| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,170,593 | G→C | 5.3% | intergenic (‑184/‑57) | ycfQ ← / → ycfR | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,170,593 | 0 | G | C | 5.3% | 235.2 / 2.1 | 75 | intergenic (‑184/‑57) | ycfQ/ycfR | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/38); new base C (2/2); total (35/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAA > AP009048/1170525‑1170663 | tttttAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGtt < 1:3135187/71‑1 (MQ=255) tttAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTa < 1:4063473/70‑1 (MQ=255) tttAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTa < 1:387684/70‑1 (MQ=255) ttAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTat < 1:2194379/70‑1 (MQ=255) tAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTatc < 1:2488095/70‑1 (MQ=255) aaaTTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTatcg < 1:3149691/70‑1 (MQ=255) aattaattAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTatcga < 1:5676155/70‑1 (MQ=255) attaattaATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTat < 1:7348689/66‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |