| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,218,216 | C→A | 6.1% | intergenic (+4/‑109) | ymgB → / → ymgC | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,218,216 | 0 | C | A | 6.1% | 318.4 / 3.7 | 97 | intergenic (+4/‑109) | ymgB/ymgC | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/51); new base A (3/3); total (43/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATTATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTATTTTTGTCTGTCGCTTTAGACTATACA > AP009048/1218146‑1218284 | tctcAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTc > 1:644299/1‑71 (MQ=255)tctcAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTc > 1:3105498/1‑71 (MQ=255)tctcAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTc > 1:4939475/1‑71 (MQ=255) ctcAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTc < 1:2756468/70‑1 (MQ=255) tcAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCt > 1:364161/1‑70 (MQ=255) cAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTa < 1:6835672/70‑1 (MQ=255) aaaGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCt < 1:6577390/68‑1 (MQ=255) aaaGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCt < 1:7280764/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |