| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 4,425,606 | C→A | 6.7% | A316E (GCA→GAA) | ulaA → | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 4,425,606 | 0 | C | A | 6.7% | 292.9 / 3.8 | 89 | A316E (GCA→GAA) | ulaA | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/43); new base A (3/3); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
ACTCTCTGAAGCATTTAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATT > AP009048/4425538‑4425676 | aCTCTCTGAAGCATTTAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAg < 1:7698267/71‑1 (MQ=255) ctctctGAAGCATTTAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGc < 1:2416293/71‑1 (MQ=255) ctctGAAGCATTTAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGcta > 1:6101522/1‑71 (MQ=255) tctGAAGCATTTAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGct < 1:5497109/69‑1 (MQ=255) aaGCATTTAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGctatc < 1:7002951/68‑1 (MQ=255) tttAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCtt < 1:7663551/71‑1 (MQ=255) ttAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATAGATAGCt < 1:350922/69‑1 (MQ=255) tAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTcg > 1:7162719/1‑71 (MQ=255) tAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTcg > 1:649665/1‑71 (MQ=255) aaCGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTcgc > 1:4558177/1‑71 (MQ=255) aaCGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTcgc > 1:5879128/1‑71 (MQ=255) aaCGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGAAGCTATAGATAGCtgca < 1:3568344/70‑4 (MQ=255) aCGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTcgcg < 1:6380392/71‑1 (MQ=255) cGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCgcgc < 1:1792639/71‑1 (MQ=255) ggCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCa > 1:2840752/1‑51 (MQ=255) ggCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGcc > 1:1110113/1‑71 (MQ=255) ggCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTCTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGcc > 1:3568266/1‑71 (MQ=255) gCATTTCCCAGCTCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCg < 1:4086697/71‑1 (MQ=255) gCATTTCCCAGCTCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCg < 1:3400638/71‑1 (MQ=255) gCATTTCCCAGCTCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCg < 1:5694322/71‑1 (MQ=255) gCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGcc > 1:5863915/1‑70 (MQ=255) cATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAg > 1:6258098/1‑60 (MQ=255) aTTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGctatctat < 1:1730966/57‑1 (MQ=255) aTTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGctat < 1:5841034/53‑1 (MQ=255) aTTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGctat < 1:7895323/53‑1 (MQ=255) aTTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGaa > 1:4087780/1‑71 (MQ=255) aTTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGaa > 1:1080782/1‑71 (MQ=255) aTTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGaa > 1:6134262/1‑71 (MQ=255) tCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGctatctat > 1:3129765/1‑54 (MQ=255) ccAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCg > 1:822910/1‑71 (MQ=255) ccAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCg < 1:3617164/71‑1 (MQ=255) aGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGcta < 1:4348246/45‑1 (MQ=255) aGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTg > 1:5503104/1‑71 (MQ=255) gcgcCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCt < 1:1040046/53‑1 (MQ=255) gcgcCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCt < 1:4836661/53‑1 (MQ=255) gcgcCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCt < 1:3181961/53‑1 (MQ=255) ccTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTc > 1:6783612/1‑52 (MQ=255) cTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGctatc > 1:5398221/1‑42 (MQ=255) cTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAg < 1:3426663/47‑1 (MQ=255) cTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTg < 1:7035802/71‑1 (MQ=255) cTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTg < 1:2056126/71‑1 (MQ=255) cTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGAAGCTATAGATAGCt < 1:4557540/49‑1 (MQ=38) tGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTgg > 1:2196391/1‑71 (MQ=255) tGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTgg > 1:5050184/1‑71 (MQ=255) tGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTg < 1:6005082/70‑1 (MQ=255) tGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGAAGCTATAGATAGCt < 1:7455082/48‑1 (MQ=37) gATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGcta > 1:1092159/1‑38 (MQ=255) gATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGcta > 1:4046573/1‑38 (MQ=255) gATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTggg > 1:6175767/1‑71 (MQ=255) gATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTggg > 1:6621786/1‑71 (MQ=255) gATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGAAGCTATAGATAGCtgc > 1:3019080/1‑47 (MQ=25) gATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGAAGCTATAGATAGCtgc > 1:4081772/1‑47 (MQ=25) gATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGAAGCTATAGATAGCtgc > 1:2079242/1‑47 (MQ=25) cAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCtt > 1:4225652/1‑70 (MQ=255) aGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGa > 1:1496226/1‑50 (MQ=255) aGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGa > 1:5614367/1‑50 (MQ=255) aGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTa < 1:5360988/71‑1 (MQ=255) aGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTa < 1:3221157/71‑1 (MQ=255) ggTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTAt < 1:2710528/71‑1 (MQ=255) gTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTAtg > 1:2626025/1‑71 (MQ=255) tGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTAtgt < 1:2535205/71‑1 (MQ=255) cGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTgg < 1:5143017/71‑1 (MQ=255) cGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTgg < 1:6404292/71‑1 (MQ=255) ggTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTgg > 1:7378883/1‑70 (MQ=255) ggTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTgg > 1:3660727/1‑70 (MQ=255) gTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGACCGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTgggg > 1:2976120/1‑71 (MQ=255) gTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTgggg < 1:2278032/71‑1 (MQ=255) gTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTgggg < 1:4973347/71‑1 (MQ=255) gTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCT‑GGGCTTTATGTGGGGc < 1:293702/71‑1 (MQ=255) ttCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTa < 1:3563149/63‑1 (MQ=255) ttCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTggg < 1:2468398/69‑1 (MQ=255) ttCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTggg < 1:7258313/69‑1 (MQ=255) cTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGc < 1:5865005/44‑1 (MQ=255) cTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTAtg > 1:6067029/1‑63 (MQ=255) cTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCAc > 1:2319468/1‑71 (MQ=255) gCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCAcc < 1:5032371/69‑1 (MQ=255) gATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCtt < 1:7166137/54‑1 (MQ=255) gATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCg < 1:7327587/71‑1 (MQ=255) aTTGTCTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAAAGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCgg < 1:870073/71‑1 (MQ=255) ttGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCgg < 1:4676444/70‑1 (MQ=255) ttGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGt > 1:2655277/1‑71 (MQ=255) tGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGt > 1:1507183/1‑42 (MQ=255) tGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCt > 1:2189711/1‑50 (MQ=255) tgtgCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGGACCATCGGTCAGCt > 1:5339531/1‑71 (MQ=255) tgtgCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATAGGTCAGCt > 1:1651803/1‑71 (MQ=255) tgtgCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGAGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCt > 1:6977710/1‑71 (MQ=255) tgCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCt < 1:5223360/69‑1 (MQ=255) tgCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCt < 1:3481887/69‑1 (MQ=255) tgCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGa > 1:6267658/1‑71 (MQ=255) cAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGAtt > 1:7233294/1‑71 (MQ=255) cAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGAtt > 1:7242223/1‑71 (MQ=255) cAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGAtt < 1:5746569/71‑1 (MQ=255) | ACTCTCTGAAGCATTTAACGGCATTTCCCAGCGCCTGATCCCAGGTGCGGTTCTGGCGATTGACTGTGCAGCTATCTATAGCTTCGCGCCGAACGCCGTGGTCTGGGGCTTTATGTGGGGCACCATCGGTCAGCTGATT > AP009048/4425538‑4425676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |