| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 998,620 | C→T | 6.2% | Q111* (CAG→TAG) | ycbQ → | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 998,620 | 0 | C | T | 6.2% | 309.1 / 7.0 | 96 | Q111* (CAG→TAG) | ycbQ | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/49); new base T (4/2); total (45/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
CGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCAC > AP009048/998550‑998690 | cGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAAcc < 1:7699869/71‑1 (MQ=255) aaCAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAgg > 1:7436081/1‑71 (MQ=255) aCAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAgg < 1:639655/70‑1 (MQ=255) aaaaaTGAAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTc < 1:2186869/71‑1 (MQ=255) aaaTGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCAt > 1:2102538/1‑71 (MQ=255) aaTGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAgg > 1:7080019/1‑64 (MQ=255) aaTGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAgg > 1:1634486/1‑64 (MQ=255) aaTGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGc > 1:3126727/1‑65 (MQ=255) tGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTg < 1:5833705/71‑1 (MQ=255) cAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCTGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAt < 1:3011085/71‑1 (MQ=255) aaCGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTc < 1:3032671/63‑1 (MQ=255) aaCGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAtg < 1:807833/71‑1 (MQ=255) cGTTCAGCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAtg > 1:1063/1‑69 (MQ=255) cGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAtg > 1:1007858/1‑69 (MQ=255) gTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAtgctg < 1:6482803/71‑1 (MQ=255) gTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAtgctg < 1:6403603/71‑1 (MQ=255) gTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAtgctg < 1:3261963/71‑1 (MQ=255) ttCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAtgctgc < 1:6104210/71‑1 (MQ=255) cACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATgctgct < 1:7688963/70‑1 (MQ=255) ccTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCa > 1:2180973/1‑49 (MQ=255) ccTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACa < 1:6043050/71‑1 (MQ=255) ccTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACa < 1:1231585/71‑1 (MQ=255) cTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCa < 1:353192/55‑1 (MQ=255) tttAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACaaa > 1:1652869/1‑71 (MQ=255) ttAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAAc > 1:7793245/1‑71 (MQ=255) ttAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGCCCTCATCTGATGCTGCTACAAAc > 1:4681591/1‑71 (MQ=255) tAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCAt > 1:5231427/1‑53 (MQ=255) tAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCAt > 1:240054/1‑53 (MQ=255) tAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCt > 1:3995170/1‑55 (MQ=255) tAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACaaa < 1:4821105/69‑1 (MQ=255) tAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACaaa < 1:1028162/69‑1 (MQ=255) tGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTc < 1:865241/48‑1 (MQ=255) gCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGcc > 1:5441083/1‑71 (MQ=255) gCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGcc < 1:537751/71‑1 (MQ=255) aCTGCGTATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATgctgct < 1:805941/57‑1 (MQ=255) cTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACaa < 1:4291351/60‑1 (MQ=255) cTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCt > 1:7147116/1‑70 (MQ=255) cTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTg > 1:5094873/1‑71 (MQ=255) gCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCa > 1:51219/1‑42 (MQ=255) gCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCa > 1:1590841/1‑42 (MQ=255) gCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCAt > 1:6471068/1‑43 (MQ=255) gCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCAt > 1:4974208/1‑43 (MQ=255) gCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGc > 1:4246394/1‑70 (MQ=255) aggATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGa > 1:2139781/2‑46 (MQ=255) gATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAAt < 1:4064246/71‑1 (MQ=255) gATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAAt < 1:4976830/71‑1 (MQ=255) gATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAAt < 1:5717321/71‑1 (MQ=255) gATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAAt > 1:4712668/1‑71 (MQ=255) gATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTAGCCCTGCAAAt > 1:4766707/1‑71 (MQ=255) aTACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTTCTACAAACGTGGCCCTGCaa < 1:285241/68‑1 (MQ=255) aTACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACa < 1:2314463/53‑1 (MQ=255) aTACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAAt < 1:5459218/70‑1 (MQ=255) aTACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATg > 1:1874357/1‑71 (MQ=255) actactCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAtgctg < 1:4973734/46‑1 (MQ=255) actactCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGAtgctg < 1:1251278/46‑1 (MQ=255) actactCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGta > 1:2610303/1‑71 (MQ=255) ctactCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGtat < 1:7137625/71‑1 (MQ=255) ctactCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGtat < 1:6727336/71‑1 (MQ=255) tactCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATg < 1:1587030/67‑1 (MQ=255) tCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGa < 1:2224935/36‑1 (MQ=255) tCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGcc > 1:441135/1‑55 (MQ=255) tCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGcc > 1:7014344/1‑55 (MQ=255) tCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGtat < 1:6655212/67‑1 (MQ=255) cAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTa > 1:2081334/1‑43 (MQ=255) cAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATatgaa > 1:6168224/1‑71 (MQ=255) cAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATatgaa > 1:780667/1‑71 (MQ=255) cAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATatgaa > 1:2952844/1‑71 (MQ=255) aaGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATatgaa > 1:2097084/2‑71 (MQ=255) aGATTACAGCGTTTGCTAACTAGGCCTCATCTGAtgct < 1:1633130/38‑1 (MQ=255) aGATTACAGCGTTTGCTAACTAGGCCTCATCTGAtgct < 1:281596/38‑1 (MQ=255) aGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACa < 1:879102/44‑1 (MQ=255) aGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATatga < 1:3074848/69‑1 (MQ=255) aGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATatga < 1:5347065/69‑1 (MQ=255) gATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATatgaatg < 1:7738955/71‑1 (MQ=255) aTTACAGCGTTTGCTAACTAGGCCTCATCTGAtggtgc > 1:1591762/1‑38 (MQ=38) aTTACAGCGTTTGCTAACTAGGCCTCATCTGAtgctgc > 1:6432229/1‑38 (MQ=255) aTTACAGCGTTTGCTAACTAGGCCTCATCTGAtgctgc > 1:2323750/1‑38 (MQ=255) aTTACAGCGTTTGCTAACTAGGCCTCATCTGAtgctgc > 1:7516922/1‑38 (MQ=255) aTTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGt > 1:3455305/1‑61 (MQ=255) aTTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATatgaatga < 1:6177351/71‑1 (MQ=255) ttACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAatgat > 1:240383/1‑71 (MQ=255) aCAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAatgatg < 1:351732/70‑1 (MQ=255) cAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATgg < 1:5798716/70‑1 (MQ=255) cAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATgg < 1:5728674/70‑1 (MQ=255) aGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTa > 1:4919420/1‑71 (MQ=255) cGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGtat < 1:6138778/56‑1 (MQ=255) cGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTAc > 1:6677969/1‑70 (MQ=255) gTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACaa < 1:332409/71‑1 (MQ=255) tttGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCaa > 1:339277/1‑48 (MQ=255) ttGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCaa < 1:2954511/47‑1 (MQ=255) tGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACg < 1:5692166/70‑1 (MQ=255) gCTAACCAGGCCTCATCTTATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACgg < 1:1665691/70‑1 (MQ=255) tAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGt < 1:690803/47‑1 (MQ=255) tAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGt < 1:4044609/47‑1 (MQ=255) tAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCa > 1:574313/1‑71 (MQ=255) aCCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCAt > 1:7498828/1‑70 (MQ=255) aCCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATc < 1:2626343/71‑1 (MQ=255) cAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCAc < 1:4981567/71‑1 (MQ=255) | CGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCAC > AP009048/998550‑998690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |