| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 4,640,569 | T→C | 6.2% | D123D (GAT→GAC) | creA → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 4,640,569 | 0 | T | C | 6.2% | 227.8 / 5.6 | 80 | D123D (GAT→GAC) | creA | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/32); new base C (3/2); total (46/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGC > AP009048/4640503‑4640637 | cGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCa < 1:5968719/71‑1 (MQ=255)cGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCa < 1:5487606/71‑1 (MQ=255) gAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCaa < 1:6454669/71‑1 (MQ=255) aGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCaaa < 1:5474598/71‑1 (MQ=255) ttCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAaacgcaacgc > 1:6387536/1‑71 (MQ=255) aaaaaaCGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGcgct > 1:6387801/1‑71 (MQ=255) aaaaaaCGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGcgct > 1:6239482/1‑71 (MQ=255) aaaaaaCGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGcgct > 1:5896645/1‑71 (MQ=255) aaaaaaCGCACGTCCCT‑GTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGcgct < 1:156688/70‑1 (MQ=255) aaaaaCGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACG‑AACGcgctcg > 1:5185149/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAaacgcaa > 1:6853089/1‑63 (MQ=255) aaaaCGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGcgctcg > 1:6608993/1‑71 (MQ=255) cGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTa < 1:1552731/71‑1 (MQ=255) cACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATc > 1:5061714/1‑71 (MQ=255) aCGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAaacgca < 1:3696068/55‑1 (MQ=255) aCGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCt < 1:7878911/71‑1 (MQ=255) cGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATc > 1:5724824/1‑69 (MQ=255) cGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTg < 1:6031546/71‑1 (MQ=255) gTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTgg > 1:162666/1‑71 (MQ=255) ccTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAaac > 1:5161545/1‑47 (MQ=255) ccTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCt < 1:3157585/70‑1 (MQ=255) cTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTa < 1:232828/71‑1 (MQ=255) tGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACTCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTAc > 1:2683732/1‑71 (MQ=255) tGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCt > 1:2040360/1‑64 (MQ=255) tGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCt > 1:1357309/1‑64 (MQ=255) tGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTg < 1:6122085/65‑1 (MQ=255) tGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTAc > 1:4083981/1‑71 (MQ=255) gTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTAc < 1:1744624/69‑1 (MQ=255) gTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTAc < 1:593592/69‑1 (MQ=255) gTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACt < 1:3878829/70‑1 (MQ=255) gTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTc > 1:2256600/1‑71 (MQ=255) gTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTc > 1:1411389/1‑71 (MQ=255) ttAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTcc > 1:170303/1‑68 (MQ=255) ttAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTcc > 1:5057997/1‑68 (MQ=255) tAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGa > 1:1901489/1‑69 (MQ=255) tAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGAc > 1:5856285/1‑70 (MQ=255) tAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGAc > 1:6188419/1‑70 (MQ=255) tAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGAc > 1:1495629/1‑70 (MQ=255) tAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGAc > 1:588449/1‑70 (MQ=255) tAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGACGCCAaccgcaa > 1:2117437/1‑42 (MQ=38) tAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGACGCCAaacgcaa > 1:837776/1‑42 (MQ=255) tAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGACGCCAaacgcaa > 1:6824415/1‑42 (MQ=255) gTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCtt < 1:1512602/50‑1 (MQ=255) gTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCtt < 1:5882051/50‑1 (MQ=255) gTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAg > 1:4690709/1‑71 (MQ=255) gTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAg > 1:5260187/1‑71 (MQ=255) gTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTACGACAAAg > 1:1341678/1‑71 (MQ=255) gTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGtt < 1:6014583/70‑1 (MQ=255) gTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTg > 1:2960666/1‑71 (MQ=255) gTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTg < 1:6549613/71‑1 (MQ=255) gTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGACGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTg < 1:3969573/71‑1 (MQ=255) gTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGACGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTg < 1:1425542/71‑1 (MQ=255) ttACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTc < 1:3419749/59‑1 (MQ=255) aCAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGt > 1:1239580/1‑66 (MQ=255) aCAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGt > 1:1311701/1‑66 (MQ=255) aCAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTa < 1:4555895/70‑1 (MQ=255) aCAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTa < 1:5290656/70‑1 (MQ=255) cAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAg < 1:5300994/70‑1 (MQ=255) cAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGa < 1:3216572/71‑1 (MQ=255) aGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGcgctcg < 1:7318617/39‑1 (MQ=255) cGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGtt > 1:4332392/1‑71 (MQ=255) cGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGtt > 1:2164559/1‑71 (MQ=255) cGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGt > 1:1185114/1‑70 (MQ=255) cGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGt > 1:1562448/1‑70 (MQ=255) gTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCt < 1:2907202/45‑1 (MQ=255) gTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGa < 1:2277594/65‑1 (MQ=255) tGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTgg < 1:6212385/42‑1 (MQ=255) gcgcTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCt < 1:4874695/39‑1 (MQ=255) gcgcTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACaa < 1:5690777/54‑1 (MQ=255) gcgcTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGt < 1:2221025/57‑1 (MQ=255) cgcTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGcc > 1:3211445/1‑71 (MQ=255) cgcTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGcc > 1:7365921/1‑71 (MQ=255) gcTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGa > 1:2228664/1‑49 (MQ=255) gcTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGa > 1:1419532/1‑49 (MQ=255) gcTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGa > 1:1039872/1‑49 (MQ=255) ttttATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGa > 1:2400198/1‑70 (MQ=255) ttATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGaa > 1:2757473/1‑58 (MQ=255) tATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGaaaaa > 1:1546469/1‑71 (MQ=255) tATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGaaaa < 1:7201151/70‑1 (MQ=255) tATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCAGaaaaa > 1:4231728/1‑71 (MQ=255) atgatgCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAAc > 1:209022/1‑71 (MQ=255) atgatgCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAAc > 1:2200255/1‑71 (MQ=255) atgatgCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAAc > 1:142488/1‑71 (MQ=255) atgatgCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAAc > 1:2619129/1‑71 (MQ=255) atgacgCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGtt < 1:5273476/50‑1 (MQ=255) atgCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAAcgc < 1:7716027/70‑1 (MQ=255) | CGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGC > AP009048/4640503‑4640637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |