| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 651,333 | G→A | 6.6% | intergenic (‑254/‑125) | citC ← / → citA | citrate lyase synthetase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with citB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 651,333 | 0 | G | A | 6.6% | 241.6 / 5.1 | 75 | intergenic (‑254/‑125) | citC/citA | citrate lyase synthetase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with citB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/41); new base A (3/2); total (32/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
GTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTT > AP009048/651264‑651399 | gTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAgg < 1:6964360/70‑1 (MQ=255) aGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGttt > 1:5834640/1‑70 (MQ=255) gTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTa < 1:2385470/70‑1 (MQ=255) ttttttATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtga < 1:37730/71‑1 (MQ=255) tttttATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTaa > 1:263848/1‑66 (MQ=255) ttatttatttaATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgattt > 1:7255743/1‑70 (MQ=255) tatttatttaATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaa > 1:4943631/1‑71 (MQ=255) tatttatttaATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgattta < 1:2486167/70‑1 (MQ=255) tttaATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgat < 1:1606699/70‑1 (MQ=255) tttaATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgat < 1:2197538/70‑1 (MQ=255) taATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattt > 1:965499/1‑70 (MQ=255) taATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattt < 1:6616526/70‑1 (MQ=255) aTGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgatttaat > 1:6159248/1‑71 (MQ=255) aTGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattta < 1:939578/69‑1 (MQ=255) tGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATg < 1:3371912/71‑1 (MQ=255) aTTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtga > 1:2600629/1‑53 (MQ=255) aTTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGaa > 1:5434765/1‑71 (MQ=255) tAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATaa < 1:2530067/70‑1 (MQ=255) aaGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATaaaa > 1:1876442/1‑71 (MQ=255) ttttttAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAAt < 1:1806524/69‑1 (MQ=255) ttttttAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAAt < 1:15727/69‑1 (MQ=255) ttttAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTg < 1:2346840/70‑1 (MQ=255) ttttAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGc > 1:1649038/1‑71 (MQ=255) tttAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattta < 1:5567783/55‑1 (MQ=255) tttAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattta < 1:3491196/55‑1 (MQ=255) tttAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattta < 1:2809681/55‑1 (MQ=255) tttAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGATTTAAGtgatttaat < 1:7757676/48‑1 (MQ=255) tttAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGATTTAAGtgatttaat < 1:4650975/48‑1 (MQ=255) ttaattaaTGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatt > 1:1492432/1‑43 (MQ=255) taattaatGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtga > 1:2387698/1‑40 (MQ=255) taattaatGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtga > 1:52289/1‑40 (MQ=255) taattaatGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCa > 1:5906426/1‑70 (MQ=255) taattaatGTAATTACGAAATGACTCGCAGATTTAAGtgatttaattg > 1:6210246/1‑48 (MQ=255) taattaatGTAATTACGAAATGACTCGCAGATTTAAGtgatttaattg > 1:916433/1‑48 (MQ=255) taattaatGTAATTACGAAATGACTCGCAGATTTAAGtgatttaattg > 1:1993785/1‑48 (MQ=255) aattaatGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaatt > 1:4774661/1‑46 (MQ=255) aattaatGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgattta < 1:663386/43‑1 (MQ=255) aattaatGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgattta < 1:982015/43‑1 (MQ=255) atGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattta < 1:6728828/47‑1 (MQ=255) aTTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgatttaa > 1:3171476/1‑43 (MQ=255) aTTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATa < 1:1435005/49‑1 (MQ=255) aTTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATa < 1:6772774/49‑1 (MQ=255) aTTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaatta < 1:948267/71‑1 (MQ=255) aTTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaatt < 1:903256/70‑1 (MQ=255) ttACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattga < 1:5297210/37‑1 (MQ=255) ttACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaa < 1:5364728/67‑1 (MQ=255) tACGAAATGACTCGAAGGTTTAACTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaatt < 1:5957669/68‑1 (MQ=255) aCGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattt < 1:4535445/38‑1 (MQ=255) aCGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattt < 1:2318947/38‑1 (MQ=255) aCGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAta > 1:6540554/1‑64 (MQ=255) cGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAatat < 1:3344996/71‑1 (MQ=255) aaTGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATaaaa > 1:2097168/1‑45 (MQ=255) aaTGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATaaaa > 1:422404/1‑45 (MQ=255) aaTGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAAtt > 1:2373625/1‑47 (MQ=255) aTGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGTTTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTAt > 1:5928038/1‑71 (MQ=255) tGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAta > 1:2138812/1‑58 (MQ=255) tGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAta > 1:6896225/1‑58 (MQ=255) tGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAta > 1:6799497/1‑58 (MQ=255) tGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATg < 1:312608/71‑1 (MQ=255) gACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaatt < 1:5779416/60‑1 (MQ=255) gACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaatt < 1:5866843/60‑1 (MQ=255) gACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaatt < 1:5789047/60‑1 (MQ=255) aCTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaatt < 1:2219918/59‑1 (MQ=255) aCTCGCAGGGTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaatt < 1:7440257/59‑1 (MQ=255) tCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGc < 1:2649390/44‑1 (MQ=255) tCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGc < 1:956689/44‑1 (MQ=255) tCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTAt < 1:5657138/70‑1 (MQ=255) gCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCa > 1:1730079/1‑44 (MQ=255) gCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCa > 1:4668416/1‑44 (MQ=255) gCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGa < 1:287737/47‑1 (MQ=255) gCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGa < 1:2054336/47‑1 (MQ=255) gCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAt < 1:4354902/51‑1 (MQ=255) gCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTAtttt > 1:6290653/1‑71 (MQ=255) gCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTAtttt > 1:2261018/1‑71 (MQ=255) gCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTAtttt > 1:5126889/1‑71 (MQ=255) gCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTAtt < 1:4133873/69‑1 (MQ=255) | GTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTT > AP009048/651264‑651399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |