| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,279,466 | T→G | 8.0% | intergenic (‑271/‑68) | narX ← / → narK | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarL/nitrate/nitrite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,279,466 | 0 | T | G | 8.0% | 383.7 / 29.7 | 151 | intergenic (‑271/‑68) | narX/narK | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarL/nitrate/nitrite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/73); new base G (6/6); total (72/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
ATGAAGTCACTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAATTGCCTTTAGCTACAGACACTAAGGTGGCAGACATCGAAACGAGTATCAGAGGTGTCTAT > AP009048/1279396‑1279535 | aTGAAGTCACTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGAtt > 1:21945/1‑71 (MQ=255) gTCACTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACAt > 1:4563984/1‑71 (MQ=255) gTCACTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACAt > 1:4983163/1‑71 (MQ=255) tCACTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGAtt < 1:2738206/65‑1 (MQ=255) cACTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATc > 1:1337739/1‑70 (MQ=255) aCTGTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCaa < 1:1821126/71‑1 (MQ=255) aCTGTACTCACTATGGG‑AATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCaaa < 1:1071537/71‑1 (MQ=255) gTACTCACTATGGGTAATGATAAATATCAATGATAGATAAAGTTATCTTATCGTTTGATTTACATCAAAtt > 1:5755945/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |