| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 4,628,787 | A→T | 5.4% | L4* (TTA→TAA) | lplA ← | lipoate‑protein ligase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 4,628,787 | 0 | A | T | 5.4% | 376.4 / 10.3 | 129 | L4* (TTA→TAA) | lplA | lipoate‑protein ligase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/74); new base T (5/2); total (53/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CGAAAAATACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGG > AP009048/4628721‑4628857 | cGAAAAATACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAAt < 1:2725363/69‑1 (MQ=255) aaaaaTACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAAtgtg > 1:360174/1‑70 (MQ=255) aaaaaTACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTgg < 1:334901/71‑1 (MQ=255) aaaaTACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGa > 1:4500375/1‑71 (MQ=255) aaaaTACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAAACACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTTAtgtcc < 1:2894330/70‑3 (MQ=255) aaaTACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGa > 1:7236868/1‑70 (MQ=255) aaTACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACa > 1:5806767/1‑71 (MQ=255) aTACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACAt < 1:6782399/71‑1 (MQ=255) aTACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACAt < 1:160231/71‑1 (MQ=255) cacTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTTATGTCCACATTAc < 1:7579810/71‑1 (MQ=255) cacTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAAt > 1:1320778/1‑60 (MQ=255) ttCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTaa > 1:2574199/1‑54 (MQ=255) ttCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGAttt > 1:2877287/1‑71 (MQ=255) ttCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGAttt > 1:2168693/1‑71 (MQ=255) ttCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGAttt > 1:878291/1‑71 (MQ=255) tCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGAt < 1:5354878/68‑1 (MQ=255) ccACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGAttt < 1:5040021/69‑1 (MQ=255) ccACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGAtt < 1:6193956/68‑1 (MQ=255) 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tCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTgtagt < 1:6022441/50‑1 (MQ=255) agagATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCtt > 1:5712674/1‑43 (MQ=255) agagATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCtt > 1:330133/1‑43 (MQ=255) agagATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCtt > 1:2381618/1‑43 (MQ=255) agagATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTgta > 1:2083740/1‑46 (MQ=255) agagATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTgta > 1:7693732/1‑46 (MQ=255) agagATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtttt < 1:2617210/64‑1 (MQ=255) agagATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGc > 1:1667951/1‑71 (MQ=255) gagaTGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCt < 1:4186680/71‑1 (MQ=255) agaTGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtt < 1:471384/60‑1 (MQ=255) agaTGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCtt > 1:1078311/1‑71 (MQ=255) aTGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTgta < 1:4731837/42‑1 (MQ=255) tGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTttct > 1:3828998/1‑71 (MQ=255) tGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTttct < 1:6464177/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTttct < 1:2624570/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTttct < 1:3309712/71‑1 (MQ=255) aGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtttttt < 1:2439227/59‑1 (MQ=255) cAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcct < 1:6388380/71‑1 (MQ=255) aGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcctc < 1:3664986/71‑1 (MQ=255) ggCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcctct < 1:4899671/71‑1 (MQ=255) tcGTTATGTCCACATTACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCAct > 1:4517679/2‑47 (MQ=21) gCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTgtagt < 1:6167475/36‑1 (MQ=255) gCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTgtagt < 1:3764139/36‑1 (MQ=255) 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aaTGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCg < 1:7628867/70‑1 (MQ=255) | CGAAAAATACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGG > AP009048/4628721‑4628857 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |