=37) tATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTAt < 1:2182607/71‑1 (MQ=255) ttaattaa‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATa < 1:1211146/41‑1 (MQ=255) ttaattaa‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATa < 1:1988860/41‑1 (MQ=255) ttaattaa‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATa < 1:6047174/41‑1 (MQ=255) ttattaattaAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCaata > 1:6620862/3‑48 (MQ=37) taattaa‑tAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCaat > 1:28866/1‑46 (MQ=255) taattaa‑tAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTc > 1:2786089/1‑64 (MQ=255) taattaa‑tAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTc > 1:7192352/1‑64 (MQ=255) taattaa‑tAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTc > 1:7773980/1‑64 (MQ=255) taattaa‑tAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTc > 1:3739404/1‑70 (MQ=255) taattaa‑tAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTc < 1:4310901/70‑1 (MQ=255) aattaa‑tAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCt < 1:4954571/70‑1 (MQ=255) | GTATAAATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAA‑TAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTCT > AP009048/4184887‑4185023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |